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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36841 | |||||||||
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タイトル | Structure of CXCR3 complexed with antagonist AMG487 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | G protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / AMG487 / complex / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / C-X-C chemokine receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / chemokine receptor activity / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / conditioned place preference / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / maternal behavior / negative regulation of execution phase of apoptosis / C-C chemokine binding / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of endothelial cell proliferation / behavioral response to cocaine / estrous cycle / neuropeptide signaling pathway / regulation of cell adhesion / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / calcium-mediated signaling / cellular response to glucose stimulus / electron transport chain / response to nicotine / response to insulin / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / cellular response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / perikaryon / angiogenesis / response to ethanol / defense response to virus / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / inflammatory response / neuron projection / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / apoptotic process / dendrite / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiao HZ / Hu HL | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Structure basis for the modulation of CXC chemokine receptor 3 by antagonist AMG487. 著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Ying-Chih Chiang / Qiang Chen / Qi Pan / Ruobing Ren / Hongli Hu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36841.map.gz | 78.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36841-v30.xml emd-36841.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36841_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36841.png | 97 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36841.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36841_additional_1.map.gz emd_36841_half_map_1.map.gz emd_36841_half_map_2.map.gz | 41.5 MB 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36841 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36841_validation.pdf.gz | 742.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36841_full_validation.pdf.gz | 742 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36841_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36841_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36841 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k2wMC 8k2xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpen map
ファイル | emd_36841_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpen map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36841_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36841_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CXCR3-KOR-AMG487-Nb6
全体 | 名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6 |
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要素 |
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-超分子 #1: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6
超分子 | 名称: CXCR3-KOR-AMG487-Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Nb6
分子 | 名称: Nb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 18.665906 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMA QVQLQESGGG LVQAGESLRL SCAASGTIFR LYDMGWYRRV SGNQRELVA SITSGGSTKY GDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMSSLKPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGQGTQVTV S SHHHHHHH H |
-分子 #2: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-typ...
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.327051 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ENESDSCCTS PPCPQDFSLN FDRAFLPALY SLLFLLGLLG NGAVAAVLLS RRTALSSTDT FLLHLAVADT LL VLTLPLW AVDAAVQWVF GSGLCKVAGA LFNINFYAGA LLLACISFDR YLNIVHATQL YRRGPPARVT LTCLAVWGLC LLF ALPDFI FLSAHHDERL NATHCQYNFP QVGRTALRVL QLVAGFLLPL LVMAYCYAHI LARLKSVRLL SGSREKDRNL RRIT RLVVV VVVAFALCWT PYHLVVLVDI LMDLGALARN CGRESRVDVA KSVTSGLGYM HCCLNPLLYA FVGVKFRERM WMLLL RLGC PNQRGLQRQP SSSRRDSSWS ETS UniProtKB: Soluble cytochrome b562, C-X-C chemokine receptor type 3, Kappa-type opioid receptor, C-X-C chemokine receptor type 3 |
-分子 #3: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #4: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PCW |
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分子量 | 理論値: 787.121 Da |
Chemical component information | ChemComp-PCW: |
-分子 #5: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
分子 | 名称: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LPC |
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分子量 | 理論値: 468.585 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPC: |
-分子 #6: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimi...
分子 | 名称: N-[(1R)-1-[3-(4-ethoxyphenyl)-4-oxidanylidene-pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]ethyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-2-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]ethanamide タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FI6 |
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分子量 | 理論値: 603.591 Da |
Chemical component information | ChemComp-FI6: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |