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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37589 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SLC / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate transmembrane transporter activity / urate metabolic process / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding ...Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / urate transport / renal urate salt excretion / urate transmembrane transporter activity / urate metabolic process / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Qian HW / He JJ | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the transport and substrate selection of human urate transporter 1. 著者: Jingjing He / Guoyun Liu / Fang Kong / Qiulong Tan / Zhenzhou Wang / Meng Yang / Yonglin He / Xiaoxiao Jia / Chuangye Yan / Chao Wang / Hongwu Qian / 要旨: High serum urate levels are the major risk factor for gout. URAT1, the primary transporter for urate absorption in the kidneys, is well known as an anti-hyperuricemia drug target. However, the ...High serum urate levels are the major risk factor for gout. URAT1, the primary transporter for urate absorption in the kidneys, is well known as an anti-hyperuricemia drug target. However, the clinical application of URAT1-targeted drugs is limited because of their low specificity and severe side effects. The lack of structural information impedes elucidation of the transport mechanism and the development of new drugs. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human URAT1(R477S), its complex with urate, and its closely related homolog OAT4. URAT1(R477S) and OAT4 exhibit major facilitator superfamily (MFS) folds with outward- and inward-open conformations, respectively. Structural comparison reveals a 30° rotation between the N-terminal and C-terminal domains, supporting an alternating access mechanism. A conserved arginine (OAT4-Arg473/URAT1-Arg477) is found to be essential for chloride-mediated inhibition. The URAT1(R477S)-urate complex reveals the specificity of urate recognition. Taken together, our study promotes our understanding of the transport mechanism and substrate selection of URAT1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37589.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37589-v30.xml emd-37589.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37589.png | 58.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37589.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_37589_half_map_1.map.gz emd_37589_half_map_2.map.gz | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37589 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37589_validation.pdf.gz | 812.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37589_full_validation.pdf.gz | 811.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37589_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37589_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37589_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37589_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 22 member 12
分子 | 名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 58.027961 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD ...文字列: MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD RFGRRLVLTW SYLQMAVMGT AAAFAPAFPV YCLFRFLLAF AVAGVMMNTG TLLMEWTAAR ARPLVMTLNS LG FSFGHGL TAAVAYGVRD WTLLQLVVSV PFFLCFLYSW WLAESARWLL TTGRLDWGLQ ELWRVAAING KGAVQDTLTP EVL LSAMRE ELSMGQPPAS LGTLLRMPGL RFRTCISTLC WFAFGFTFFG LALDLQALGS NIFLLQMFIG VVDIPAKMGA LLLL SHLGR RPTLAASLLL AGLCILANTL VPHEMGALRS ALAVLGLGGV GAAFTCITIY SSELFPTVLR MTAVGLGQMA ASGGA ILGP LVRLLGVHGP WLPLLVYGTV PVLSGLAALL LPETQSLPLP DTIQDVQNQA VKKA UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12 |
-分子 #2: URIC ACID
分子 | 名称: URIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: URC |
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分子量 | 理論値: 168.11 Da |
Chemical component information | ChemComp-URC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 392817 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |