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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37430 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the ZH8651-bound mTAAR1-Gs complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ZH8651 / mTAAR1 / Gq / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled amine receptor activity / Amine ligand-binding receptors / G alpha (s) signalling events / trace-amine receptor activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors ...G protein-coupled amine receptor activity / Amine ligand-binding receptors / G alpha (s) signalling events / trace-amine receptor activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Rong NK / Guo LL / Zhang MH / Li Q / Yang F / Sun JP | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structural and signaling mechanisms of TAAR1 enabled preferential agonist design. 著者: Pan Shang / Naikang Rong / Jing-Jing Jiang / Jie Cheng / Ming-Hui Zhang / Dongwei Kang / Lei Qi / Lulu Guo / Gong-Ming Yang / Qun Liu / Zhenzhen Zhou / Xiao-Bing Li / Kong-Kai Zhu / Qing-Biao ...著者: Pan Shang / Naikang Rong / Jing-Jing Jiang / Jie Cheng / Ming-Hui Zhang / Dongwei Kang / Lei Qi / Lulu Guo / Gong-Ming Yang / Qun Liu / Zhenzhen Zhou / Xiao-Bing Li / Kong-Kai Zhu / Qing-Biao Meng / Xiang Han / Wenqi Yan / Yalei Kong / Lejin Yang / Xiaohui Wang / Dapeng Lei / Xin Feng / Xinyong Liu / Xiao Yu / Yue Wang / Qian Li / Zhen-Hua Shao / Fan Yang / Jin-Peng Sun / 要旨: Trace amine-associated receptor 1 (TAAR1) senses a spectrum of endogenous amine-containing metabolites (EAMs) to mediate diverse psychological functions and is useful for schizophrenia treatment ...Trace amine-associated receptor 1 (TAAR1) senses a spectrum of endogenous amine-containing metabolites (EAMs) to mediate diverse psychological functions and is useful for schizophrenia treatment without the side effects of catalepsy. Here, we systematically profiled the signaling properties of TAAR1 activation and present nine structures of TAAR1-Gs/Gq in complex with EAMs, clinical drugs, and synthetic compounds. These structures not only revealed the primary amine recognition pocket (PARP) harboring the conserved acidic D for conserved amine recognition and "twin" toggle switch for receptor activation but also elucidated that targeting specific residues in the second binding pocket (SBP) allowed modulation of signaling preference. In addition to traditional drug-induced Gs signaling, Gq activation by EAM or synthetic compounds is beneficial to schizophrenia treatment. Our results provided a structural and signaling framework for molecular recognition by TAAR1, which afforded structural templates and signal clues for TAAR1-targeted candidate compounds design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37430.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37430-v30.xml emd-37430.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37430.png | 112 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37430.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_37430_half_map_1.map.gz emd_37430_half_map_2.map.gz | 58.4 MB 57.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37430 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37430_validation.pdf.gz | 791.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37430_full_validation.pdf.gz | 791.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37430_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37430_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37430 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37430 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wc4MC 8wc3C 8wc5C 8wc6C 8wc7C 8wc8C 8wc9C 8wcaC 8wcbC 8wccC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37430_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37430_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the ZH8651-bound mTAAR1-Gs complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the ZH8651-bound mTAAR1-Gs complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the ZH8651-bound mTAAR1-Gs complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the ZH8651-bound mTAAR1-Gs complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.010664 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MMGCTLSAED KAAVERSKMI EKQLQKDKQV YRATHRLLLL GADNSGKSTI VKQMRIYHVN GYSEEECKQY KAVVYSNTIQ SIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL NDSAAYYLND L DRIAQPNY ...文字列: MMGCTLSAED KAAVERSKMI EKQLQKDKQV YRATHRLLLL GADNSGKSTI VKQMRIYHVN GYSEEECKQY KAVVYSNTIQ SIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL NDSAAYYLND L DRIAQPNY IPTQQDVLRT RVKTSGIFET KFQVDKVNFH MFDVGAQRDE RRKWIQCFND VTAIIFVVDS SDYNRLQEAL ND FKSIWNN RWLRTISVIL FLNKQDLLAE KVLAGKSKIE DYFPEFARYT TPEDATPEPG EDPRVTRAKY FIRDEFLRIS TAS GDGRHY CYPHFTCSVD TENARRIFND CRDIIQRMHL RQYELL |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.915496 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Trace amine-associated receptor 1
分子 | 名称: Trace amine-associated receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.656586 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHLCHAITNI SHRNSDWSRE VQASLYSLMS LIILATLVGN LIVIISISHF KQLHTPTNWL LHSMAIVDFL LGCLIMPCSM VRTVERCWY FGEILCKVHT STDIMLSSAS IFHLAFISID RYCAVCDPLR YKAKINISTI LVMILVSWSL PAVYAFGMIF L ELNLKGVE ...文字列: MHLCHAITNI SHRNSDWSRE VQASLYSLMS LIILATLVGN LIVIISISHF KQLHTPTNWL LHSMAIVDFL LGCLIMPCSM VRTVERCWY FGEILCKVHT STDIMLSSAS IFHLAFISID RYCAVCDPLR YKAKINISTI LVMILVSWSL PAVYAFGMIF L ELNLKGVE ELYRSQVSDL GGCSPFFSKV SGVLAFMTSF YIPGSVMLFV YYRIYFIAKG QARSINRTNV QVGLEGKSQA PQ SKETKAA KTLGIMVGVF LVCWCPFFLC TVLDPFLGYV IPPSLNDALY WFGYLNSALN PMVYAFFYPW FRRALKMVLL GKI FQKDSS RSKLFL UniProtKB: Trace amine-associated receptor 1 |
-分子 #4: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 30.363043 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSAG G GGSGGGGS ...文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAVQ LVESGGGLVQ PGGSRKLSCS ASGFAFSSFG MHWVRQAPEK GLEWVAYIS SGSGTIYYAD TVKGRFTISR DDPKNTLFLQ MTSLRSEDTA MYYCVRSIYY YGSSPFDFWG QGTTLTVSAG G GGSGGGGS GGGGSADIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLEL |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #6: 2-(4-bromophenyl)ethanamine
分子 | 名称: 2-(4-bromophenyl)ethanamine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: VMT |
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分子量 | 理論値: 200.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-VMT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.875 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 433819 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |