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万見
- EMDB-36871: In situ structure of RNA-dependent RNA polymerase in full BAV par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36871
タイトルIn situ structure of RNA-dependent RNA polymerase in full BAV particles
マップデータ
試料
  • ウイルス: Banna virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
キーワードreovirus / RdRp / complex / inner capsid protein / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase / Seadornavirus VP2 protein / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Banna virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Li Z / Cao S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB0490000 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of Banna virus in multiple states reveal stepwise detachment of viral spikes.
著者: Zhiqiang Li / Han Xia / Guibo Rao / Yan Fu / Tingting Chong / Kexing Tian / Zhiming Yuan / Sheng Cao /
要旨: Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions- ...Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions-surrounded by 120 spikes (full virions), 60 spikes (partial virions), or no spikes (cores). BAV cores are double-layered particles similar to the cores of other non-turreted reoviruses, except for an additional protein component in the outer capsid shell, VP10. VP10 was identified to be a cementing protein that plays a pivotal role in the assembly of BAV virions by directly interacting with VP2 (inner capsid), VP8 (outer capsid), and VP4 (spike). Viral spikes (VP4/VP9 heterohexamers) are situated on top of VP10 molecules in full or partial virions. Asymmetrical electrostatic interactions between VP10 monomers and VP4 trimers are disrupted by high pH treatment, which is thus a simple way to produce BAV cores. Low pH treatment of BAV virions removes only the flexible receptor binding protein VP9 and triggers significant conformational changes in the membrane penetration protein VP4. BAV virions adopt distinct spatial organization of their surface proteins compared with other well-studied reoviruses, suggesting that BAV may have a unique mechanism of penetration of cellular endomembranes.
履歴
登録2023年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0019429702 - 1.8514031
平均 (標準偏差)0.021704124 (±0.111544296)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 427.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36871_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36871_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Banna virus

全体名称: Banna virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Banna virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: VP2

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超分子 #1: Banna virus

超分子名称: Banna virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 77763 / 生物種: Banna virus / Sci species strain: YN15-126-01 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase (Fragment)

分子名称: RNA-directed RNA polymerase (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: OR004518 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Banna virus (ウイルス)
分子量理論値: 138.563344 KDa
配列文字列: MDVQEQFEGY LREEVDLLNK FEDSHFKQLE IFYTKSQTDH VINKDKLQFN ALPFHTTLYK EINGKRVRLG TLLNWTKAER LDTIRHESM IKDERLRRLI DFDYGWIDYA VVLQRYLDEG NTIESANILQ FDGDFVNNIK HPTQKNNFLD IKVIKECETY I LMKDDNGI ...文字列:
MDVQEQFEGY LREEVDLLNK FEDSHFKQLE IFYTKSQTDH VINKDKLQFN ALPFHTTLYK EINGKRVRLG TLLNWTKAER LDTIRHESM IKDERLRRLI DFDYGWIDYA VVLQRYLDEG NTIESANILQ FDGDFVNNIK HPTQKNNFLD IKVIKECETY I LMKDDNGI RDPDILRAWE LNSIPEVIEL DVDGETKKFN LRKEMIKRIQ DEAPVYFFCN PYRYAVANLD PNIPEVRLWL EY FIGSEDF FGFNGPNVIV SKSLLAAKRF EVVVNHLRKV AAFELDVESK EVMNEWIKYI MIDPVYRSYK NRGAFGNLNQ HVF ARTKSE GLSWSLIDIG TTNFELKPTK KVAGSYVNKF NLVDDVLVEE SLKDLRNEGL HKMADVTRRM IDADITPENV KKGK LNRLA LSYCGYTGSH SATAMVKQFN GTKDLDPNCD PMFVDIVKDN MRVYMQEGLQ KYPQGSRKSN RLDILFKGGT SSASS TNEH AVVNGRFRYR SELYRERDVN SSTVFKTATP GQYRVVKKIS AKLKSKNANI VTHPMNFINF KVDDLDIVVN AGSRLV RGT RAKRIITPNY GTIYAASLMT VLPAVRLLSS RASNMGALST QGRIGTTYHG ALPHDVMAPQ LAVTSSDDVS KICVAKD FG QFDTSQWGQI SKAHADGVRS MKAHYSMGHD TLVDLDLNDA SFADLLEVTA MSYERPLKYK MNGLVCESAG VKSGELTT Q TRNTTTNISH STVALDDYNN RAYRLNLPKL ELVTDNKVGD DSVEVLRVVD GSPLTPEIAK LYVNCMQDHA DKNHLEISA KRTIVGNNVA EHIKIWVFKG YLALDVFLDS VTSEKNSFSN LNYLEQVNIL YDMAMTLMIR YCSVQACMTQ FCNDMKLLNG IRAGNYTFI PTPKIICAYG TPEICLRAPE IRSFGRYLPI DEDEYSVLND LVASLSTNKP KMDFVAQMFE QNGNQVHGIW L DHFKRKND VNPDGGGIHI SEGLKRLMPE YCERHLNELV YKTLDDKVIR DYTSDIIITN ICKGKLSKAP KLAFFANFYL SL TGFNGVD SPYLTADEGV KNVHRVIGLS YRNTLSTSPT ANVDRILRNN PGSAPAYLTG NDILGVLSDY PYQNWRTVVE LLD ITEPSA TAIIEVATNQ MHAYLADKDL NTANLFDNTS RTYDISDRTY PKFVNITSNL SNSNRRGFQL EAMKHIIYMA RRGI ATLAN THPSKIGNTV YYDY

UniProtKB: VP1

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: OR004519 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Banna virus (ウイルス)
分子量理論値: 108.031008 KDa
配列文字列: MPRKKDQVTK NDDGNQTSDV QTQDFKTAVQ PDTNTAQLIK TYSNPKQRGD KGEIIYDGGL SSKLADVVDK TTEPHNADGA VKDGRIAPV KLDLEKQKLD KLKLFETSPF DPLTIKNNQD VVDKLYATQS SSIQEVVPTK TFATELQFGV TSEDMAKIYG A VAAVSKNV ...文字列:
MPRKKDQVTK NDDGNQTSDV QTQDFKTAVQ PDTNTAQLIK TYSNPKQRGD KGEIIYDGGL SSKLADVVDK TTEPHNADGA VKDGRIAPV KLDLEKQKLD KLKLFETSPF DPLTIKNNQD VVDKLYATQS SSIQEVVPTK TFATELQFGV TSEDMAKIYG A VAAVSKNV NSSVTYEVKR GTHELIKVPT IPHNLVLIQS DNGKHALIKE DLGQWPVETG ISLVNQAGVF AVQLANKLGI DK PFVLDAG SNYFTDTSFI DTRKYCTDGL SPREIQKALN RQRAYYDRPE LTISENKTLL SQSIIYPDAD GNDVSIIFSG AMS HAIFTY AQSQWNKNII KLDDYIREIT LTVPKQYRPR RFKEIEHTHG YVYRELNQGS LLPLVDANLK ESSSYYFKKL MSSI SNVPV DARTLQSATA ALAADTGQAV NRAQHVSMLT NRLTTANAPT VRAITVLTCM FKQFRIGMTY ALDPNIMDVA AATCM LLFR PAQSISDEQY RYCLQTMAVF LTNTTYDIVN NDTIDVLKMK LRNQGWPFVE RYNAVEIDMS VEPLRSPGQV GRYYNP FNI DPLTKKHVED RLEEFINQVQ VGRFRNASGN AVGTTLAAFL RACRDKTSAN WRGYSVLVSR YRSLIPNELF ESLRNIS GE YNINPQDEHS FFFALAQINA DDEFIGAIDK ESAEYLDEYA TLARDISNSL TLVKAAFGPL ERTSGSIINH ANNLNKVI N HVFADKPLIS ETMLKILTID GTTGKDGYRN WLDKLVGHNY PVYVEPVVNI MNFISARFVA DSSYFGYTNE IMIMPNHIN VPVDDRFGFR DSPFCTSLPR TIMGNDVRRI SYNVFSMMED IDDVISEGFI LYDAYFNFSY DIMTTDGVTR LKEDILIVTD TGNDIKPIH FYIYFENRND KKLRYESKMN VSYRLYIKTP ACLLPLSDYM RAQHDYVSPS SSRVYIKDPA VVYTRS

UniProtKB: Vp2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 210465
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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