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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36778 | |||||||||
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タイトル | The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric post cleavge state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ORF-less Group IIC intron / ribozymes / RNA | |||||||||
生物種 | Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu HZ / Liu JJG | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Hydrolytic endonucleolytic ribozyme (HYER) is programmable for sequence-specific DNA cleavage. 著者: Zi-Xian Liu / Shouyue Zhang / Han-Zhou Zhu / Zhi-Hang Chen / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuan Lei / Yun Liu / Dan-Yuan Li / Ao Sun / Cheng-Ping Li / Shun-Qing Tan / Gao-Li Wang / Jie-Yi Shen / ...著者: Zi-Xian Liu / Shouyue Zhang / Han-Zhou Zhu / Zhi-Hang Chen / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuan Lei / Yun Liu / Dan-Yuan Li / Ao Sun / Cheng-Ping Li / Shun-Qing Tan / Gao-Li Wang / Jie-Yi Shen / Shuai Jin / Caixia Gao / Jun-Jie Gogo Liu / 要旨: Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA ...Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA endonucleases, which could be repurposed as DNA manipulation tools. Focused on bacterial group II-C introns, we found that many systems without intron-encoded protein propagate multiple copies in their resident genomes. These introns, named HYdrolytic Endonucleolytic Ribozymes (HYERs), cleaved RNA, single-stranded DNA, bubbled double-stranded DNA (dsDNA), and plasmids in vitro. HYER1 generated dsDNA breaks in the mammalian genome. Cryo-electron microscopy analysis revealed a homodimer structure for HYER1, where each monomer contains a Mg-dependent hydrolysis pocket and captures DNA complementary to the target recognition site (TRS). Rational designs including TRS extension, recruiting sequence insertion, and heterodimerization yielded engineered HYERs showing improved specificity and flexibility for DNA manipulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36778.map.gz | 450.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36778-v30.xml emd-36778.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36778.png | 96.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36778.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_36778_half_map_1.map.gz emd_36778_half_map_2.map.gz | 442.8 MB 442.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36778 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36778_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36778_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36778_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36778_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36778 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36778_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36778_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 ...
全体 | 名称: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric post cleavge state |
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要素 |
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-超分子 #1: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 ...
超分子 | 名称: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 at symmetric post cleavge state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア) |
-超分子 #2: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: RNA (542-MER)
分子 | 名称: RNA (542-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 205.134922 KDa |
配列 | 文字列: GUGCGCUCGG CAUGGGUGCA AUCUCUAGGG UGAAAGUCCC GAACUGCGAA GGCAGAAGUA GCAGUUAGCU UAACGCAAGG GUGUCCGUG GUGACGCGGA AUCUGAAGGA AGCGGGCGGC AAACUUCCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUAAGGCUA G GUAUCAUU ...文字列: GUGCGCUCGG CAUGGGUGCA AUCUCUAGGG UGAAAGUCCC GAACUGCGAA GGCAGAAGUA GCAGUUAGCU UAACGCAAGG GUGUCCGUG GUGACGCGGA AUCUGAAGGA AGCGGGCGGC AAACUUCCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUAAGGCUA G GUAUCAUU GGAUGAGUUU GCAAGACAAA ACAAAGUCCU UUCUGCCGAA GGUGAUACAG AGUAAAUGAA GCAGAUAGAU GG AAGGAAA GAUUGUACUC UUACCCGAGG AGGUCUGAUG GAUACGUGAA GUGCGCUUCA UAACCUACUU AGUGAUAAGU AAC UGAACC AUCAGAAGUC AGCAGAGGUC AUAGUACGAA UCGGUCUAGA ACGAUUCGGA AGGACUGAAC AAUCAAGAGA AAAU AGCCC UUGGCAUUCA GUACGUCAUG AUGAACACAG AAAACAUGGU ACCUCCCAAG AGAAAGGAAA CGGUGAAUCC CGUGG GAAU CUUUUGGAGG GUGGAGUGAC GACUGGCAUA AGAAGAUCAG CUAUUUACGG AAGGAAGCUU GCGUCAUUAU CUUGAU UGA ACCGCCGUAU ACGGAACCGU ACGUACGGUG GUGUGAGAGG ACGGAGGUUA AUCACCUCCU CCUACUCGAU |
-分子 #2: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.790201 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT) |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393956 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |