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- EMDB-35863: Cryo-EM structure of the Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35863
タイトルCryo-EM structure of the Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAC1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase subunit LIP1
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
キーワードSubstrate / Complex / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain ceramide synthase / acyl-CoA ceramide synthase complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine N-acyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / nuclear periphery / nuclear envelope / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
TRAM/LAG1/CLN8 homology domain / Sphingosine N-acyltransferase Lag1/Lac1-like / TLC domain / TLC domain profile. / TRAM, LAG1 and CLN8 homology domains.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceramide synthase LAC1 / Ceramide synthase subunit LIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Xie T / Fang Q / Gong X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of a eukaryotic ceramide synthase complex.
著者: Tian Xie / Qi Fang / Zike Zhang / Yanfei Wang / Feitong Dong / Xin Gong /
要旨: Ceramide synthases (CerS) catalyze ceramide formation via N-acylation of a sphingoid base with a fatty acyl-CoA and are attractive drug targets for treating numerous metabolic diseases and cancers. ...Ceramide synthases (CerS) catalyze ceramide formation via N-acylation of a sphingoid base with a fatty acyl-CoA and are attractive drug targets for treating numerous metabolic diseases and cancers. Here, we present the cryo-EM structure of a yeast CerS complex, consisting of a catalytic Lac1 subunit and a regulatory Lip1 subunit, in complex with C26-CoA substrate. The CerS holoenzyme exists as a dimer of Lac1-Lip1 heterodimers. Lac1 contains a hydrophilic reaction chamber and a hydrophobic tunnel for binding the CoA moiety and C26-acyl chain of C26-CoA, respectively. Lip1 interacts with both the transmembrane region and the last luminal loop of Lac1 to maintain the proper acyl chain binding tunnel. A lateral opening on Lac1 serves as a potential entrance for the sphingoid base substrate. Our findings provide a template for understanding the working mechanism of eukaryotic ceramide synthases and may facilitate the development of therapeutic CerS modulators.
履歴
登録2023年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35863.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-1.3691268 - 1.7545562
平均 (標準偏差)0.0036270125 (±0.051811084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35863_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35863_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex

全体名称: Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex
要素
  • 複合体: Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAC1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase subunit LIP1
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE

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超分子 #1: Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex

超分子名称: Lac1-Lip1 (Lip1-S74F) complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Ceramide synthase LAC1

分子名称: Ceramide synthase LAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: very-long-chain ceramide synthase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 49.049848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTIKPSPSN NNLKVRSRPR RKSSIGKIDL GDTVPSLGTM FETKESKTAA KRRMQRLSEA TKNDSDLVKK IWFSFREISY RHAWIAPLM ILIAVYSAYF TSGNTTKTNV LHRFVAVSYQ IGDTNAYGKG INDLCFVFYY MIFFTFLREF LMDVVIRPFA I RLHVTSKH ...文字列:
MSTIKPSPSN NNLKVRSRPR RKSSIGKIDL GDTVPSLGTM FETKESKTAA KRRMQRLSEA TKNDSDLVKK IWFSFREISY RHAWIAPLM ILIAVYSAYF TSGNTTKTNV LHRFVAVSYQ IGDTNAYGKG INDLCFVFYY MIFFTFLREF LMDVVIRPFA I RLHVTSKH RIKRIMEQMY AIFYTGVSGP FGIYCMYHSD LWFFNTKAMY RTYPDFTNPF LFKVFYLGQA AFWAQQACIL VL QLEKPRK DHNELTFHHI VTLLLIWSSY VFHFTKMGLP IYITMDVSDF LLSFSKTLNY LDSGLAFFSF AIFVVAWIYL RHY INLKIL WSVLTQFRTE GNYVLNFATQ QYKCWISLPI VFVLIGALQL VNLYWLFLIF RVLYRILWRG ILKDDRSDSE SDEE SDESS TTPTDSTPTK KDI

UniProtKB: Ceramide synthase LAC1

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分子 #2: Ceramide synthase subunit LIP1

分子名称: Ceramide synthase subunit LIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 19.560094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMSQPTPIIT TKSAAKPKPK IFNLFRVCFI SLLLIAAVEY FKYGTRINYE WFHCTPIKEP QSGSVIKLW ARGGPFCDKR GEYKTIVKRI TRDYEPNDEH LSFCIIENDN VPPVHYPIHE DKGEPGYVAY VGYDTDSELV Q ELCADSTI YHM

UniProtKB: Ceramide synthase subunit LIP1

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分子 #3: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 93964
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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