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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35245 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the major capsid protein VP39 of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of AcMNPV VP39 | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / capsid protein / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / viral capsid / structural molecule activity / Major viral capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Jia X / Zhang Q | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Architecture of the baculovirus nucleocapsid revealed by cryo-EM. 著者: Xudong Jia / Yuanzhu Gao / Yuxuan Huang / Linjun Sun / Siduo Li / Hongmei Li / Xueqing Zhang / Yinyin Li / Jian He / Wenbi Wu / Harikanth Venkannagari / Kai Yang / Matthew L Baker / Qinfen Zhang / 要旨: Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known ...Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known about the structure of most baculovirus proteins. Here, we show a 3.2 Å resolution structure of helical cylindrical body of the AcMNPV nucleocapsid, composed of VP39, as well as 4.3 Å resolution structures of both the head and the base of the nucleocapsid composed of over 100 protein subunits. AcMNPV VP39 demonstrates some features of the HK97-like fold and utilizes disulfide-bonds and a set of interactions at its C-termini to mediate nucleocapsid assembly and stability. At both ends of the nucleocapsid, the VP39 cylinder is constricted by an outer shell ring composed of proteins AC104, AC142 and AC109. AC101(BV/ODV-C42) and AC144(ODV-EC27) form a C14 symmetric inner layer at both capsid head and base. In the base, these proteins interact with a 7-fold symmetric capsid plug, while a portal-like structure is seen in the central portion of head. Additionally, we propose an application of AlphaFold2 for model building in intermediate resolution density. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35245.map.gz | 9.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35245-v30.xml emd-35245.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35245_fsc.xml | 19.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35245.png | 230.3 KB | ||
マスクデータ | emd_35245_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35245.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_35245_half_map_1.map.gz emd_35245_half_map_2.map.gz | 753 MB 753 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35245 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35245 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35245_validation.pdf.gz | 690.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35245_full_validation.pdf.gz | 690 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35245_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35245_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35245 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35245 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i8aMC 8i8bC 8i8cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of AcMNPV VP39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35245_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_35245_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_35245_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
全体 | 名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
超分子 | 名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 307456 生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Major viral capsid protein
分子 | 名称: Major viral capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) |
分子量 | 理論値: 38.991109 KDa |
配列 | 文字列: MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF ...文字列: MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF CSRVSRDELR FFDVTNARAL RGGAGDQLFN NYSGFLQNLI RRAVAPEYLQ IDTEELRFRN CATCIIDETG LV ASVPDGP ELYNPIRSSD IMRSQPNRLQ IRNVLKFEGD TRELDRTLSG YEEYPTYVPL FLGYQIINSE NNFLRNDFIP RAN PNATLG GGAVAGPAPG VAGEAGGGIA V UniProtKB: Major viral capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |