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- EMDB-36284: Cryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with S1P -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36284
タイトルCryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with S1P
マップデータSPNS2 fusion full map
試料
  • 複合体: SPNS2 fused with PGS
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
キーワードTranspoter / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / glycogen (starch) synthase activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / glycogen biosynthetic process ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / glycogen (starch) synthase activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / glycogen biosynthetic process / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Pang B / Yu LY / Ren RB
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of Spns2-facilitated sphingosine-1-phosphate transport.
著者: Bin Pang / Leiye Yu / Tong Li / Haizhan Jiao / Xiaomei Wu / Jinxin Wang / Ruiping He / Yurou Zhang / Juan Wang / Hongli Hu / Wei Dai / Li Chen / Ruobing Ren /
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SPNS2 fusion full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.93918955 - 1.6122469
平均 (標準偏差)0.0011574641 (±0.029732652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: SPNS2 fusion half B map

ファイルemd_36284_half_map_1.map
注釈SPNS2 fusion half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SPNS2 fusion half A map

ファイルemd_36284_half_map_2.map
注釈SPNS2 fusion half A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SPNS2 fused with PGS

全体名称: SPNS2 fused with PGS
要素
  • 複合体: SPNS2 fused with PGS
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate

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超分子 #1: SPNS2 fused with PGS

超分子名称: SPNS2 fused with PGS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase

分子名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2,GlgA glycogen synthase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.08993 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKL EVLFQGPGSM MCLECASAAA GGAEEEEADA ERRRRRRGAQ RGAGGSGCCG ARGAGGAGVS AAGDEVQTLS GSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGAQ QPKPASLGRG RGAAAAILSL GNVLNYLDRY TVAGVLLDIQ QHFGVKDRGA G LLQSVFIC ...文字列:
MDYKDDDDKL EVLFQGPGSM MCLECASAAA GGAEEEEADA ERRRRRRGAQ RGAGGSGCCG ARGAGGAGVS AAGDEVQTLS GSVRRAPTG PPGTPGTPGC AATAKGPGAQ QPKPASLGRG RGAAAAILSL GNVLNYLDRY TVAGVLLDIQ QHFGVKDRGA G LLQSVFIC SFMVAAPIFG YLGDRFNRKV ILSCGIFFWS AVTFSSSFIP QQYFWLLVLS RGLVGIGEAS YSTIAPTIIG DL FGIDCSF WNESYLTGSR DERKKSLLSK FGMDEGVTFM FIGRFDRGQK GVDVLLKAIE ILSSKKEFQE MRFIIIGKGD PEL EGWARS LEEKHGNVKV ITEMLSREFV RELYGSVDFV IIPSYFEPFG LVALEAMCLG AIPIASAVGG LRDIITNETG ILVK AGDPG ELANAILKAL ELSRSDLSKF RENCKKRAMS FSTKNTRTLM LSVFYFAIPL GSGLGYITGS SVKQAAGDWH WALRV SPVL GMITGTLILI LVPATKRGHA DQLGDQLKAR TSWLRDMKAL IRNRSYVFSS LATSAVSFAT GALGMWIPLY LHRAQV VQK TAETCNSPPC GAKDSLIFGA ITCFTGFLGV VTGAGATRWC RLKTQRADPL VCAVGMLGSA IFICLIFVAA KSSIVGA YI CIFVGETLLF SNWAITADIL MYVVIPTRRA TAVALQSFTS HLLGDAGSPY LIGFISDLIR QSTKDSPLWE FLSLGYAL M LCPFVVVLGG MFFLATALFF VSDRARAEQQ VNQLAMPPAS VKV

UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2, Glycogen synthase, Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

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分子 #2: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate

分子名称: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: S1P
分子量理論値: 379.472 Da
Chemical component information

ChemComp-S1P:
(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 390253
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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