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- EMDB-37387: The cryo-EM structure of the Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37387
タイトルThe cryo-EM structure of the Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1
マップデータ
試料
  • 複合体: Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • DNA: x 1種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードTRANSCRIPTION / PEP / PAP
機能・相同性
機能・相同性情報


etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / chloroplast nucleoid / chloroplast organization / acid-amino acid ligase activity / disulfide oxidoreductase activity / superoxide dismutase ...etioplast organization / plastid transcription / positive regulation of red or far-red light signaling pathway / plastid-encoded plastid RNA polymerase complex / plastid organization / chloroplast nucleoid / chloroplast organization / acid-amino acid ligase activity / disulfide oxidoreductase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / ligase activity / protein-disulfide reductase activity / response to light stimulus / cell redox homeostasis / methyltransferase activity / chloroplast / DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / kinase activity / DNA-directed RNA polymerase activity / regulation of cell shape / methylation / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / PPR repeat / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP ...Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / Protein plastid transcriptionally active 7 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6 / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / Thioredoxin-like protein CITRX, chloroplastic / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / : / PPR repeat / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Smr domain / Smr domain profile. / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / Rubisco LSMT, substrate-binding domain / Rubisco LSMT, substrate-binding domain superfamily / : / Rubisco LSMT substrate-binding / PPR repeat family / MurE/MurF, N-terminal / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Pentatricopeptide repeat domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like / Thioredoxin / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / RmlC-like cupin domain superfamily / S1 domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / Thioredoxin domain profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Thioredoxin domain / S1 domain / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2 / Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / (S)-ureidoglycine aminohydrolase cupin domain-containing protein / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6, chloroplastic / Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic / Fructokinase-like 2, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic ...DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2 / Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12 / (S)-ureidoglycine aminohydrolase cupin domain-containing protein / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10 / PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6, chloroplastic / Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic / Fructokinase-like 2, chloroplastic / Fructokinase-like 1, chloroplastic / superoxide dismutase / superoxide dismutase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase MurE homolog, chloroplastic / Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14-like isoform X2 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wu XX / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentJCYJ-SHFY-2022-012 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of the plant plastid-encoded RNA polymerase.
著者: Xiao-Xian Wu / Wen-Hui Mu / Fan Li / Shu-Yi Sun / Chao-Jun Cui / Chanhong Kim / Fei Zhou / Yu Zhang /
要旨: Chloroplasts are green plastids in the cytoplasm of eukaryotic algae and plants responsible for photosynthesis. The plastid-encoded RNA polymerase (PEP) plays an essential role during chloroplast ...Chloroplasts are green plastids in the cytoplasm of eukaryotic algae and plants responsible for photosynthesis. The plastid-encoded RNA polymerase (PEP) plays an essential role during chloroplast biogenesis from proplastids and functions as the predominant RNA polymerase in mature chloroplasts. The PEP-centered transcription apparatus comprises a bacterial-origin PEP core and more than a dozen eukaryotic-origin PEP-associated proteins (PAPs) encoded in the nucleus. Here, we determined the cryo-EM structures of Nicotiana tabacum (tobacco) PEP-PAP apoenzyme and PEP-PAP transcription elongation complexes at near-atomic resolutions. Our data show the PEP core adopts a typical fold as bacterial RNAP. Fifteen PAPs bind at the periphery of the PEP core, facilitate assembling the PEP-PAP supercomplex, protect the complex from oxidation damage, and likely couple gene transcription with RNA processing. Our results report the high-resolution architecture of the chloroplast transcription apparatus and provide the structural basis for the mechanistic and functional study of transcription regulation in chloroplasts.
履歴
登録2023年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37387.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å		0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å		0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.44015288 - 1.2292533
平均 (標準偏差)0.001231778 (±0.037495386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 444.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #2

ファイルemd_37387_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_37387_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37387_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37387_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1

全体名称: Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1
要素
  • 複合体: Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
    • タンパク質・ペプチド: PAP1(pTAC3)
    • タンパク質・ペプチド: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic-like
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10-like
    • タンパク質・ペプチド: superoxide dismutase
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12-like
    • タンパク質・ペプチド: Fructokinase-like 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Fructokinase-like 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14-like isoform X2
    • タンパク質・ペプチド: PAP8(pTAC6)
    • タンパク質・ペプチド: superoxide dismutase
    • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase-like
    • タンパク質・ペプチド: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2
    • タンパク質・ペプチド: PAP13(pTAC18)
    • DNA: DNA (48-mer)
    • RNA: RNA (20-mer)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: FE (III) ION

+
超分子 #1: Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1

超分子名称: Nicotiana tabacum PEP-PAP-TEC1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 38.663543 KDa
配列文字列: MVREKVTVST RTLQWKCVES RTDSKRLYYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRVKSEKV PHEYSTITGI QESVHEILM NLKEIILRSN LYGTSDASIC VKGPGSVTAQ DIILPPYVEI VDNTQHIASL TEPIDFCIGL QIERNRGYLI K TPHNFQDG ...文字列:
MVREKVTVST RTLQWKCVES RTDSKRLYYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRVKSEKV PHEYSTITGI QESVHEILM NLKEIILRSN LYGTSDASIC VKGPGSVTAQ DIILPPYVEI VDNTQHIASL TEPIDFCIGL QIERNRGYLI K TPHNFQDG SYPIDAVFMP VRNANHSIHS YGNGNEKQEI LFLEIWTNGS LTPKEALHEA SRNLIDLFIP FLHMEEDNLY LQ DNQHTVP LSPFTFHDKL AKLIKNKKKI ALKSIFIDQS ELPSRIYNCL KMSNIYTLLD LLNNSQEDLM KIEHFRSEDV KRI LGILEK YFVIDLAKNK F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 120.698125 KDa
配列文字列: MLGDGNEGIS TIPGFNQIQF EGFCRFIDQG LTEELYKFPK IEDTDQEIEF QLFVETYQLV EPLIKERDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK NSRDMQEQTI FIGNIPLMNS LGTSIVNGIY RIVINQILQS PGIYYRSELD HNGISVYTGT IISDWGGRSE L EIDRKARI ...文字列:
MLGDGNEGIS TIPGFNQIQF EGFCRFIDQG LTEELYKFPK IEDTDQEIEF QLFVETYQLV EPLIKERDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK NSRDMQEQTI FIGNIPLMNS LGTSIVNGIY RIVINQILQS PGIYYRSELD HNGISVYTGT IISDWGGRSE L EIDRKARI WARVSRKQKI SILVLSSAMG LNLREILENV CYPEIFLSFL SDKERKKIGS KENAILEFYQ QFACVGGDPV FS ESLCKEL QKKFFQQRCE LGRIGRRNMN RRLNLDIPQN NTFLLPRDIL AAADHLIGLK FGMGALDDMN HLKNKRIRSV ADL LQDQFG LALVRLENVV RGTICGAIRH KLIPTPQNLV TSTPLTTTYE SFFGLHPLSQ VLDRTNPLTQ IVHGRKLSYL GPGG LTGRT ASFRIRDIHP SHYGRICPID TSEGINVGLI GSLAIHARIG HWGSLESPFY EISERSTGVR MLYLSPGRDE YYMVA AGNS LALNQDIQEE QVVPARYRQE FLTIAWEQVH LRSIFPFQYF SIGASLIPFI EHNDANRALM SSNMQRQAVP LSRSEK CIV GTGLERQAAL DSGALAIAER EGRVVYTNTD KILLAGNGDI LSIPLVIYQR SNKNTCMHQK LQVPRGKCIK KGQILAD GA ATVGGELALG KNVLVAYMPW EGYNSEDAVL ISERLVYEDI YTSFHIRKYE IQTHVTSQGP EKVTNEIPHL EAHLLRNL D KNGIVMLGSW VETGDILVGK LTPQVVKESS YAPEDRLLRA ILGIQVSTSK ETCLKLPIGG RGRVIDVRWI QKRGGSSYN PETIRVYILQ KREIKVGDKV AGRHGNKGII SKILPRQDMP YLQDGRSVDM VFNPLGVPSR MNVGQIFECS LGLAGSLLDR HYRIAPFDE RYEQEASRKL VFSELYEASK QTANPWVFEP EYPGKSRIFD GRTGNPFEQP VIIGKPYILK LIHQVDDKIH G RSSGHYAL VTQQPLRGRA KQGGQRVGEM EVWALEGFGV AHILQEMLTY KSDHIRARQE VLGTTIIGGT IPNPEDAPES FR LLVRELR SLALELNHFL VSEKNFQINR KEA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 79.367297 KDa
配列文字列: MNNNFSSMID RYKHQQLRIG SVSPQQISAW ATKILPNGEI VGEVTKPYTF HYKTNKPEKD GLFCERIFGP IKSGICACGN YRVIGDEKE DPKFCEQCGV EFVDSRIRRY QMGYIKLACP VTHVWYLKRL PSYIANLLDK PLKELEGLVY CDFSFARPIT K KPTFLRLR ...文字列:
MNNNFSSMID RYKHQQLRIG SVSPQQISAW ATKILPNGEI VGEVTKPYTF HYKTNKPEKD GLFCERIFGP IKSGICACGN YRVIGDEKE DPKFCEQCGV EFVDSRIRRY QMGYIKLACP VTHVWYLKRL PSYIANLLDK PLKELEGLVY CDFSFARPIT K KPTFLRLR GLFEYEIQSW KYSIPLFFTT QGFDTFRNRE ISTGAGAIRE QLADLDLRII IENSLVEWEE LGEEGHTGNE WE DRKVGRR KDFLVRRVEL AKHFIRTNIE PEWMVLCLLP VLPPELRPII QIDGGKLMSS DINELYRRVI YRNNTLTDLL TTS RSTPGE LVMCQEKLVQ EAVDTLLDNG IRGQPMRDGH NKVYKSFSDV IEGKEGRFRE TLLGKRVDYS GRSVIVVGPS LSLH RCGLP REIAIELFQT FVIRGLIRQH LASNIGVAKS KIREKEPIVW EILQEVMQGH PVLLNRAPTL HRLGIQAFQP VLVEG RAIC LHPLVCKGFN ADFDGDQMAV HVPLSLEAQV EARLLMFSHM NLLSPAIGDP ISVPTQDMLI GLYVLTSGNH RGICVN RYN PCNRRNYQNQ KRSDNSHYKY TKEPFFSNSY DAIGAYRQKR INLDSPLWLR WRLDQRVIAS RETPIEVHYE SLGTFYE IY GHYLIVRSLK KQILFIYIRT TVGHIALYRE IEEAIQGFSR AYSSGT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 157.057734 KDa
配列文字列: MAERANLVFH NKAINGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QVKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYATSE YLRQEMNPNF RMTDPFNPVH IMSFSGARGN ASQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN ...文字列:
MAERANLVFH NKAINGTAMK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QVKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYATSE YLRQEMNPNF RMTDPFNPVH IMSFSGARGN ASQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN LREGLSLTEY IISCYGARKG VVDTAVRTSD AGYLTRRLVE VVQHIVVRRT DCGTARGISV SPRNGMMPER IF IQTLIGR VLADDIYMGP RCIATRNQDI GIGLVNRFIT FRAQPISIRT PFTCRSTSWI CRLCYGRSPT HGDLVELGEA VGI IAGQSI GEPGTQLTLR TFHTGGVFTG GTAEHVRAPS NGKIKFNEDL VHPTRTRHGH PAFLCSIDLY VTIESEDILH NVNI PPKSL LLVQNDQYVE SEQVIAEIRA GISTLNFKEK VRKHIYSDSD GEMHWSTDVY HAPEFTYGNV HLLPKTSHLW ILLGR PCRS SLVYLSIHKD QDQMNAHFLS GKRRYTSNLS VTNDQARQKL FSSDFSGKKE DRIPDYSDLN RIICAGQYNL VYSPIL HEN SDLLSKRRRN KFIIPLHSIQ ELENELMPCS GISIEIPVNG IFRRNSILAY FDDPRYRRKS SGIIKYGTVE THSVIKK ED LLEYRGVKEF RPKYQMKVDR FFFIPEEVHI LPGSSSIMVR NNSIVGVDTQ ITLNLRSRVG GLVRVERKKK RIELKIFS G DIHFPGETDK ISRHTGVLIP PGTGKRNSKE SKKVKNWIYV QRITPSKKKF FVLVRPVVTY EITDGINLAT LFPPDPLQE RDNVQLRIVN YILYGNGKPI RGISDTSIQL VRTCLVLNWN QDKKSSSCEE ARASFVEIRT NGLIRHFLRI NLVKSPISYI GKRNDPSGS GLLSDNGSDC TNINPFSSIY SYSKAKIQQS INQPQGTIHT LLNRNKECQS LIILSAANCS RMGPFKDVKY H SVIKKSIK KDPLIPIRNS LGPLGTSLPI ENFYSSYHLI THNQILVTNY LQLDNLKQTF QVIKFKYYLM DENGKIFNPD PC RNIILNP FNLNWYFLHH NYCEETSKII SLGQFICENV CIAKNGPPLK SGQVILVQVD SIVIRSAKPY LATPGATVHG HYG ETLYEG DTLVTFIYEK SRSGDITQGL PKVEQVLEVR SVDSISMNLE KRIEGWNKCI TRILGIPWGF LIGAELTIAQ SRIS LVNKI QQVYRSQGVQ IHNRHLEIIV RQITSKVLVS EDGMSNVFSP GELIGLLRAE RMGRALEEAI CYRVVLLGIT RASLN TQSF ISEASFQETA RVLAKAALRG RIDWLKGLKE NVVLGGVIPV GTGFKGLVHP SKQHNNIPLE TKKKNLFEGE MRDILF HHK KLFDSCLSKN FHDIPEQSFI GFNDS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

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分子 #5: PAP1(pTAC3)

分子名称: PAP1(pTAC3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 101.413672 KDa
配列文字列: MAGISIHYLP FNSKFTLPIP RPSISRSIKA SVSSQPRKTR RRKQTQQQQH QLKTAEDDGS MASGTEKVLR LVFMEELMER ARNADSKGV SQVIYDMIAA GLSPGPRSFH GFVVSHVLNR DNDGAMHALR RELSEGLRPL HETFLALVRL FGAKGLATRG L EILAAMEK ...文字列:
MAGISIHYLP FNSKFTLPIP RPSISRSIKA SVSSQPRKTR RRKQTQQQQH QLKTAEDDGS MASGTEKVLR LVFMEELMER ARNADSKGV SQVIYDMIAA GLSPGPRSFH GFVVSHVLNR DNDGAMHALR RELSEGLRPL HETFLALVRL FGAKGLATRG L EILAAMEK LKYDIRQAWL VLVEELVRSN HLEDANKVFL KGAEGGLRAT DEIYDLLIEQ DCKVGDHSNA LTIAYEMEAA GR MATTFHF NCLLSVQATC GIPEIAFATF ENMEYGEDHM KPDTETYNWV IQAYTRAESY DRVQDVAELL GMMVEDHKRV QPN VRTYAL LVECFTKYCV VREAIRHFRG LKNFEGGTQV LYNDGKYGDP LSLYLRALCR EGRIVELLEA LEAMAKDNQP IPPR AMILS RKYRTLVSSW IEPLQEEAEL GYEIDYIARY VAEGGLTGDR KRWVPRRGKT PLDPDAEGFI YSNPRETSFK QRCLE EWRL HHRKLLKTLH NEGPSILGKI SESDYIRLVE RLRKIIKGPE QNALKPKAAS KMIVSELKEE LEAQGLPTDG TRNVLY QRV QKARRINRSR GRPLWVPPVE EEEEEVDEEL DELISRIKLH EGNTEFWKRR FLGEGLNENH VQQSEIIDLE PTDVVDD TD DAVDDISKEA EDDEAEDDEA QDEEEEVEQA ESQPEVGDRK DKEVEAAKPL QMIGVQLLKD SDQTASSSRK SRRRLSRV A AVDDDDDDWF PLDIQEAFVE MRKRNIFDVS DMYTITDAWG WTWEKEIKNK APQRWSQEWE VELGIKVMTK VIELGGTPT IGDCAVILRA AVRAPMPSAF LNILQTTHSL GYVFGSPLYD EIITLCLDLG ELDAAIAIVA DLETSGIKVP DETLDRVISA RQSSDTPVN GSQ

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分子 #6: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplas...

分子名称: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic-like
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 96.666289 KDa
配列文字列: MSLSCNSFSP VFTPVPPSHR FLFPAKIPNY GKLSPVHRRL LLTVAVRAKP KELILGNPTV TVEKGKYSYD VETLINKLSS LPPRGSIAR CLDTFKNKLS LTDFSHVFKE FAARGDWQRS LRLFKYMQRQ IWCKPNEHIY TLMIGILGRE GLLDKAFEIF D EMPSHSVA ...文字列:
MSLSCNSFSP VFTPVPPSHR FLFPAKIPNY GKLSPVHRRL LLTVAVRAKP KELILGNPTV TVEKGKYSYD VETLINKLSS LPPRGSIAR CLDTFKNKLS LTDFSHVFKE FAARGDWQRS LRLFKYMQRQ IWCKPNEHIY TLMIGILGRE GLLDKAFEIF D EMPSHSVA RTVFSYTAII NAYGRNGQYG TSLQLLEKMK QEKIIPSILT YNTVINSCAR GGHEWEGLLS LFAEMRHEGI QP DLVTYNT LLSACSSRGL GDEAEMVFRT MNEAGILPDV TTYSYLVDTF GKLGKLEKVS ELLMEMEAGG TSPEVTSYNV LLE AYAHSG SMKEAMDVFR QMQTAGCVAN AETYSVLLNL YGKNGRYDQV RDLFLEMKMS NTEPDADTYN ILIQVFGEGG YFKE VVTLF HDMVEEKVEP NMETYEGLIY ACGKGGLHDD AKRILLHMNG QGLVPSSKVY TGVIEAYGQA ALYEEAVVAF NTMNE VGSR PMVETFNSLI HAFAKGGLYK ESEAIWFRMG EVGVPRNRDS FNGMIEGYRQ GGQFEEAIKA YVEMEKARCD PDERTL EAV LSVYCFAGLV DESEEQFQEI KSLGIQPSII CCCMMLAIYA KSERWNMAHE LLNDVMTNKT SDMHQVIGQM IHGDFDD EN NWQMVEYVFD KLNSEGCGLS MRFYNTLIEA LWWLGQKERA ARVLNEATKR GLFPELFRRN KLVWSVDVHR MWPGGACT A ISVWLNDMEE LFHKGEELPQ LASVVVVRGQ TEKSSITRDF PVAKAAYSFL KDTVSSSFCF PGWNKGRIVC QKTQLKRIF SSAEPSSGSS KGDRLIPLSN SPISLLGTQT SVSDAKRSES ANADSKRSTK SDSELMASSV

UniProtKB: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic

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分子 #7: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10-like

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 80.402969 KDa
配列文字列: MQTLQSSSLF FTFPSSKTLL KPQSSKFSSF SLFPSSLSKP SRPLTLHCFS SDEFPVGDDD AFLEAFGPKE KESEEEARRK NWVDRGWAP WEEILSPEAN FARKSLNEGE EVALQSPEAI EAFKMLSPNY RKKKISDMGI TEDEYYAKQF EIKGEIPEPL S TMWAGPLV ...文字列:
MQTLQSSSLF FTFPSSKTLL KPQSSKFSSF SLFPSSLSKP SRPLTLHCFS SDEFPVGDDD AFLEAFGPKE KESEEEARRK NWVDRGWAP WEEILSPEAN FARKSLNEGE EVALQSPEAI EAFKMLSPNY RKKKISDMGI TEDEYYAKQF EIKGEIPEPL S TMWAGPLV VRHVPPRDWP PRGWEVDKKE LEFIRETHKL QSVRVDYDKV EEMVKMETDD MGLDRYKMFL KQYNEWVAAN KD RLEKESY KYDQDYYPGR RKRGKDYQDG MYELPFYYPG QICAGKVTAI HLYQGAFVDI GGVHDGWVPI KRNDWYWIRH HIK VGMHVI VEILAKRDPY RFRFPIEMRF IDPNIDHLIF NRFDFAPIFH RDEDTNLDEL RRDCGRQPLP RKDPGVKVEE EPLL SNHPY VDKLWQIHNA EQMILDDMEA NPVKYKGKNL TELTDDEDFD EENRIEYSKA YYKKALLPKM ITKVSVKELD LEAAF AERQ HHNKLRMEAQ ERGEVYKIPK LRRNIEMDEY DFIHWRRSLE EREAMLRDIS CRRALGLPLE EPGRYVDPSA FGKDQY DPD SPLYRYDYWG EPKNSEKSKQ ERMTDVHNKS IVGKGTVWYE MAYEDAVKER MQMEAQGIVR ELYDEDSDSD EVGTDDD DD DEEDFDYSIL GDPSANVSNQ PYVNGTESRL SDEGMFEDKS

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 10

+
分子 #8: superoxide dismutase

分子名称: superoxide dismutase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 30.420742 KDa
配列文字列: MSWSSCNSLC TSSSRQLLVT TDLSSQLNIP SRLSNVKRSL HGHHGVPKVF AYYGLKTPPY KLDALEPYMS QKMLEVHWGE HHRSYVEAL NKQLEKNDIL YGCTMEELIK VTYNNGNPLP EFSDAAQVWN HDFFWESMQP GGGDMPKLGL LQQIEKDFGS F TNFREKFT ...文字列:
MSWSSCNSLC TSSSRQLLVT TDLSSQLNIP SRLSNVKRSL HGHHGVPKVF AYYGLKTPPY KLDALEPYMS QKMLEVHWGE HHRSYVEAL NKQLEKNDIL YGCTMEELIK VTYNNGNPLP EFSDAAQVWN HDFFWESMQP GGGDMPKLGL LQQIEKDFGS F TNFREKFT EAALALFGSG WIWLVLKREE KRLAIVKTSN AVNPLVWNDI PLIGLDLWEH AYYLDYKNDK AKYVNVFMNH LV SWDAALG RMARAQAFVN LGEPKIPVA

UniProtKB: superoxide dismutase

+
分子 #9: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12-like

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 61.281289 KDa
配列文字列: MASVLSTSLY QDRGLRTMVS TDGFVPSFCC PYRKTLFTGT IPVSIWQFKL VSSSPFQKAP LAPCIKCENK EKDQASQGSF EQVSVERYP YHSYMDSTSG QLEPASGARA SIPGQEYWPE GTASRVRAAR APEPTGTSTG TPSYGKNPGS RRKKYKASAA A SKPSEINI ...文字列:
MASVLSTSLY QDRGLRTMVS TDGFVPSFCC PYRKTLFTGT IPVSIWQFKL VSSSPFQKAP LAPCIKCENK EKDQASQGSF EQVSVERYP YHSYMDSTSG QLEPASGARA SIPGQEYWPE GTASRVRAAR APEPTGTSTG TPSYGKNPGS RRKKYKASAA A SKPSEINI ISDDSAESPD NLPEEPKDLS SEYVIYQPEQ EEEELTGYEL DKRLGRPHPF IDPKTKKKIE KPLTSEELWW NW RKPEKEQ WSRWQRRRPD VETVFLKAMA ETGQVKLYGD HPTLTETALY RARRHLYKKE RLQAEKEKLE KIGPIAYYSE WVQ AWKKDT SREAIQKHFE ETGEDENTQL IEMFCHQTDR EYRIMMGTDI RIPRDPLAMR MREDQIKQIW GGDPVYPTIN YIQD PDEVI DYRGPDFHEP TPNMLAYLKE HGKIISREEL EKILAKEKTE EIEVAEIDEA MARAVDIGEN DDEEEGSDAE VEEGD EKIT RNWSVLKSNP ELRKSKEKPK KKDMSLEEAV DDSENLTDFL MDFDEDE

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12

+
分子 #10: Fructokinase-like 1, chloroplastic

分子名称: Fructokinase-like 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 55.77 KDa
配列文字列: MASIHFLPQS LPHHSHNSLT HFNFSSIFFS SKLPHRKNTL KCSSNDHSTT TQEPPKHSPR GPKKSSRTAK KTSKPQKDSN FETNIEKSN TQMELSKNAD DKIEKYDDGV DFPYPNPPLV ICFGAAQKEF VPTVRVSHEQ MHQDKYSEWK MLQWNPPEFV R APGGPPSN ...文字列:
MASIHFLPQS LPHHSHNSLT HFNFSSIFFS SKLPHRKNTL KCSSNDHSTT TQEPPKHSPR GPKKSSRTAK KTSKPQKDSN FETNIEKSN TQMELSKNAD DKIEKYDDGV DFPYPNPPLV ICFGAAQKEF VPTVRVSHEQ MHQDKYSEWK MLQWNPPEFV R APGGPPSN VAISHVRLGG RAAFMGKVGN DEFGQEMVLL MNKEKVQTRA VKFDDSMRTG CTHMKIKFED GKMKVEKVKE PA EDSLSSS ELNLDVLKEA RIFHFNSEVL TSSSMRSTLF KAISLSKKFG GLVFFDLNLP LPLWRSRDET RNLIKEAWEQ ANI IEVSRQ ELEFLLDEEH YERKRNYRPQ YFAENFEQTK QRRDYYHYTP AEIAPLWHDG LKLLFVTDGT LRLHYYSPSF DGVV VGTED VLITPFTCDR TGSGDAVVAG IMRKLTTQPE MYHDQDVLER QLRFAIAAGI ISQWTIGAVR GFPTESATQN LKEQV YVPS MW

UniProtKB: Fructokinase-like 1, chloroplastic

+
分子 #11: Fructokinase-like 2, chloroplastic

分子名称: Fructokinase-like 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 72.534133 KDa
配列文字列: MAALSFSLLS TLPRQHLHWN FYPNMKVMQL QDLGLKNKWV LMAVSKEGTP EAIAKELSKT EVFGAGKKTV RISKRAPVMA RRKKVVETS NDDPVNVEEA ENTSGSTEEP KKTQRRTRKK KEIVESSFGD SISDAEGNVI DAEAVTEPES SAKPKKTRRT R KKKETVVS ...文字列:
MAALSFSLLS TLPRQHLHWN FYPNMKVMQL QDLGLKNKWV LMAVSKEGTP EAIAKELSKT EVFGAGKKTV RISKRAPVMA RRKKVVETS NDDPVNVEEA ENTSGSTEEP KKTQRRTRKK KEIVESSFGD SISDAEGNVI DAEAVTEPES SAKPKKTRRT R KKKETVVS TFEDSTLDVE GNVTDEEVLP TSGSSEGSVE IRKRTSKKAA SSSSSLEKEP TQKVTRRRRK KVNNLEDEGS QT ELSDIEE ELHVANADAD SEEELDFDGG EDISFSYGWP PLVCCFGAAQ HAFVPSGRPS NRLVDHEWHE RMKDAIWDPE KFT RAPGGC SSNVAVALAS LGGKVAFMGK LGDDDFGQSL VYFMNINKVQ TRSVRLDSKK ATAITHMKIG KRGGLRMTTT KPSA EDSLL KSEINIDVLK EAKMFYFNTF SMLDPNMRLT TLRATKISKK LGGVVFYDVN LPFPLWESGD KAKTFIQQAW DLADI IEVT KQELEFLCGI KPSERFDTKD NDRSKFTHYP PEVIAPLWHE NLKVLFVTNG TSKIHYYTKE HNSAVLGLED VPLTPY TSD MSASGDGIIA GIIRMLTVQP HLMTDKGYLE RTLKYAISCG VVDQWLQARR LGYPPKEGME DDVVPDDHGI KSVTERE YR ILVPVS

UniProtKB: Fructokinase-like 2, chloroplastic

+
分子 #12: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14-like isoform X2

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14-like isoform X2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 58.183145 KDa
配列文字列: MVSSTILIQQ PTNLFHQPEF QHQLWRQGCA APLQKQPIII CSSNKGRSRP LRVTASANGA ATSSTLEGYD SSPTPSAFPL FTPPSQPHD TPASQLELAD PDFYKIGYVR SFRAYGIEFR EGPDGYGVFA SRDVEPLRRA RVIMEIPLEL MLTISKKLPW M FFPDIIPV ...文字列:
MVSSTILIQQ PTNLFHQPEF QHQLWRQGCA APLQKQPIII CSSNKGRSRP LRVTASANGA ATSSTLEGYD SSPTPSAFPL FTPPSQPHD TPASQLELAD PDFYKIGYVR SFRAYGIEFR EGPDGYGVFA SRDVEPLRRA RVIMEIPLEL MLTISKKLPW M FFPDIIPV GHPIFDIINS TNPETDSDLR LACLLLYAFD CKDNFWQLYG DFLPSDDECT SFLLATEEDL LELQDEKLAS TM REQQQRA LEFWEKNWHS AVPLKIKRLA RDPERFIWAM CIAQSRSINL QMRIGALVQD ANLLVPYADM MNHSFQPNCF FHW RFKDRM LEVMINAGQR IRKGDEMTVD YMAGQKNNFF MQRYGFSSPV NPWDVIHFTG DAKIHLDTFL SVFNISGLPG EYYH NSRLS NDGDSFVDGA IIAAARTLPT WSDGDLPPIP SLERKAVKEL QEECHQMLAE FPTTSDEDQK ILDSMPDCRR TLEAA IKYR LHRKLLIEKV IQALDIYQDR ILF

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 14-like isoform X2

+
分子 #13: PAP8(pTAC6)

分子名称: PAP8(pTAC6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 38.01434 KDa
配列文字列: MSAAQLFFPL PPNLSTFSTT PSSQALFTIS FAKTISSNPN SVKQSLTTKR RRDFRVFADD GDADGGGPDD YDMDEDEVEE ADNKKDFDV DYDTLLGGAS LTVAATGDDI AMVHSSSFVF TQGWDSEKIV DYRINEEEFH KISLLDCDFF IRKPPDPDND V YDFREMYV ...文字列:
MSAAQLFFPL PPNLSTFSTT PSSQALFTIS FAKTISSNPN SVKQSLTTKR RRDFRVFADD GDADGGGPDD YDMDEDEVEE ADNKKDFDV DYDTLLGGAS LTVAATGDDI AMVHSSSFVF TQGWDSEKIV DYRINEEEFH KISLLDCDFF IRKPPDPDND V YDFREMYV TPPDTDIYAI PRVLAPMPQK YIRCAMSDYG CYNVTEPPID APRDPMYKSE REVSKVFLTK HYRNRRAGDP EF ALDFEEI YVIDSKTKSI TRAKVVVTVP GGRNRDRKND LLVIRDNGTS FKIIPSEERD DPTTVIEKEE WKKSRQDMER HLR KLRDFS VSNWF

UniProtKB: PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE protein 6, chloroplastic

+
分子 #14: superoxide dismutase

分子名称: superoxide dismutase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 34.825203 KDa
配列文字列: MMAATASTTL TSAFLPFQGF RESCRTLNWR THKKQFARKA GPVKVTAKFE LMPPPYPMNA LEPHMSHTTF EYHWGKHHRA YVDNLNKQI DGTELDGMTL EDIILITYNR GDLLPPFNNA AQAWNHQFFW ESMKPSGGGK PSGELLQLIN RDFGSFEAFV K EFKAAAAT ...文字列:
MMAATASTTL TSAFLPFQGF RESCRTLNWR THKKQFARKA GPVKVTAKFE LMPPPYPMNA LEPHMSHTTF EYHWGKHHRA YVDNLNKQI DGTELDGMTL EDIILITYNR GDLLPPFNNA AQAWNHQFFW ESMKPSGGGK PSGELLQLIN RDFGSFEAFV K EFKAAAAT QFGSGWAWLA YKANRLNVGN TSNPHPTDED KKLVVVKTPN AVNPLVWDYS PLLTIDVWEH AYYLDFRNRR PD YISIFME KLVSWEAVSS RLEVAKAKAA EREEEEERKK REKEEEYKAG GEVREMYVES TDSDAE

UniProtKB: superoxide dismutase

+
分子 #15: Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic

分子名称: Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 20.142209 KDa
配列文字列:
MQAATLSFHP LAPPPQTSAC HFSSNQRKYS LFSYTCPTPR PSLLSTQTLS RKSICKPPAV ATGKYVREDY LVKKVSAKDI QELIKGERN VPLIIDFYAT WCGPCILMAQ ELEMLAVEYE SNALIVKVDT DDEYEFARDM QVRGLPTLYF ISPDPNKDAI R TEGLIPIQ MMRDIINNDL

UniProtKB: Thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic

+
分子 #16: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate l...

分子名称: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase-like
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 85.288945 KDa
配列文字列: MPFTLFSLPP FPSLLHHNPP PLQFKPFTSL HHLRLKYPTT LTTVSAIGAD GKYYPNPSDD DPPEAPEDSM HGVNKFQQIQ RQAAKAKKQ QEELFKKEQS IFVNALADVE DAPDNPALND NDNSGDDLFG EIDKAIALKR KEFVKQGLLK PNPPKNSTLV E SEVENVDE ...文字列:
MPFTLFSLPP FPSLLHHNPP PLQFKPFTSL HHLRLKYPTT LTTVSAIGAD GKYYPNPSDD DPPEAPEDSM HGVNKFQQIQ RQAAKAKKQ QEELFKKEQS IFVNALADVE DAPDNPALND NDNSGDDLFG EIDKAIALKR KEFVKQGLLK PNPPKNSTLV E SEVENVDE LEPEEVVDLE EIDGLSGLAE IEESDEEKSD FEVSDDMGKS EFSDLSSFDI DFDEFGKTKP RIVEPKFRMS LA ELLDESR VVPLSVYGDL EVGISGVQHD SRLVESGDLF VCCVGRKTDG HLYLSEADKR GAVAVVASKE IDIEETLGCK ALV IVEDTN AVLAVLAASF YRHPSKSMTL IGITGTNGKT TTSYLIKAMY EAMGLRTGML STVGYYIYGD NKLESPHTTP DAVL VQKLM AKMVHNGTEA LVMEASSHGL ALGRCDKVDF DIAVFTNLTR DHLDFHGTEE EYRDAKAKLF ARMVDPARHR KIVNI DDPN AAFFLAQGNP DVPIVTFAME NKSADVHPLK FQLSLFETQV LVNTPQGILE ISSGLLGRHN IYNILAAVAV GIAVGA PLE DIVKGIEEVD AVPGRCELID EEQAFGVIVD YAHTPDALSR LLDYVRELGP RRVITVFGCA GESDRGKRPI MAKIATD KS DVTILTSDNP KTEDPLDILD DMLAGVGWSM QDYLKHGEND YYPPLPNGHR LFLHDIRRVA VRCAVAMGEE GDIVVVAG K GHETYQIEGD KKEFFDDREE CREALQYVDE LHQAGIDTSE FPWRLPESH

UniProtKB: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase MurE homolog, chloroplastic

+
分子 #17: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2

分子名称: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.61907 KDa
配列文字列:
MQKIAAVENT RRLNFSIRSQ SASNSKNEGR GGRRIWRRRK LTKKDETLDA KMERIPFLEE QVRKIRDGGK LLTMDIHRLL LNEDNRFDF VNEIAAEAKQ YVENNRDEYG AKKAILHVLS NRMNDAGVYR AEAYMESDPF KPGPGYLKDE LL

UniProtKB: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 7-like isoform X2

+
分子 #18: PAP13(pTAC18)

分子名称: PAP13(pTAC18) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.054311 KDa
配列文字列:
MASFITMPAL SYLSTNTSSL ERTNFRPSSR GYQGVRAMRT EKPLEELYNV RVERNVTKDR LMELGVPRWS MWKTGKCKLP WDWHVDQLV YIEEGEVRVV PEGSQRFMQF VAGDLVRYPK WFEADLYFND FYQERYSFRA YGDS

UniProtKB: (S)-ureidoglycine aminohydrolase cupin domain-containing protein

+
分子 #19: DNA (48-mer)

分子名称: DNA (48-mer) / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.633406 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)

+
分子 #20: RNA (20-mer)

分子名称: RNA (20-mer) / タイプ: rna / ID: 20 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.446904 KDa
配列文字列:
ACAGAUGUCC UCGAGAGGUA

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #22: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #23: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42911
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る