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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35918 | |||||||||
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タイトル | GSK101 and Ruthenium Red bound state of mTRPV4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | mTRPV4 / STRUCTURAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / hypotonic response / cortical microtubule organization / regulation of response to osmotic stress / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / multicellular organismal-level water homeostasis / TRP channels / osmosensory signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / calcium ion import / cell-cell junction assembly / response to osmotic stress / cortical actin cytoskeleton / regulation of aerobic respiration / positive regulation of macrophage chemotaxis / diet induced thermogenesis / cytoplasmic microtubule / beta-tubulin binding / microtubule polymerization / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / energy homeostasis / SH2 domain binding / actin filament organization / filopodium / adherens junction / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / positive regulation of JNK cascade / response to insulin / calcium channel activity / cilium / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / actin filament binding / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / glucose homeostasis / actin binding / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / actin cytoskeleton organization / growth cone / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to hypoxia / calmodulin binding / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhen WX / Yang F | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Structural basis of ligand activation and inhibition in a mammalian TRPV4 ion channel. 著者: Wenxuan Zhen / Zhijun Zhao / Shenghai Chang / Xiaoying Chen / Yangzhuoqun Wan / Fan Yang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35918.map.gz | 52.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35918-v30.xml emd-35918.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35918.png | 40.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35918.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_35918_half_map_1.map.gz emd_35918_half_map_2.map.gz | 95.3 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35918 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35918_validation.pdf.gz | 865.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35918_full_validation.pdf.gz | 865.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35918_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35918_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35918 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35918_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35918_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GSK101 and Ruthenium Red bound state of mTRPV4
全体 | 名称: GSK101 and Ruthenium Red bound state of mTRPV4 |
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要素 |
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-超分子 #1: GSK101 and Ruthenium Red bound state of mTRPV4
超分子 | 名称: GSK101 and Ruthenium Red bound state of mTRPV4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 79.61168 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFAPAPQ PPPILKVFNR PILFDIVSRG STADLDGLLS FLLTHKKRLT DEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT SLHIAIERRC KHYVELLVAQ G ADVHAQAR ...文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFAPAPQ PPPILKVFNR PILFDIVSRG STADLDGLLS FLLTHKKRLT DEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT SLHIAIERRC KHYVELLVAQ G ADVHAQAR GRFFQPKDEG GYFYFGELPL SLAACTNQPH IVNYLTENPH KKADMRRQDS RGNTVLHALV AIADNTRENT KF VTKMYDL LLLKCSRLFP DSNLETVLNN DGLSPLMMAA KTGKIGVFQH IIRREVTDED TRHLSRKFKD WAYGPVYSSL YDL SSLDTC GEEVSVLEIL VYNSKIENRH EMLAVEPINE LLRDKWRKFG AVSFYINVVS YLCAMVIFTL TAYYQPLEGT PPYP YRTTV DYLRLAGEVI TLFTGVLFFF TSIKDLFTKK CPGVNSLFVD GSFQLLYFIY SVLVVVSAAL YLAGIEAYLA VMVFA LVLG WMNALYFTRG LKLTGTYSIM IQKILFKDLF RFLLVYLLFM IGYASALVTL LNPCTNMKVC DEDQSNCTVP TYPACR DSE TFSAFLLDLF KLTIGMGDLE MLSSAKYPVV FILLLVTYII LTFVLLLNML IALMGETVGQ VSKESKHIWK LQWATTI LD IERSFPVFLR KAFRSGEMVT VGKSSDGTPD RRWCFRVDEV NWSHWNQNLG IINEDPGK UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 |
-分子 #2: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazi...
分子 | 名称: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: XQ3 |
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分子量 | 理論値: 655.613 Da |
Chemical component information | ChemComp-XQ3: |
-分子 #3: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)
分子 | 名称: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2) タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: R2R |
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分子量 | 理論値: 559.525 Da |
Chemical component information | ChemComp-R2R: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 334401 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |