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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35189 | |||||||||
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タイトル | CalA3 with hydrolysis product | |||||||||
マップデータ | postprocessed map | |||||||||
試料 |
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キーワード | polyketide synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J / Wang Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: C-N bond formation by a polyketide synthase. 著者: Jialiang Wang / Xiaojie Wang / Xixi Li / LiangLiang Kong / Zeqian Du / Dandan Li / Lixia Gou / Hao Wu / Wei Cao / Xiaozheng Wang / Shuangjun Lin / Ting Shi / Zixin Deng / Zhijun Wang / Jingdan Liang / 要旨: Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the ...Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the polyketide backbone successively. Here, we present the cryo-EM structure of CalA3, a chain release PKS module without an ACP domain, and its structures with amidation or hydrolysis products. The domain organization reveals a unique "∞"-shaped dimeric architecture with five connected domains. The catalytic region tightly contacts the structural region, resulting in two stabilized chambers with nearly perfect symmetry while the N-terminal docking domain is flexible. The structures of the ketosynthase (KS) domain illustrate how the conserved key residues that canonically catalyze C-C bond formation can be tweaked to mediate C-N bond formation, revealing the engineering adaptability of assembly-line polyketide synthases for the production of novel pharmaceutical agents. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35189.map.gz | 9.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35189-v30.xml emd-35189.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35189_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35189.png | 108.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35189.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_35189_additional_1.map.gz emd_35189_half_map_1.map.gz emd_35189_half_map_2.map.gz | 167.9 MB 169.9 MB 169.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35189 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35189_validation.pdf.gz | 791.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35189_full_validation.pdf.gz | 791.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35189_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35189_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35189 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i4zMC 7wvzC 8i4yC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: full map
ファイル | emd_35189_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_35189_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_35189_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
全体 | 名称: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation |
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要素 |
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-超分子 #1: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation
超分子 | 名称: CalA3, a polyketide synthase catalyzing C-N bond formation タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア) |
-分子 #1: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I
分子 | 名称: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces chartreusis NRRL 3882 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 178.383562 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPDEEKLQKY LRKVTAELQQ ARRRLAAAES QSQEPIAVLG IGCRFPGGVR SPEDLWDLVD SGGDAVGGLP AGRGWQAGSA LDGVNAGFI HGVEEFDPYF FGLDPVEAAA MDPQQRLLLE TTWEAFERAG IDPVAARGSR TAVYAGVQFG GYPLLMREAP P PQVLDHLG ...文字列: MPDEEKLQKY LRKVTAELQQ ARRRLAAAES QSQEPIAVLG IGCRFPGGVR SPEDLWDLVD SGGDAVGGLP AGRGWQAGSA LDGVNAGFI HGVEEFDPYF FGLDPVEAAA MDPQQRLLLE TTWEAFERAG IDPVAARGSR TAVYAGVQFG GYPLLMREAP P PQVLDHLG LGNSVGAASG RLAYQFGLLG GAVTVDTQCT SSIVALHLAV KALRNGECAL ALAGGACVMS LPTVLMDFHR RS LLAPDGR SKSFAAAADG VSLAEGAGML LLERLSDARR NGHPVMAVIR GTAINQDGAT NGIISPSGRA QERVIRAALA DGR VTADSV DAVEGHGVGA TLGDGVEVTS LLSTYGQERP AGRPLLLGSV KSNIGHTQTV GAVAGIVKLV MALRNERLPR TVHV DGPTP HADWSSGTVR LLTEPEPWRR GERVRRAGLT CLTLSGTNGH LILEEPPADE PAARPANPER TVPLVLSAKS PTALR EQAE RLRATITAAE PVDVGHSLHT TRSSFRHRAV VLGTGREELA AGLDALAGDR TADGLVRGVA RAQGQTALLF GGAGDG TSG DRPADAEGPR TARGLYEAFP AFAEALDEVT EHLAGLLGPE VRAAVREPGP ACAEPTVVGQ AVAFALNTAL HRLLTAF AV RPDATLGHGA GEVAAAYAAG ALSLADGAAL VTALGRITER VATGPGASVW VRATEDEVRA ALSGSQEQVG AAVAAVDE P GTTVVSGDAG AVARVAAHWR AHGRATGAPR PARLLLSPDD EQAALAELRA IVAGLAFREP EVPLLSTVTG QPVEPAELR SAEHWLDHLR GPTRFLDGVR RLRTDGVTRL VGLDLSGDLT GPAGRSAAGF GEPGRPLLLA SVPGGGRPPG QALLSALGEL HTDGVAIDW SQAFEGRGAR RVDLPTYPYQ KVRCWLVPPE PQVSVVAAPP HPLLGTALDL VDATGQSFTQ QLTPGQVAGV F GQQLYGTP VLPAGARLEW LLAAARHGSP DSAWTLTGIR LPGTVSAASG TPVALQTSRE DSGDGHRVRA FVKGPGTGGG RW AERGGAT VVPAVTRPAP DRVDPESLPE GLAELDVAEV YRRLWRQGSD YAEPLRVLRR VWLGGDEAVA LVGTADVPTG PSG WSRWAA VLEAAVQLAA LSGSGPRTPV SVDRLEVSGP PSEVVWLRVR HGADGAADAV VLSGEGVRLA AVQGLRLRPM AGRE PAGLA EAPLERHEVV WHALAEDGRP GAIGGGTGSW LVFSDDPERA AAWCDELALF GVPAVALAGE DAEGRDGTET VPVGT GDPD VVGKTFAELR ERGVTVAGLL VHDAGDAREP ASGADDPLDA ACRRGGRTLA LVRGFLQEYA EQTPRIVLCS AGAAAG LAG GPPHPAQAPL TALFTSLVWE HPELPCAQVD LDPAEDPPTV VSLLGQVMRL PGAGRLAVRG GRWFEARLER RPAPADR GE RLALRPDATY LVAGGDTRHA AAALEWLAAR GARSVVLAGA ESERGDLAGA RTTGHAGIER LEHVAVDLSS AADVARLA E LCADGRPPLR GVLLLPQPVA GGGLDELDGA RFGAELAGAL RGPVELTRRF TDVGLTGGTD FFVLSTSVVS LPGRAGTVV GSAADAFLTA LARHHRQAGL PVVAAAWGPW LESVDESDEA PAVAFAEAGV YPAPGGEMLD ALLPLPAAGE ADGSGEAGLA RVDWDRYLT AGHRPLPYTV LETRASYDEE KAPGFGQNRM UniProtKB: Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I |
-分子 #2: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid
分子 | 名称: 11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ONF |
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分子量 | 理論値: 265.348 Da |
Chemical component information | ChemComp-ONF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.06 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |