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万見
- EMDB-35641: Cryo-EM structure of heme transporter CydDC from Mycobacterium sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35641
タイトルCryo-EM structure of heme transporter CydDC from Mycobacterium smegmatis in the outward facing ATP bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: CydDC
    • タンパク質・ペプチド: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードABC transporter / Heme / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate-transporting ATPase / cysteine transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, CydDC cysteine exporter (CydDC-E) family, permease/ATP-binding protein CydD / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD / Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhu C / Li J
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1300900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2302900 中国
Other government22ZR1441600
Other governmentZD2021CY1001
Other governmentLG202101-01-08
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of a prokaryotic heme transporter CydDC.
著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / ...著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / Haitao Yang / Zihe Rao / Jun Li /
履歴
登録2023年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.31897247 - 1.2972001
平均 (標準偏差)-0.00023627297 (±0.035150018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35641_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35641_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CydDC

全体名称: CydDC
要素
  • 複合体: CydDC
    • タンパク質・ペプチド: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: CydDC

超分子名称: CydDC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter...

分子名称: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 51.88023 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: LRHDPLLRLT LELLRPRLGR FLLAAALGVL SLGSALALAG ISAWLITRAW QMPPVLDLTV AVVAVRALGI SRGVLGYCQR LASHDSALR AAANARTGLY RKLADAPPDE AMRLPSGELV ARLGPAVDEL ADVLVRALLP IVVAVVLGCA AVGVIAVISP A SAAVLAVC ...文字列:
LRHDPLLRLT LELLRPRLGR FLLAAALGVL SLGSALALAG ISAWLITRAW QMPPVLDLTV AVVAVRALGI SRGVLGYCQR LASHDSALR AAANARTGLY RKLADAPPDE AMRLPSGELV ARLGPAVDEL ADVLVRALLP IVVAVVLGCA AVGVIAVISP A SAAVLAVC LVVAGVVAPA LAARAAHASE TVAAEHRSQR DTAGMLALEH APELRVSGRL DSVIATFERH HRAWGEAADR AA APAAVAA AMPTAAMGVS VVGAVIAGIA LAPTVAPTTA AILMLLPLSA FEATTALPDA AAQLMRSRVA ARRLLELTTP TPL RSRPDV ATVDLAPGDR LAVVGPSGSG KTTMLMAIAD RLNGAGGETP QRAAVFAEDA HLFDTTVRDN LLVVRGDATD TELV AALDR VGLGEWLAGL PDGLSTVLVG GAAAVSAGQR RRLLIARALI SAFPVVLLDQ PTENLDAGDA RQMLEGLLTP GALFA ADRT VVVATHHLPP GFDCPIVRCT

UniProtKB: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC

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分子 #2: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD

分子名称: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sulfate-transporting ATPase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 53.259 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: SYFQSNVVIA GCTIASAVVL AHIVAGIITN PATALGGETD WAPGLVALAV LWSVRVVAQW FQGRLSQRGA TAVIGELSRQ VLSSVTTSS PRRLAADRDS AAAVVTRGLD GLRPYFTGYL PAVVLAGILT PAALVVMAAY DWQAAAIVVI ALPLIPIFMV L IGLLTAER ...文字列:
SYFQSNVVIA GCTIASAVVL AHIVAGIITN PATALGGETD WAPGLVALAV LWSVRVVAQW FQGRLSQRGA TAVIGELSRQ VLSSVTTSS PRRLAADRDS AAAVVTRGLD GLRPYFTGYL PAVVLAGILT PAALVVMAAY DWQAAAIVVI ALPLIPIFMV L IGLLTAER SAAALTAMTT LQGRMLDLIA GIPTLRAVGR AGGSVQRIAE LSASHRRSTM ATLRISFLSA LVLELLATLG VA LVAVSVG LRLVFGDMTL AAGLTALLLA PEVFWPLRRV GAAFHAAQDG KTAAEQALRL CAEPHPPTGH EVVPAGAPVI EVP ALKAVM EPGRVTVLTG PNGVGKSTLL QAILGLQESP CGPILVAGVE VGALDRSAWW GRLAWMPHRP VLVPGTVREN LELL GPVPG LDEVCRSVGF DEVLGELPDG SETPLGRGGV GLSLGQRQRL GLVRALGAPA DVLLLDQPTA HLDGALEDRV LAAIV ARAR AGATVVMVGH RAPVLAAADH VVTMESSLVA P

UniProtKB: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 158908
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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