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- EMDB-37480: PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37480
タイトルPSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 11種
キーワードPhotosystem I / ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS
生物種Cyanidium caldarium (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Kato K / Hamaguchi T / Nakajima Y / Kawakami K / Yonekura K / Shen JR / Nagao R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: The structure of PSI-LHCI from provides evolutionary insights into conservation and diversity of red-lineage LHCs.
著者: Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Kentaro Ifuku / Shunsuke Hirooka / Yuu Hirose / Shin-Ya Miyagishima / Takehiro Suzuki / Keisuke Kawakami / Naoshi Dohmae / ...著者: Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Kentaro Ifuku / Shunsuke Hirooka / Yuu Hirose / Shin-Ya Miyagishima / Takehiro Suzuki / Keisuke Kawakami / Naoshi Dohmae / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen / Ryo Nagao /
要旨: Light-harvesting complexes (LHCs) are diversified among photosynthetic organisms, and the structure of the photosystem I-LHC (PSI-LHCI) supercomplex has been shown to be variable depending on the ...Light-harvesting complexes (LHCs) are diversified among photosynthetic organisms, and the structure of the photosystem I-LHC (PSI-LHCI) supercomplex has been shown to be variable depending on the species of organisms. However, the structural and evolutionary correlations of red-lineage LHCs are unknown. Here, we determined a 1.92-Å resolution cryoelectron microscopic structure of a PSI-LHCI supercomplex isolated from the red alga RK-1 (NIES-2137), which is an important taxon in the Cyanidiophyceae. We subsequently investigated the correlations of PSI-LHCIs from different organisms through structural comparisons and phylogenetic analysis. The PSI-LHCI structure obtained shows five LHCI subunits surrounding a PSI-monomer core. The five LHCIs are composed of two Lhcr1s, two Lhcr2s, and one Lhcr3. Phylogenetic analysis of LHCs bound to PSI in the red-lineage algae showed clear orthology of LHCs between and , whereas no orthologous relationships were found between Lhcr1-3 and LHCs in other red-lineage PSI-LHCI structures. These findings provide evolutionary insights into conservation and diversity of red-lineage LHCs associated with PSI.
履歴
登録2023年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37480.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.792 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.106468886 - 0.28850564
平均 (標準偏差)0.00058164407 (±0.0068250606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 202.752 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_37480_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_37480_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37480_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCI

全体名称: PSI-LHCI
要素
  • 複合体: PSI-LHCI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit X
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr1
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr2
    • タンパク質・ペプチド: Lhcr3
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R} )-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: water

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超分子 #1: PSI-LHCI

超分子名称: PSI-LHCI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 82.698344 KDa
配列文字列: MTLTTDKKVK VVVDRDVVAT SFEKWAKPGH FSRSLAKGPK TTTWIWNLHA DAHDFDSHTS SLEEVSRKIF SAHFGQLAII FIWLSGMYF HGARFSNYVA WLSNPTGIKP SAQVVWPIVG QQILNADVGG GIQGIQITSG LFQLWRASGI VNELQLYVTA I GGLVMAGL ...文字列:
MTLTTDKKVK VVVDRDVVAT SFEKWAKPGH FSRSLAKGPK TTTWIWNLHA DAHDFDSHTS SLEEVSRKIF SAHFGQLAII FIWLSGMYF HGARFSNYVA WLSNPTGIKP SAQVVWPIVG QQILNADVGG GIQGIQITSG LFQLWRASGI VNELQLYVTA I GGLVMAGL MMFAGWFHYH KAAPKLEWFQ NVESMLNHHL AGLLGLGSLS WAGHQIHVSL PVNKLLDAGV APSSIPLPHE FI LNRNLMA ELYPSFQQGL APFFTLNWKQ YSDILTFKGG LSPVTGGLWL TDVAHHHLAI AVLFIVAGHM YRTNWGIGHS MKQ LLEAHK GPLTGEGHKG LYEVLTTSWH ANLAINLAML GSLSIIVAHH MYSMPPYPYL ATDYPTQLSL FTHHMWIGGF CIVG AGAHA AIYMVRDYSP TVNYNNVLDR MIRHRDAIIS HLNWVCIFLG THSFGLYIHN DTMRALGRAQ DMFSDTAIQL QPVLA QWIQ QIHTLAPGNT AVNALATASY AFGADTVTVG SKIAMMPIKL GTADFMVHHI HAFTIHVTVL ILLKGVLFAR NSRLIP DKA NLGFRFPCDG PGRGGTCQVS AWDHVFLGLF WMYNALSVVI FHFSWKMQSD VWGTVSSNGT VSHITGGNFA QSAITIN GW LRDFLWAQAS QVIQSYGSSL SAYGLMFLGA HFVWAFSLMF LFSGRGYWQE LIESIVWAHN KLKVAPSIAP RALSITQG R AVGVAHYLLG GIATTWAFFL ARIISVG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 82.160898 KDa
配列文字列: MTTKFPKFSQ ALASDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLALIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWIAN PLKTKPLAH AIWDPHFGQA ALKAFTRGET VANISYSGLY HWWYTIGLRN NVELYSGALG LLVLSAVFLL AGWLHIQPKF K PSLSWFKN ...文字列:
MTTKFPKFSQ ALASDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLALIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWIAN PLKTKPLAH AIWDPHFGQA ALKAFTRGET VANISYSGLY HWWYTIGLRN NVELYSGALG LLVLSAVFLL AGWLHIQPKF K PSLSWFKN NESRLNHHLA GLFGVSSLAW TGHLVHVAIP ASRGQHVGWD NFISVAPHPA GLQPFFTGNW SVYAQSPDSM QH VFGTNQG AGTAILTFLG GFHPQTQSLW LTDMAHHHLA IAVIFIVAGH MYRTNFGIGH NLKTILEAHR PPSGRLGKGH IGI YQTLTN SLHFQLGLAL ACLSVVTSLV AQHMYAMPPY AYMAYDYVTQ AALYTHHQYI AGLLIVGAFA HGAIFFIRDY DPEQ NQDNV LARMLTHKEA IISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG NPEKQILIEP IFAQWIQATS GKALYGFHVL LSSST SNAT TAAQQLWLPG WLEAINNESN SLFLTIGPGD FLVHHAIALG LHTTTLILVK GALDARGSKL MPDKKDFGYS FPCDGP GRG GTCDISAWDA FYLAMFWMLN TIGWITFYWH WKHLSLWQGN VAQFNESSTY LMGWLRDYLW LNSSPLINGY NPYGMNS LS VWAWMFLFAH LVWATGFMFL ISWRGYWQEL IETLAWAHER TPLANLIKWK DKPVALSIVQ ARLVGLVHFT VGYILTYA A FVIASTAGKF S

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 8.822272 KDa
配列文字列:
MAHTVKIYDN CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAGQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG GETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 15.709957 KDa
配列文字列:
MLNLKMPSPN FLGSTGGWLR CAETEEKYAM TWSSNREHVF EMPTGGAATM NAGDNLLYLA RKEQALALAT QLRTQFKIQD YKIYRIFPS GEVQYLHPKD GVLPYLVNEG REQVGRIKAT IGKNVNPAQV KFTSKATYDR

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 6.974055 KDa
配列文字列:
MLKKGSLVKI LRPESYWFNE VGTVVSVETS KVLYPVLVRF EKVNYSGLNS TSFALEELQE I

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 20.520506 KDa
配列文字列:
MKLSRLFILA CMCVCVDGAT ADVLTTCQQN EAFHKREANE IRQLQNRQSK YDANSGGYLA LQAQIDQVHK RFDKYGELLC GQDGLPHLI TDGDWRHARE FTIPAILFLY ITGWIGWVGR SYLQYTKQTK NPTEQEIILD LPMAFKYMLS GFLWPLSAWQ E YRSGKLLA KEDEISVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 3.408183 KDa
配列文字列:
MSASYLPSIL VPTVGLILPF ATMAILFVAI EK

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 4.426245 KDa
配列文字列:
MNLKKYLSTA PVVATLWLFL TAGILIELNR FYPDSLFY

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit X

分子名称: Photosystem I reaction center subunit X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 7.105433 KDa
配列文字列:
MIQFPSSIPV IMVISNLLAL AIGRYAIQNP SNETPIIGLN LAQLVATTSF GHIIGVATIL GLSNMGII

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 15.343729 KDa
配列文字列:
MSDYIKPYNN DPFVGHLATP INSSSLTRGY LAQLPIYRSG LSPFLRGLEI GMAHGYFLIG PFVELGPLRN TEMKYLAGLL SAVGLVVIL TLGMLLYGYV SFTNDSQDVE SLEGWRQLAS GFLLGAVGGA GFAYLLIYSF IL

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 3.010698 KDa
配列文字列:
MITDNQVFVA LIMALVCGYL AVKLAAQL

+
分子 #12: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 16.661221 KDa
配列文字列:
MYGFVSVLPV ASGVQRGQFA CTSLKGFHGR VARFQQARLP SAGRARSVGA SSLRMFEISD GEQYPLNPAV ILIAIIGWSA AAAVPSNIP VLGGTGLTQA FLASIQRLLA QYPTGPKLDD PFWFYLVVYH VGLFALLIFG QIGYAGYARG TYKRSS

+
分子 #13: Lhcr1

分子名称: Lhcr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 24.117104 KDa
配列文字列: MYAFVSAVPL AQRSKLCLKK TNGRSLNRDC AFGYGTLRME QSPAMPFLSK PPNLSPDMPG YRGFDPLRLS DAFDVNWLLE GEVKNGRVA MLACLHFFVT EYYQFPFYAG APKLAAPAHD YFVKSGAMIQ ILVFIGFLEM VLHRGKVLYS DMEWKGRKPG E LGFNPLNL ...文字列:
MYAFVSAVPL AQRSKLCLKK TNGRSLNRDC AFGYGTLRME QSPAMPFLSK PPNLSPDMPG YRGFDPLRLS DAFDVNWLLE GEVKNGRVA MLACLHFFVT EYYQFPFYAG APKLAAPAHD YFVKSGAMIQ ILVFIGFLEM VLHRGKVLYS DMEWKGRKPG E LGFNPLNL PNDKAMKDRE INNGRLAMLG FAGIIHGEFL NGKMPIEQIT NFQPLQ

+
分子 #14: Lhcr2

分子名称: Lhcr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 24.128066 KDa
配列文字列: MAFISALSCA SLKTGVVGRK VCGLKGAAAG LRMQAPSGAA MPSMPFLKRP SKLDGSLPGG EGCFDPLGFT EVFSLEWMRE AEVKHCRVA MLAVLGVIAQ EFGTLDFYHA QSKLQLSPDL HNQFVQNGAL QQVLLFVCAW EFFVGLPALI ESLEGRREPG Y FGFDPLKL ...文字列:
MAFISALSCA SLKTGVVGRK VCGLKGAAAG LRMQAPSGAA MPSMPFLKRP SKLDGSLPGG EGCFDPLGFT EVFSLEWMRE AEVKHCRVA MLAVLGVIAQ EFGTLDFYHA QSKLQLSPDL HNQFVQNGAL QQVLLFVCAW EFFVGLPALI ESLEGRREPG Y FGFDPLKL GGTYGSAQWK RMAAGELRNG RLAMIAFGGF FHQQLLTKQG IIEQLTHFSP LKSS

+
分子 #15: Lhcr3

分子名称: Lhcr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanidium caldarium (真核生物)
分子量理論値: 23.826514 KDa
配列文字列: MFVWTSTWVA GGVLGSVSQR RGVCVSRQLR MTEAARDSGT SRSVPFVPAP AAVRKSGLAG SEAEFDPLQI TSYLPISWMR ESEVKHGRI AMLAFVGTLA QQAYQFPWYK GAPTTLVGAH DHFVTTALAQ ILLFTSAFEI LAGVPAAIQT VRGSGRLPGY Y GFDPLGLW ...文字列:
MFVWTSTWVA GGVLGSVSQR RGVCVSRQLR MTEAARDSGT SRSVPFVPAP AAVRKSGLAG SEAEFDPLQI TSYLPISWMR ESEVKHGRI AMLAFVGTLA QQAYQFPWYK GAPTTLVGAH DHFVTTALAQ ILLFTSAFEI LAGVPAAIQT VRGSGRLPGY Y GFDPLGLW GKDEASRKRM ELAEVKNGRL AMIAMLALWH QEALSGGMGV IEQLVKQKFT P

+
分子 #16: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 153 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #18: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 7 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #23: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 25 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #24: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #25: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R} )-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R} )-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 23 / 式: 5X6
分子量理論値: 568.871 Da

+
分子 #26: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 560 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.83 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES-NaOHMES
0.03 %DDMDDM
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated de novo from 2D classification.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 228449
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: homology model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8wey:
PSI-LHCI of the red alga Cyanidium caldarium RK-1 (NIES-2137)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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