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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex | |||||||||
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![]() | II-A type anti-CRISPR protein / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å | |||||||||
![]() | Deng X / Wang Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex 著者: Deng X / Wang Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 17 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 128.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 16.8 MB 16.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 917.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 917 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jftMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36217_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36217_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex
全体 | 名称: Ternary complex of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex
超分子 | 名称: Ternary complex of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: SaCas9
超分子 | 名称: SaCas9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: sgRNA
超分子 | 名称: sgRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #4: ACrIIA15
超分子 | 名称: ACrIIA15 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 124.158727 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKRNYILGLD IGITSVGYGI IDYETRDVID AGVRLFKEAN VENNEGRRSK RGARRLKRRR RHRIQRVKKL LFDYNLLTDH SELSGINPY EARVKGLSQK LSEEEFSAAL LHLAKRRGVH NVNEVEEDTG NELSTKEQIS RNSKALEEKY VAELQLERLK K DGEVRGSI ...文字列: MKRNYILGLD IGITSVGYGI IDYETRDVID AGVRLFKEAN VENNEGRRSK RGARRLKRRR RHRIQRVKKL LFDYNLLTDH SELSGINPY EARVKGLSQK LSEEEFSAAL LHLAKRRGVH NVNEVEEDTG NELSTKEQIS RNSKALEEKY VAELQLERLK K DGEVRGSI NRFKTSDYVK EAKQLLKVQK AYHQLDQSFI DTYIDLLETR RTYYEGPGEG SPFGWKDIKE WYEMLMGHCT YF PEELRSV KYAYNADLYN ALNDLNNLVI TRDENEKLEY YEKFQIIENV FKQKKKPTLK QIAKEILVNE EDIKGYRVTS TGK PEFTNL KVYHDIKDIT ARKEIIENAE LLDQIAKILT IYQSSEDIQE ELTNLNSELT QEEIEQISNL KGYTGTHNLS LKAI NLILD ELWHTNDNQI AIFNRLKLVP KKVDLSQQKE IPTTLVDDFI LSPVVKRSFI QSIKVINAII KKYGLPNDII IELAR EKNS KDAQKMINEM QKRNRQTNER IEEIIRTTGK ENAKYLIEKI KLHDMQEGKC LYSLEAIPLE DLLNNPFNYE VDHIIP RSV SFDNSFNNKV LVKQEENSKK GNRTPFQYLS SSDSKISYET FKKHILNLAK GKGRISKTKK EYLLEERDIN RFSVQKD FI NRNLVDTRYA TRGLMNLLRS YFRVNNLDVK VKSINGGFTS FLRRKWKFKK ERNKGYKHHA EDALIIANAD FIFKEWKK L DKAKKVMENQ MFEEKQAESM PEIETEQEYK EIFITPHQIK HIKDFKDYKY SHRVDKKPNR ELINDTLYST RKDDKGNTL IVNNLNGLYD KDNDKLKKLI NKSPEKLLMY HHDPQTYQKL KLIMEQYGDE KNPLYKYYEE TGNYLTKYSK KDNGPVIKKI KYYGNKLNA HLDITDDYPN SRNKVVKLSL KPYRFDVYLD NGVYKFVTVK NLDVIKKENY YEVNSKCYEE AKKLKKISNQ A EFIASFYN NDLIKINGEL YRVIGVNNDL LNRIEVNMID ITYREYLENM NDKRPPRIIK TIASKTQSIK KYSTDILGNL YE VKSKKHP QIIKKG UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9 |
-分子 #3: AcrIIA15
分子 | 名称: AcrIIA15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.787642 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEKVDTWIVY RGRTADMNKS YIAEGSTYEE VYNNFVDKYG YDVLDEDIYE IQLLKKNGEN LDDYDVDSDG INNYDKLDEF RESDYVDLE DYDYRELFEN SSSQVYYHEF EITHE |
-分子 #2: sgRNA of SaCas9
分子 | 名称: sgRNA of SaCas9 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 31.304432 KDa |
配列 | 文字列: GGUCUGCUAU UUCUAUUUAC GUUUUAGUAC UCUGGAAACA GAAUCUACUA AAACAAGGCA AAAUGCCGUG UUUAUCUCGU CAACUUGUU GGCGAGAUC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 237732 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8jft: |