[日本語] English
万見
- EMDB-35416: Cryo-EM structure of the Clr6S (Clr6-HDAC) complex from S. pombe -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35416
タイトルCryo-EM structure of the Clr6S (Clr6-HDAC) complex from S. pombe
マップデータCryo-EM map of Clr6-HDAC complex
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe
    • タンパク質・ペプチド: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
    • タンパク質・ペプチド: Paired amphipathic helix protein pst2
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase clr6
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein eaf3
    • タンパク質・ペプチド: Cph1
    • タンパク質・ペプチド: Cph2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水
キーワードRpd3S / Histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) / HDAC (ヒストン脱アセチル化酵素) / Clr6 / Rpd3 / Clr6S / Clr6 HDAC / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9 deacetylase activity / histone H3K14 deacetylase activity / histone H4K16 deacetylase activity / : / HDACs deacetylate histones / H3-H4 histone complex chaperone activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex ...histone H3K9 deacetylase activity / histone H3K14 deacetylase activity / histone H4K16 deacetylase activity / : / HDACs deacetylate histones / H3-H4 histone complex chaperone activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / Rpd3L complex / Rpd3S complex / Rpd3L-Expanded complex / NuRD complex / ヒストン脱アセチル化酵素 / protein lysine deacetylase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / nucleosome binding / epigenetic regulation of gene expression / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 紡錘体 / transcription corepressor activity / histone binding / クロマチンリモデリング / DNA修復 / DNA damage response / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily ...Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ヒストン脱アセチル化酵素 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired amphipathic helix protein pst2 / Chromatin modification-related protein eaf3 / RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / Histone deacetylase clr6 / Uncharacterized protein C2F7.07c / Uncharacterized protein C16C9.05
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang HQ / Wang X / Wang YN / Liu SM / Zhang Y / Xu K / Ji LT / Kornberg RD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Class I histone deacetylase complex: Structure and functional correlates.
著者: Xiao Wang / Yannan Wang / Simiao Liu / Yi Zhang / Ke Xu / Liting Ji / Roger D Kornberg / Heqiao Zhang /
要旨: The Clr6S complex, a class I histone deacetylase complex, functions as a zinc-dependent enzyme to remove acetyl groups from lysine residues in histone tails. We report here the cryo-EM structure of ...The Clr6S complex, a class I histone deacetylase complex, functions as a zinc-dependent enzyme to remove acetyl groups from lysine residues in histone tails. We report here the cryo-EM structure of Clr6S alone and a cryo-EM map of Clr6S in complex with a nucleosome. The active center, revealed at near-atomic resolution, includes features important for catalysis-A water molecule coordinated by zinc, the likely nucleophile for attack on the acetyl-lysine bond, and a loop that may position the substrate for catalysis. The cryo-EM map in the presence of a nucleosome reveals multiple Clr6S-nucleosome contacts and a high degree of relative motion of Clr6S and the nucleosome. Such flexibility may be attributed to interaction at a site in the flexible histone tail and is likely important for the function of the deacetylase, which acts at multiple sites in other histone tails.
履歴
登録2023年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月3日-
現状2024年1月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_35416.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Clr6-HDAC complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0378
最小 - 最大-0.95258015 - 1.4380814
平均 (標準偏差)0.000020033383 (±0.033607423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 265.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_35416_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_35416_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe

全体名称: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe
    • タンパク質・ペプチド: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1
    • タンパク質・ペプチド: Paired amphipathic helix protein pst2
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase clr6
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein eaf3
    • タンパク質・ペプチド: Cph1
    • タンパク質・ペプチド: Cph2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe

超分子名称: Cryo-EM structure of the Clr6-HDAC (Clr6S) complex from S. pombe
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 600 KDa

-
分子 #1: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1

分子名称: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 48.528926 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ...文字列:
MAVSAVPHPS KQAQASEEGI NQEKCINEEY KIWKKNSPFL YDLIITRALE WPCMSLQWYP EQQIFAEHGY TEQKMFLGVR ADVGKYLLA VASIQLPYLN QTVPPTTMEG ASAGDESSLR VNISNLYSHP ESVCSAKLMP QDDSCVATVG NYHNDVLVFD K ESFESYSS ASESPLKPKY RLTKHTQPCT SVCWNFLSKG TLVSGSQDAT LSCWDLNAYN ESDSASVLKV HISSHEKQVS DV RFHYKHQ DLLASVSYDQ YLHVHDIRRP DASTKPARSV HAHSGPIHSV AFNPHNDFIL ATCSTDKTIA LWDLRNLNQR LHT LEGHED IVTKISFSPH EEPILASTSA DRRTLVWDLS RIGEDQPAEE AQDGPPELLF MHGGHTSCTI DMDWCPNYNW TMAT AAEDN ILQIWTPSRS IWGNEQLEED ATAYLS

UniProtKB: RbAp48-related WD40 repeat-containing protein prw1

-
分子 #2: Paired amphipathic helix protein pst2

分子名称: Paired amphipathic helix protein pst2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 125.011609 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEQTLAILKN DNSTLVAEMQ NQLVHDFSPN GTALPELDIK AFVQKLGQRL CHRPYVYSAF MDVVKALHNE IVDFPGFIER ISVILRDYP DLLEYLNIFL PSSYKYLLSN SGANFTLQFT TPSGPVSTPS TYVATYNDLP CTYHRAIGFV SRVRRALLSN P EQFFKLQD ...文字列:
MEQTLAILKN DNSTLVAEMQ NQLVHDFSPN GTALPELDIK AFVQKLGQRL CHRPYVYSAF MDVVKALHNE IVDFPGFIER ISVILRDYP DLLEYLNIFL PSSYKYLLSN SGANFTLQFT TPSGPVSTPS TYVATYNDLP CTYHRAIGFV SRVRRALLSN P EQFFKLQD SLRKFKNSEC SLSELQTIVT SLLAEHPSLA HEFHNFLPSS IFFGSKPPLG SFPLRGIQSS QFTLSNISDL LS QSRPDNL SPFSHLSNES SDFFKNVKNV LTDVETYHEF LKLLNLYVQG IIDRNILVSR GFGFLKSNSG LWRSFLSLTS LSP EEFLSV YNSACSDFPE CGPSYRLLPV EERNISCSGR DDFAWGILND DWVSHPTWAS EESGFIVQRK TPYEEAMTKL EEER YEFDR HIEATSWTIK SLKKIQNRIN ELPEEERETY TLEEGLGLPS KSIYKKTIKL VYTSEHAEEM FKALERMPCL TLPLV ISRL EEKNEEWKSV KRSLQPGWRS IEFKNYDKSL DSQCVYFKAR DKKNVSSKFL LAEADILRSQ AKLHFPLRSR SAFEFS FVY DNEIVLFDTC YMVCTYIVCN SPSGLKKVEH FFKNILPLHF GLEKDKFSIF LDQVFRGPDY DVNAPNIVGN KPVRRKR SN SITQLTEFVK QPKINGQRES RSAAAARKKE ESGNKSQSNS QNSLSDESGN VTPVSKKQLS QPAAAIKASL KYPSHPDS L LEHQDHAGDT ENEMHDDVDK EQFGYSSMYV FFRLFNLLYE RLYELQRLED QVSIIQQRII PNPVSQKQKI WRDRWNDLS DVPDEKTHYE NTYVMILRLI YGIVDQSAFE DYLRFYYGNK AYKIYTIDKL VWSAAKQVHH IVSDGKYKFV TSLVEQNSSA SPKKNYDDF LYRLEIEKLL NPDEILFRFC WINKFKSFGI KIMKRANLIV DQSLDTQRRV WKKYVQNYRI QKLTEEISYK N YRCPFLCR NIEKERTVEQ LVSRLQTKLL RSAELVSGLQ AKLCLDSFKL LYLPRTEDSY IDASYLRLRD TDFLDCQNKR KQ RWRNRWE SLLKSVRGTS DNTAEVNFDA DINALFIP

UniProtKB: Paired amphipathic helix protein pst2

-
分子 #3: Histone deacetylase clr6

分子名称: Histone deacetylase clr6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヒストン脱アセチル化酵素
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 45.773371 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: KKKVSYFYDE DVGNYHYGPQ HPMKPHRVRM VHNLVVNYNL YEKLNVITPV RATRNDMTRC HTDEYIEFLW RVTPDTMEKF QPHQLKFNV GDDCPVFDGL YEFCSISAGG SIGAAQELNS GNAEIAINWA GGLHHAKKRE ASGFCYVNDI ALAALELLKY H QRVLYIDI ...文字列:
KKKVSYFYDE DVGNYHYGPQ HPMKPHRVRM VHNLVVNYNL YEKLNVITPV RATRNDMTRC HTDEYIEFLW RVTPDTMEKF QPHQLKFNV GDDCPVFDGL YEFCSISAGG SIGAAQELNS GNAEIAINWA GGLHHAKKRE ASGFCYVNDI ALAALELLKY H QRVLYIDI DVHHGDGVEE FFYTTDRVMT CSFHKFGEYF PGTGHIKDTG IGTGKNYAVN VPLRDGIDDE SYESVFKPVI SH IMQWFRP EAVILQCGTD SLAGDRLGCF NLSMKGHSMC VDFVKSFNLP MICVGGGGYT VRNVARVWTY ETGLLAGEEL DEN LPYNDY LQYYGPDYKL NVLSNNMENH NTRQYLDSIT SEIIENLRNL SFAPSVQMHK TPGDFTFENA EKQNIAKEEI MDER V

UniProtKB: Histone deacetylase clr6

-
分子 #4: Chromatin modification-related protein eaf3

分子名称: Chromatin modification-related protein eaf3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 39.191199 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAVSYKVNER VLCFHGPLLY EAKIVDTEMK GDVTTYLIHY KGWKNSWDEW VEQDRILQWT EENLKTQKEL KNAAISTRQK PTSKKSASS TSKHDSTGVK TSGKRSRESS TVTVDGDSHE LPSRIKTQKS ESPIPQQVKR DGTTDAKNEE TTKPENNEKD D FEEEPPLP ...文字列:
MAVSYKVNER VLCFHGPLLY EAKIVDTEMK GDVTTYLIHY KGWKNSWDEW VEQDRILQWT EENLKTQKEL KNAAISTRQK PTSKKSASS TSKHDSTGVK TSGKRSRESS TVTVDGDSHE LPSRIKTQKS ESPIPQQVKR DGTTDAKNEE TTKPENNEKD D FEEEPPLP KHKISVPDVL KLWLVDDWEN ITKNQQLIAI PRNPTVRAAI AAFRESKISH LNNEIDVDVF EQAMAGLVIY FN KCLGNML LYRFERQQYL EIRQQYPDTE MCDLYGVEHL IRLFVSLPEL IDRTNMDSQS IECLLNYIEE FLKYLVLHKD EYF IKEYQN APPNYRSLVG V

UniProtKB: Chromatin modification-related protein eaf3

-
分子 #5: Cph1

分子名称: Cph1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 45.046082 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASSINNSSQ PTVPSISNNS HGDSFVNEGP PSNFKNNSLT SSTHSSTDHV NVLPISQDKE MDISSPVKKQ KASYSNKSPN KAPIQKSRG SSLKSHLETE SQQTPVKRRR RKATIRNVDY CSACGGRGLF ICCEGCPCSF HLSCLEPPLT PENIPEGSWF C VTCSIKSH ...文字列:
MASSINNSSQ PTVPSISNNS HGDSFVNEGP PSNFKNNSLT SSTHSSTDHV NVLPISQDKE MDISSPVKKQ KASYSNKSPN KAPIQKSRG SSLKSHLETE SQQTPVKRRR RKATIRNVDY CSACGGRGLF ICCEGCPCSF HLSCLEPPLT PENIPEGSWF C VTCSIKSH HPPKHPLSIW SQLYDWIDSQ NPSQYRLPDD LVHYFHGISR GDTGAYKETE GEMDTDEFSA LPTGSSITNL AY CGYCSKP SMGACWVYGC QLCDTFYHKN CKEHAKKCSH DSIGKKGMRV PKNAVVIRTP LVLDTTSNTL NPKVMISGWQ FLM GEFPSD ELLYFPRLPV SCLYKVSEDG LIKDFLYAIG IEAKKFNNER KKRELEVIPP DVKSALLPAR THPNLPIALR TLFN KART

UniProtKB: Uncharacterized protein C16C9.05

-
分子 #6: Cph2

分子名称: Cph2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 68.871703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDAKPWNHTS EAFQASILED LKIIQKAGAE RNAKSSHGSI NSRSASPNKA TSRRNRAQNG NSNGRASVDN SDDGSKDDLD YSPSVKRKH VNGEGAEKGD HDTSNNGPSI TKLRRKVRRT YDTKDGFVAW NTLDDDFRPI VPDQERSRKI NPQKGNNNNL L KENKSLKT ...文字列:
MDAKPWNHTS EAFQASILED LKIIQKAGAE RNAKSSHGSI NSRSASPNKA TSRRNRAQNG NSNGRASVDN SDDGSKDDLD YSPSVKRKH VNGEGAEKGD HDTSNNGPSI TKLRRKVRRT YDTKDGFVAW NTLDDDFRPI VPDQERSRKI NPQKGNNNNL L KENKSLKT TAKDLSDISS SSMKKANNSS KPLFSGKLTF KANIPVPTSE VVTENNVTRN VTVYSNQKHL GNESENFNDM EG RAEDISS NELLPTPEEY PYRYNNDYCS ACHGPGNFLC CETCPNSFHF TCIDPPIEEK NLPDDAWYCN ECKHHSLYNE LDE QEELES NVKEEGTMVD VWMQLCTYID SHNPIQFHLP HSISSFFRGV GSGVMGEYIE TDVLKHLKSS RRSNGEERDP LLLK SKSGT PILCFRCHKS ALVSQSILAC DYCNSYWHPD CLNPPLATLP SNLRKWKCPN HSDHVTPRYR LPEKAKVIRV GLPRG FKNK GNIVIDENED EPSVQTIQLQ GKIRVVPSKP FKLNFLEQIR DNVINLRKMV EQDEQLCIET FSKFDFYATR DCELPL RIL CDVANDNLEN DDYVLALRDL LRISKWDPNQ PVPAPFDLAN LLSY

UniProtKB: Uncharacterized protein C2F7.07c

-
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 721645
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る