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万見
- EMDB-37128: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37128
タイトルCryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs
マップデータ
試料
  • 複合体: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P
    • RNA: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
キーワードpre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease
機能・相同性RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア) / Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Teramoto T / Koyasu T / Mayanagi K / Yokogawa T / Adachi N / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06032 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101071 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101091 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs
著者: Teramoto T / Koyasu T / Yokogawa T / Adachi N / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.09170069 - 0.1577891
平均 (標準偏差)0.000036843947 (±0.0041310475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 303.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37128_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37128_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37128_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with p...

全体名称: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
要素
  • 複合体: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: RNA-free ribonuclease P
    • RNA: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

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超分子 #1: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with p...

超分子名称: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)

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分子 #1: RNA-free ribonuclease P

分子名称: RNA-free ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 22.242473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDVFVLDTSV FTNPEIYRTF EEDQRGAMET FIHLALNSRA EFYMPTSVYT EMRKIMDVGE LWAEFEMVVK IRSPRRFQLT VPADFLYEF IEELRYRINK GLRIAEEHTR EASGSEDVGK LIARLREKYR EALRQGILDS KEDVDVLLLA YELDGVLVSA D EGLRTWAD ...文字列:
MDVFVLDTSV FTNPEIYRTF EEDQRGAMET FIHLALNSRA EFYMPTSVYT EMRKIMDVGE LWAEFEMVVK IRSPRRFQLT VPADFLYEF IEELRYRINK GLRIAEEHTR EASGSEDVGK LIARLREKYR EALRQGILDS KEDVDVLLLA YELDGVLVSA D EGLRTWAD KIGIKLIDPK NFKNILESLV RH

UniProtKB: RNA-free ribonuclease P

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分子 #2: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

分子名称: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 23.650148 KDa
配列文字列:
AAGGCGCGUA GCUCAGUAGG GAGAGCGCCG GCCCGACACG CCGGAGGUCG GGGGUUCAAG UCCCCCCGCG CCU

GENBANK: GENBANK: AE000657.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
25.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
1.0 mMTCEP
5.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8362 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4522335
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 60 A for use as an initial model for 3D classification.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 578312
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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