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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36125 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY-SugABC in complex with trehalose | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / ABC-type carbohydrate transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / ABC-type carbohydrate transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang B / Liang J / Rao Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Molecular recognition of trehalose and trehalose analogues by LpqY-SugABC. 著者: Jingxi Liang / Fengjiang Liu / Peng Xu / Wei Shangguan / Tianyu Hu / Shule Wang / Xiaolin Yang / Zhiqi Xiong / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Biao Yu / Zihe Rao / Bing Zhang / 要旨: Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter ...Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter . The substrate-binding protein, LpqY, which forms a stable complex with the translocator SugABC, recognizes and captures trehalose and its analogues in the periplasmic space, but the precise molecular mechanism for this process is still not well understood. This study reports a 3.02-Å cryoelectron microscopy structure of trehalose-bound LpqY-SugABC in the pretranslocation state, a crystal structure of LpqY in a closed form with trehalose bound and five crystal structures of LpqY in complex with different trehalose analogues. These structures, accompanied by substrate-stimulated ATPase activity data, reveal how LpqY recognizes and binds trehalose and its analogues, and highlight the flexibility in the substrate binding pocket of LpqY. These data provide critical insights into the design of trehalose analogues that could serve as potential molecular probe tools or as anti-TB drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36125.map.gz | 107.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36125-v30.xml emd-36125.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36125.png | 35.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36125.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36125_half_map_1.map.gz emd_36125_half_map_2.map.gz | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36125 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36125_validation.pdf.gz | 940.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36125_full_validation.pdf.gz | 939.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36125_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36125_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36125 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ja7MC 8ja8C 8ja9C 8jaaC 8jabC 8jacC 8jadC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36125_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36125_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : LpqY-SugABC
全体 | 名称: LpqY-SugABC |
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要素 |
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-超分子 #1: LpqY-SugABC
超分子 | 名称: LpqY-SugABC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
-分子 #1: Trehalose transport system permease protein SugA
分子 | 名称: Trehalose transport system permease protein SugA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 33.041809 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: VTSVEQRTAT AVFSRTGSRM AERRLAFMLV APAAMLMVAV TAYPIGYALW LSLQRNNLAT PNDTAFIGLG NYHTILIDRY WWTALAVTL AITAVSVTIE FVLGLALALV MHRTLIGKGL VRTAVLIPYG IVTVVASYSW YYAWTPGTGY LANLLPYDSA P LTQQIPSL ...文字列: VTSVEQRTAT AVFSRTGSRM AERRLAFMLV APAAMLMVAV TAYPIGYALW LSLQRNNLAT PNDTAFIGLG NYHTILIDRY WWTALAVTL AITAVSVTIE FVLGLALALV MHRTLIGKGL VRTAVLIPYG IVTVVASYSW YYAWTPGTGY LANLLPYDSA P LTQQIPSL GIVVIAEVWK TTPFMSLLLL AGLALVPEDL LRAAQVDGAS AWRRLTKVIL PMIKPAIVVA LLFRTLDAFR IF DNIYVLT GGSNNTGSVS ILGYDNLFKG FNVGLGSAIS VLIFGCVAVI AFIFIKLFGA AAPGGEPSGR UniProtKB: Trehalose transport system permease protein SugA |
-分子 #2: Trehalose transport system permease protein SugB
分子 | 名称: Trehalose transport system permease protein SugB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 29.145537 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: VGARRATYWA VLDTLVVGYA LLPVLWIFSL SLKPTSTVKD GKLIPSTVTF DNYRGIFRGD LFSSALINSI GIGLITTVIA VVLGAMAAY AVARLEFPGK RLLIGAALLI TMFPSISLVT PLFNIERAIG LFDTWPGLIL PYITFALPLA IYTLSAFFRE I PWDLEKAA ...文字列: VGARRATYWA VLDTLVVGYA LLPVLWIFSL SLKPTSTVKD GKLIPSTVTF DNYRGIFRGD LFSSALINSI GIGLITTVIA VVLGAMAAY AVARLEFPGK RLLIGAALLI TMFPSISLVT PLFNIERAIG LFDTWPGLIL PYITFALPLA IYTLSAFFRE I PWDLEKAA KMDGATPGQA FRKVIVPLAA PGLVTAAILV FIFAWNDLLL ALSLTATKAA ITAPVAIANF TGSSQFEEPT GS IAAGAIV ITIPIIVFVL IFQRRIVAGL TSGAVKG UniProtKB: Trehalose transport system permease protein SugB |
-分子 #3: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
分子 | 名称: Trehalose-binding lipoprotein LpqY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 49.803074 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: VVMSRGRIPR LGAAVLVALT TAAAACGADS QGLVVSFYTP ATDGATFTAI AQRCNQQFGG RFTIAQVSLP RSPNEQRLQL ARRLTGNDR TLDVMALDVV WTAEFAEAGW ALPLSDDPAG LAENDAVADT LPGPLATAGW NHKLYAAPVT TNTQLLWYRP D LVNSPPTD ...文字列: VVMSRGRIPR LGAAVLVALT TAAAACGADS QGLVVSFYTP ATDGATFTAI AQRCNQQFGG RFTIAQVSLP RSPNEQRLQL ARRLTGNDR TLDVMALDVV WTAEFAEAGW ALPLSDDPAG LAENDAVADT LPGPLATAGW NHKLYAAPVT TNTQLLWYRP D LVNSPPTD WNAMIAEAAR LHAAGEPSWI AVQANQGEGL VVWFNTLLVS AGGSVLSEDG RHVTLTDTPA HRAATVSALQ IL KSVATTP GADPSITRTE EGSARLAFEQ GKAALEVNWP FVFASMLENA VKGGVPFLPL NRIPQLAGSI NDIGTFTPSD EQF RIAYDA SQQVFGFAPY PAVAPGQPAK VTIGGLNLAV AKTTRHRAEA FEAVRCLRDQ HNQRYVSLEG GLPAVRASLY SDPQ FQAKY PMHAIIRQQL TDAAVRPATP VYQALSIRLA AVLSPITEID PESTADELAA QAQKAIDGMG LLP UniProtKB: Trehalose-binding lipoprotein LpqY |
-分子 #4: Trehalose import ATP-binding protein SugC
分子 | 名称: Trehalose import ATP-binding protein SugC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 42.964078 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAEIVLDHVN KSYPDGHTAV RDLNLTIADG EFLILVGPSG CGKTTTLNMI AGLEDISSGE LRIAGERVNE KAPKDRDIAM VFQSYALYP HMTVRQNIAF PLTLAKMRKA DIAQKVSETA KILDLTNLLD RKPSQLSGGQ RQRVAMGRAI VRHPKAFLMD E PLSNLDAK ...文字列: MAEIVLDHVN KSYPDGHTAV RDLNLTIADG EFLILVGPSG CGKTTTLNMI AGLEDISSGE LRIAGERVNE KAPKDRDIAM VFQSYALYP HMTVRQNIAF PLTLAKMRKA DIAQKVSETA KILDLTNLLD RKPSQLSGGQ RQRVAMGRAI VRHPKAFLMD E PLSNLDAK LRVQMRGEIA QLQRRLGTTT VYVTHDQTEA MTLGDRVVVM YGGIAQQIGT PEELYERPAN LFVAGFIGSP AM NFFPARL TAIGLTLPFG EVTLAPEVQG VIAAHPKPEN VIVGVRPEHI QDAALIDAYQ RIRALTFQVK VNLVESLGAD KYL YFTTES PAVHSVQLDE LAEVEGESAL HENQFVARVP AESKVAIGQS VELAFDTARL AVFDADSGAN LTIPHRA UniProtKB: Trehalose import ATP-binding protein SugC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50775 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |