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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Rpd3S bound to the nucleosome | |||||||||
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![]() | HDAC / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy ...Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / NuRD complex / histone deacetylase / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / Estrogen-dependent gene expression / histone deacetylase complex / positive regulation of macroautophagy / nuclear periphery / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / nucleosome assembly / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
![]() | Zhang Y / Gang C | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for nucleosome binding and catalysis by the yeast Rpd3S/HDAC holoenzyme. 著者: Yueyue Zhang / Mengxue Xu / Po Wang / Jiahui Zhou / Guangxian Wang / Shuailong Han / Gang Cai / Xuejuan Wang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 136.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26 KB 26 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 134.4 MB 134.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ihtMC ![]() 8ihmC ![]() 8ihnC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35455_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35455_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome
+超分子 #1: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome
+分子 #1: Histone H3
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A
+分子 #4: Histone H2B
+分子 #7: RCO1 isoform 1
+分子 #8: Chromatin modification-related protein EAF3
+分子 #9: Transcriptional regulatory protein SIN3
+分子 #10: Histone deacetylase RPD3
+分子 #5: DNA (164-MER)
+分子 #6: DNA (165-MER)
+分子 #11: ZINC ION
+分子 #12: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107252 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |