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- EMDB-36052: Cryo-EM structure of hZnT7DeltaHis-loop-Fab complex in zinc-unbou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36052
タイトルCryo-EM structure of hZnT7DeltaHis-loop-Fab complex in zinc-unbound state, determined in outward-facing conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 7
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of YN7114-08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of YN7114-08 Fab
キーワードzinc / proton / transporter / Golgi apparatus / metal transporter / histidine-rich loop / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion import into Golgi lumen / Golgi cis cisterna membrane / zinc ion transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic vesicle / vesicle / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus ...zinc ion import into Golgi lumen / Golgi cis cisterna membrane / zinc ion transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic vesicle / vesicle / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc transporter Msc2-like / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc transporter 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Han BB / Inaba K / Watanabe S
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18H03978 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)21H04758 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)21H05247 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of human zinc transporter ZnT7 reveal the mechanism of Zn uptake into the Golgi apparatus.
著者: Han Ba Bui / Satoshi Watanabe / Norimichi Nomura / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Michio Inoue / Akihisa Tsutsumi / Hiroyuki Fujita / Kengo Kinoshita / Yukinari Kato / So Iwata / Masahide Kikkawa / Kenji Inaba /
要旨: Zinc ions (Zn) are vital to most cells, with the intracellular concentrations of Zn being tightly regulated by multiple zinc transporters located at the plasma and organelle membranes. We herein ...Zinc ions (Zn) are vital to most cells, with the intracellular concentrations of Zn being tightly regulated by multiple zinc transporters located at the plasma and organelle membranes. We herein present the 2.2-3.1 Å-resolution cryo-EM structures of a Golgi-localized human Zn/H antiporter ZnT7 (hZnT7) in Zn-bound and unbound forms. Cryo-EM analyses show that hZnT7 exists as a dimer via tight interactions in both the cytosolic and transmembrane (TM) domains of two protomers, each of which contains a single Zn-binding site in its TM domain. hZnT7 undergoes a TM-helix rearrangement to create a negatively charged cytosolic cavity for Zn entry in the inward-facing conformation and widens the luminal cavity for Zn release in the outward-facing conformation. An exceptionally long cytosolic histidine-rich loop characteristic of hZnT7 binds two Zn ions, seemingly facilitating Zn recruitment to the TM metal transport pathway. These structures permit mechanisms of hZnT7-mediated Zn uptake into the Golgi to be proposed.
履歴
登録2023年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36052.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 288 pix.
= 339.84 Å		1.18 Å/pix.
x 288 pix.
= 339.84 Å		1.18 Å/pix.
x 288 pix.
= 339.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.181
最小 - 最大-1.0172983 - 2.3489776
平均 (標準偏差)0.00010105933 (±0.05415699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 339.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36052_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36052_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36052_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex

全体名称: Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex
要素
  • 複合体: Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 7
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of YN7114-08 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of YN7114-08 Fab

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超分子 #1: Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex

超分子名称: Human ZnT7Delta-His-loop-Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Zinc transporter 7

分子名称: Zinc transporter 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.00432 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGGVAMPGAE DDVVMLPLSI KDDEYKPPKF NLFGKISGWF RSILSDKTSR NLFFFLCLNL SFAFVELLYG IWSNCLGLIS DSFHMFFDS TAILAGLAAS VISKWRDNDA FSYGYVRAEV LAGFVNGLFL IFTAFFIFSE GVERALAPPD VHHERLLLVS I LGFVVNLI ...文字列:
MGGVAMPGAE DDVVMLPLSI KDDEYKPPKF NLFGKISGWF RSILSDKTSR NLFFFLCLNL SFAFVELLYG IWSNCLGLIS DSFHMFFDS TAILAGLAAS VISKWRDNDA FSYGYVRAEV LAGFVNGLFL IFTAFFIFSE GVERALAPPD VHHERLLLVS I LGFVVNLI GIFVFKHGGH GHSHGSGHGH SHSLFNGALD QAHGHVDHCH SHEVKHGAAH SHDHAHGHGH FHSHDGPSLK ET TGPSRQI LQGVFLHILA DTLGSIGVIA SAIMMQNFGL MIADPICSIL IAILIVVSVI PLLRESVGIL MQRTPPLLEN SLP QCYQRV QQLQGVYSLQ EQHFWTLCSD VYVGTLKLIV APDADARWIL SQTHNIFTQA GVRQLYVQID FAAM

UniProtKB: Zinc transporter 7

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分子 #2: Light chain of YN7114-08 Fab

分子名称: Light chain of YN7114-08 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.140529 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAS LAVSLRRRAT ISCRASESVD GYGHSFMHWY QQKSGQPPKL LIYRASNLES GVPARFSGSG SRTDFTLTID PVEADDAAT YYCQQSNEDP YTFGSGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLRRRAT ISCRASESVD GYGHSFMHWY QQKSGQPPKL LIYRASNLES GVPARFSGSG SRTDFTLTID PVEADDAAT YYCQQSNEDP YTFGSGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #3: Heavy chain of YN7114-08 Fab

分子名称: Heavy chain of YN7114-08 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.974102 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT NYAVHWVRQS PGKGLEWLGV IWSNGRTDYN AAFISRLSIS KDNSKSQVFF KMNSLQADD TAIYYCARKL AYEGAMDYWG QGTSVTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV ...文字列:
EVQLQESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT NYAVHWVRQS PGKGLEWLGV IWSNGRTDYN AAFISRLSIS KDNSKSQVFF KMNSLQADD TAIYYCARKL AYEGAMDYWG QGTSVTVSSA KTTPPSVYPL APGSAAQTNS MVTLGCLVKG YFPEPVTVTW N SGSLSSGV HTFPAVLQSD LYTLSSSVTV PSSTWPSETV TCNVAHPASS TKVDKKIVPR DCGCKPCICT VPEVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60977
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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