[日本語] English
万見
- EMDB-36779: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36779
タイトルThe Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
    • RNA: RNA (543-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードORF-less Group IIC intron / ribozymes / RNA (リボ核酸)
生物種Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Zhu HZ / Liu JJG
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Hydrolytic endonucleolytic ribozyme (HYER) is programmable for sequence-specific DNA cleavage.
著者: Zi-Xian Liu / Shouyue Zhang / Han-Zhou Zhu / Zhi-Hang Chen / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuan Lei / Yun Liu / Dan-Yuan Li / Ao Sun / Cheng-Ping Li / Shun-Qing Tan / Gao-Li Wang / Jie-Yi Shen / ...著者: Zi-Xian Liu / Shouyue Zhang / Han-Zhou Zhu / Zhi-Hang Chen / Yun Yang / Long-Qi Li / Yuan Lei / Yun Liu / Dan-Yuan Li / Ao Sun / Cheng-Ping Li / Shun-Qing Tan / Gao-Li Wang / Jie-Yi Shen / Shuai Jin / Caixia Gao / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA ...Ribozymes are catalytic RNAs with diverse functions including self-splicing and polymerization. This work aims to discover natural ribozymes that behave as hydrolytic and sequence-specific DNA endonucleases, which could be repurposed as DNA manipulation tools. Focused on bacterial group II-C introns, we found that many systems without intron-encoded protein propagate multiple copies in their resident genomes. These introns, named HYdrolytic Endonucleolytic Ribozymes (HYERs), cleaved RNA, single-stranded DNA, bubbled double-stranded DNA (dsDNA), and plasmids in vitro. HYER1 generated dsDNA breaks in the mammalian genome. Cryo-electron microscopy analysis revealed a homodimer structure for HYER1, where each monomer contains a Mg-dependent hydrolysis pocket and captures DNA complementary to the target recognition site (TRS). Rational designs including TRS extension, recruiting sequence insertion, and heterodimerization yielded engineered HYERs showing improved specificity and flexibility for DNA manipulation.
履歴
登録2023年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_36779.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.76134616 - 1.7406143
平均 (標準偏差)-0.00039204452 (±0.042870376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 541.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36779_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36779_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 ...

全体名称: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
要素
  • 複合体: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
    • RNA: RNA (543-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 ...

超分子名称: The Anoxybacillus pushchinoensis ORF-less Group IIC Intron HYER1 with 10-nt TRS at symmetric apo state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア)

-
分子 #1: RNA (543-MER)

分子名称: RNA (543-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Anoxybacillus pushchinoensis (バクテリア)
分子量理論値: 206.396656 KDa
配列文字列: GUGCGCUCGG CAUGGGUGCA AUCUCUAGGG UGAAAGUCCC GAACUGCGAA GGCAGAAGUA GCAGUUAGCU UAACGCAAGG GUGUCCGUG GUGACGCGGA AUCUGAAGGA AGCGGGCGGC AAACUUCCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUAAGGCUA G GUAUCAUU ...文字列:
GUGCGCUCGG CAUGGGUGCA AUCUCUAGGG UGAAAGUCCC GAACUGCGAA GGCAGAAGUA GCAGUUAGCU UAACGCAAGG GUGUCCGUG GUGACGCGGA AUCUGAAGGA AGCGGGCGGC AAACUUCCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUAAGGCUA G GUAUCAUU GGAUGAGUUU GCCGCUAAGA CAAAACAAAG UCCUUUCUGC CGAAGGUGAU ACAGAGUAAA UGAAGCAGAU AG AUGGAAG GAAAGAUUGU ACUCUUACCC GAGGAGGUCU GAUGGAUACG UGAAGUGCGC UUCAUAACCU ACUUAGUGAU AAG UAACUG AACCAUCAGA AGUCAGCAGA GGUCAUAGUA CGAAUCGGUC UAGAACGAUU CGGAAGGACU GAACAAUCAA GAGA AAAUA GCCCUUGGCA UUCAGUACGU CAUGAUGAAC ACAGAAAACA UGGUACCUCC CAAGAGAAAG GAAACGGUGA AUCCC GUGG GAAUCUUUUG GAGGGUGGAG UGACGACUGG CAUAAGAAGA UCAGCUAUUU ACGGAAGGAA GCUUGCGUCA UUAUCU UGA UUGAACCGCC GUAUACGGAA CCGUACGUAC GGUGGUGUGA GAGGACGGAG GUUAAUCACC UCCUCCUACU CGAU

-
分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 166165

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る