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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36919 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Oryza sativa HKT2;2/1 at 2.3 angstrom | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HKT / K+ transporter / Channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : / Cation transporter / Cation transport protein / monoatomic cation transmembrane transporter activity / sodium ion transport / potassium ion transport / membrane / Cation transporter HKT2;2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. indica (イネ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Shen X / Qu Y / Wang C / Shen H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: Structural insights into ion selectivity and transport mechanisms of Oryza sativa HKT2;1 and HKT2;2/1 transporters. 著者: Xiaohui Wang / Xiaoshuai Shen / Yannan Qu / Heng Zhang / Chu Wang / Fan Yang / Huaizong Shen / 要旨: Plant high-affinity K transporters (HKTs) play a pivotal role in maintaining the balance of Na and K ions in plants, thereby influencing plant growth under K-depleted conditions and enhancing ...Plant high-affinity K transporters (HKTs) play a pivotal role in maintaining the balance of Na and K ions in plants, thereby influencing plant growth under K-depleted conditions and enhancing tolerance to salinity stress. Here we report the cryo-electron microscopy structures of Oryza sativa HKT2;1 and HKT2;2/1 at overall resolutions of 2.5 Å and 2.3 Å, respectively. Both transporters adopt a dimeric assembly, with each protomer enclosing an ion permeation pathway. Comparison between the selectivity filters of the two transporters reveals the critical roles of Ser88/Gly88 and Val243/Gly243 in determining ion selectivity. A constriction site along the ion permeation pathway is identified, consisting of Glu114, Asn273, Pro392, Pro393, Arg525, Lys517 and the carboxy-terminal Trp530 from the neighbouring protomer. The linker between domains II and III adopts a stable loop structure oriented towards the constriction site, potentially participating in the gating process. Electrophysiological recordings, yeast complementation assays and molecular dynamics simulations corroborate the functional importance of these structural features. Our findings provide crucial insights into the ion selectivity and transport mechanisms of plant HKTs, offering valuable structural templates for developing new salinity-tolerant cultivars and strategies to increase crop yields. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36919.map.gz | 24.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36919-v30.xml emd-36919.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36919.png | 126 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36919.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_36919_half_map_1.map.gz emd_36919_half_map_2.map.gz | 336 MB 335.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36919 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36919_validation.pdf.gz | 710.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36919_full_validation.pdf.gz | 710.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36919_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36919_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36919 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k69MC 8k66C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.53865 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36919_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36919_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : OsHKT2;2/1 dimer
全体 | 名称: OsHKT2;2/1 dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: OsHKT2;2/1 dimer
超分子 | 名称: OsHKT2;2/1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa subsp. indica (イネ) |
-分子 #1: Cation transporter HKT2;2
分子 | 名称: Cation transporter HKT2;2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa subsp. indica (イネ) |
分子量 | 理論値: 60.773238 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK GGRMTSIYQE FIHTKCQSFR SIGRYVLHSI VLIYRFVSLH VHPFWIQLSY FLLISILGSV LLMFLKPSSP EFKPGYIDM LFLSTSAMTV SGLSTIEMEV LSSSQIVVLT LLMLVGGEVF VSFLGLMLRL KHKHNPEFSG DRVSSVPIEL D TIEPTRTV ...文字列: MADYKDDDDK GGRMTSIYQE FIHTKCQSFR SIGRYVLHSI VLIYRFVSLH VHPFWIQLSY FLLISILGSV LLMFLKPSSP EFKPGYIDM LFLSTSAMTV SGLSTIEMEV LSSSQIVVLT LLMLVGGEVF VSFLGLMLRL KHKHNPEFSG DRVSSVPIEL D TIEPTRTV MSSEELQIEA AVPDVPSSTI KDLKRSKRLR WFLGFVVFSY FVVIHVVGFL LVLWYISRVS SAKAPLKKKG IN IALFSFS VTVSSFANGG LVPTNENMAI FSKNPGLLLL FIGQILAGNT LYPLFLRILI WFLGKVTKLK DLKLMIKNSD ELQ YDYLLP KLPTAFLAST VIGLMASLVT LFGAVDWNSS VFDGLSSYQK IINALFMAVN ARHSGENSID CSLIAPAVLV LFII LMYLP PSTTFALSNG DEKTANKKAK RKLGLVVQNL AFSQLACISV FVIVAFITER SRLRNDPLNF SALNMIFEII SAYGN VGLS TGYSCSRLQK LHPGSICQDK PYSLSGWWSD EGKLLLVFVM LYGRLKAFTK GTGEYWRLW UniProtKB: Cation transporter HKT2;2 |
-分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #3: Phosphatidylinositol
分子 | 名称: Phosphatidylinositol / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: T7X |
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分子量 | 理論値: 887.128 Da |
Chemical component information | ChemComp-T7X: |
-分子 #4: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-分子 #5: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-分子 #7: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 126 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 639952 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |