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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37607 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DSR2-DSAD1 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Anti-phage immune / NADase / Defense-associated sirtuin 2 / DSR2 / Phage tail tube protein / DSR Anti Defense 1 / DSAD1 / Bacteria-phage interaction / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | SIR2-like domain / SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / SIR2-like domain-containing protein / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotI 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) / Caudoviricetes (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao A / Huang J / Zhu K | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of bacterial DSR2 anti-phage defense and viral immune evasion. 著者: Jiafeng Huang / Keli Zhu / Yina Gao / Feng Ye / Zhaolong Li / Yao Ge / Songqing Liu / Jing Yang / Ang Gao / 要旨: Defense-associated sirtuin 2 (DSR2) systems are widely distributed across prokaryotic genomes, providing robust protection against phage infection. DSR2 recognizes phage tail tube proteins and ...Defense-associated sirtuin 2 (DSR2) systems are widely distributed across prokaryotic genomes, providing robust protection against phage infection. DSR2 recognizes phage tail tube proteins and induces abortive infection by depleting intracellular NAD, a process that is counteracted by another phage-encoded protein, DSR Anti Defense 1 (DSAD1). Here, we present cryo-EM structures of Bacillus subtilis DSR2 in its apo, Tube-bound, and DSAD1-bound states. DSR2 assembles into an elongated tetramer, with four NADase catalytic modules clustered in the center and the regulatory-sensing modules distributed at four distal corners. Interestingly, monomeric Tube protein, rather than its oligomeric states, docks at each corner of the DSR2 tetramer to form a 4:4 DSR2-Tube assembly, which is essential for DSR2 NADase activity. DSAD1 competes with Tube for binding to DSR2 by occupying an overlapping region, thereby inhibiting DSR2 immunity. Thus, our results provide important insights into the assembly, activation and inhibition of the DSR2 anti-phage defense system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37607.map.gz | 506.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37607-v30.xml emd-37607.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37607_fsc.xml | 17.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37607.png | 85.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37607.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37607_half_map_1.map.gz emd_37607_half_map_2.map.gz | 498.2 MB 498.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37607 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37607_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37607_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37607_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37607_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37607 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37607_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37607_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DSR2-DSAD1
全体 | 名称: DSR2-DSAD1 |
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要素 |
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-超分子 #1: DSR2-DSAD1
超分子 | 名称: DSR2-DSAD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) |
-分子 #1: SIR2-like domain-containing protein
分子 | 名称: SIR2-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. natto (strain BEST195) (納豆菌) |
分子量 | 理論値: 118.504602 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VKVDLESKRY GEKLKEVFLM LDNNVVECIK EITESSRNGK LVFFVGAGVS TLSDYPQWWR LVDKYHEELY GSPKKGNYSS DEYLRIPQI FYNVKGEMAF DGILKDFFQV DKPTNPIHDK ILAMNPAHVI TTNYDNLIDT ACWKRGKYFS VISAEEDVAN A TSSRYLLK ...文字列: VKVDLESKRY GEKLKEVFLM LDNNVVECIK EITESSRNGK LVFFVGAGVS TLSDYPQWWR LVDKYHEELY GSPKKGNYSS DEYLRIPQI FYNVKGEMAF DGILKDFFQV DKPTNPIHDK ILAMNPAHVI TTNYDNLIDT ACWKRGKYFS VISAEEDVAN A TSSRYLLK VHGDFRKGFK GENVVLKEDD YLNYDQNYPL ISNLMKTIIA THTIVFIGYG LGDYNINMLL NWVRKLQKDS FH KPFFIRT DPSPIENETL IYYENKGLRI IDAASLIDSN EYDYLERYSA VMDLLIESQE NKFITKDDEV IDYIYGKISP LFA LQYIRK IDLKHVFEYD YHFEVNGTVV RHKNKGFGYM ERFFELKESC DERSKLSKKQ YERFNALFNF FEKNGVICMA KDAG TLNTS IEINSLAYHG KYDVMKKFIE EQSVSIEDDY KKAFFLACLG RWEESYDLYS NIILNSIDES NGCVYYLSQI NRYRI YQSI TQAVTQFNGL GLLTFGRHYK PFTDEFLARI EREMTNFNID DLFNGMPFEF QKKYKILEFL SDNQFLYDDT VKLFEL TNK VRSEMSEGSY SFGMSSDIVV LLRLYDNLRF LYENCLWSVS FHEFHQYIRN SMSLLIEKAE YERTRDIDEL GFSFFGK KS GFFMEYYDFV NISRHFKIDD IKNLERSCSI DKIRFGEQEK IEEYLVGIAE EITKQFSANG MNVVFYTQFI SEAKAALY F AKYVKLSEEG LGKIVKALLF YFPERDLDIG KRYVWLERLT KCNELPKSII SIIDDFLVLQ AEKHIDQNYS EVSSNGLYS RDYGALIKHF EKNFISKRLS EITLCLTQDK QKQIDFLFKL LPLLSTNAKS HLLSFKSVEN INDLMNGIRI GLIDEFTPEH EELIIEYLE TRKVNYIVEK EKGIQTFSSN DYMSTFGIWY FLEEINNSKM EEFIGMDDQY DFFVDPENFD YKKFIPSWLK N YNDKLLGK IAGNKHMKHH VIEVLKERVK NSNDKRYLEI LMNYFI UniProtKB: SIR2-like domain-containing protein |
-分子 #2: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotI
分子 | 名称: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotI タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Sequence reference for Caudoviricetes (tax id 2731619) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q796A8. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caudoviricetes (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 13.87293 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIEIFKDTGA THDLVYHSKI NTFVWDVEFD IVLSDSKELN KCYFVKCFNP YRINGKCDFA VSSIDIFSEG KRLLIENEFN FKITKAVHV ATSKDVTEIV LHLSERISSP FPIVKEVVYL D UniProtKB: SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |