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万見
- EMDB-35130: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35130
タイトルClostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 and its promoter
マップデータ
試料
  • 複合体: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigI1
    • DNA: DNA (80-mer)
    • DNA: DNA (80-mer)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTRANSCRIPTION OPEN COMPLEX / SIGI / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) / Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア) / Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Li J / Zhang H / Li D / Feng Y / Zhu P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070125 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the transcription open complex of distinct σ factors.
著者: Jie Li / Haonan Zhang / Dongyu Li / Ya-Jun Liu / Edward A Bayer / Qiu Cui / Yingang Feng / Ping Zhu /
要旨: Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ ...Bacterial σ factors of the σ-family are widespread in Bacilli and Clostridia and are involved in the heat shock response, iron metabolism, virulence, and carbohydrate sensing. A multiplicity of σ paralogues in some cellulolytic bacteria have been shown to be responsible for the regulation of the cellulosome, a multienzyme complex that mediates efficient cellulose degradation. Here, we report two structures at 3.0 Å and 3.3 Å of two transcription open complexes formed by two σ factors, SigI1 and SigI6, respectively, from the thermophilic, cellulolytic bacterium, Clostridium thermocellum. These structures reveal a unique, hitherto-unknown recognition mode of bacterial transcriptional promoters, both with respect to domain organization and binding to promoter DNA. The key characteristics that determine the specificities of the σ paralogues were further revealed by comparison of the two structures. Consequently, the σ factors represent a distinct set of the σ-family σ factors, thus highlighting the diversity of bacterial transcription.
履歴
登録2023年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35130.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0442
最小 - 最大-0.019557968 - 1.9130006
平均 (標準偏差)0.0022479068 (±0.03324933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 291.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35130_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35130_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35130_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open comple...

全体名称: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter
要素
  • 複合体: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigI1
    • DNA: DNA (80-mer)
    • DNA: DNA (80-mer)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open comple...

超分子名称: Clostridium thermocellum RNA polymerase transcription open complex with SigI1 its promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
株: DSM1313
分子量理論値: 35.071125 KDa
配列文字列: MIEIEKPKIE CVVCSEDNRY GKFVVEPLER GYGITLGNSL RRILLSSLPG VAVTSIKIDG VLHEFSTIPG VIEDVTEIIL NIKELSLNF HGEGPKVIYI DAEGEGEVKA KDIKADADVE ILNPEHKIAT LSGDHRLYME MTIDKGRGYV SAEKNKHPGQ P IGVIPVDS ...文字列:
MIEIEKPKIE CVVCSEDNRY GKFVVEPLER GYGITLGNSL RRILLSSLPG VAVTSIKIDG VLHEFSTIPG VIEDVTEIIL NIKELSLNF HGEGPKVIYI DAEGEGEVKA KDIKADADVE ILNPEHKIAT LSGDHRLYME MTIDKGRGYV SAEKNKHPGQ P IGVIPVDS IFTPVHKVNY TVENTRVGQV TDYDKLTLEV WTNGSIKPDE AISLGAKILS EHLNLFIDLS DNAKNAEIMV EK EETKKEK VLEMTIEELD LSVRSYNCLK RAGINTVEDL ISRTEEDMMK VRNLGRKSLE EVVNKLKALG LSLAPSED

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313
分子量理論値: 140.110359 KDa
配列文字列: MVHPVKLGRN VRMSYSKIDE VIDMPNLIEI QKNSYEQFLK EGFKEVFKDV NPITDYTGNL ILEFVDYSLD EPPKYSVDEC KERDATYAA PLKVKVRLIN KETGEVKEQE IFMGDFPLMT ETGTFIINGA ERVIVSQLVR SPGIYYAMKI DKAGKQLFSN T VIPNRGAW ...文字列:
MVHPVKLGRN VRMSYSKIDE VIDMPNLIEI QKNSYEQFLK EGFKEVFKDV NPITDYTGNL ILEFVDYSLD EPPKYSVDEC KERDATYAA PLKVKVRLIN KETGEVKEQE IFMGDFPLMT ETGTFIINGA ERVIVSQLVR SPGIYYAMKI DKAGKQLFSN T VIPNRGAW LEYETDSNDV LSVRIDRTRK LPLTVLVRAL GYGTDLEITE LFGEDERILA TIQKDSTKTE EEGLLEIYKR LR PGEPPTV ESAKALLHGL FFDPKRYDLA KPGRFKFNKK LSIAARIHGF IAGENIKDPD TGEIIVAEGE TISREKAETI QNA GVNTVI LRVDGKNVKV IGNDMVDIKR YVDFDPKEIG INEKVKRDVL MEILEEYKGK GDDAIKKALQ ERIDDLIPKH ITKE DIISS ISYIIGLSYG IGSTDDIDHL GNRRLRSVGE LLQNQFRIGL SRMERVVRER MTIQDLDVVT PQALINIRPV AAAIK EFFG SSQLSQFMDQ TNPLAELTHK RRLSALGPGG LSRERAGFEV RDVHHSHYGR MCPIETPEGP NIGLIGSLST YARVNE YGF IETPYRKVSK EEPGKVTNEI VYLTADEEDE YIIAQANEPL DEEGRFISNK VVCRYKEEFI EVDPSKIDFM DVSPKQI VS VATSMIPFLE NDDANRALMG ANMQRQAVPL IKTESPIVGT GIEYRAARDS GVVILAKNPG VVEKVTANEI IIRTKDGK R DTYKLLKYMR SNQGTCINQR PIVKKGEEVE AGDVIADGPS TDNGEIALGK NVLVGFMTWE GYNYEDAILI SERLVKDDV FTSIHIEEYE AEARDTKLGP EDITREIPNV SEDALKDLNS EGIIRIGAEV RAGDILVGKV TPKGETELTA EERLLRAIFG EKAREVRDT SLRVPHGESG IVVDVKIFTR ENGDELAPGV NKLVRVYVAQ KRKISVGDKM AGRHGNKGVI SRILPVEDMP F LPDGTPLD IVLNPLGVPS RMNIGQVLEV HLGYAAKALG WKVATPVFDG ATEEDIVQTL RKAGLAEDGK SILYDGRTGE PF ENRVTVG YMYMLKLAHL VDDKIHARST GPYSLVTQQP LGGKAQFGGQ RFGEMEVWAL EAYGAAYTLQ EILTVKSDDV VGR VKTYEA IVKGENVPEP GIPESFKVLI KELQSLCLDV KVYSEEQEEI AIKESVEDDL EELNVNIEGR EDEVNFNEFN DIGE EITDE DLEVEDFDLQ DLNDDDINPD DTIDAELDDN LFDDDFDDTF DDDDL

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
株: DSM1313
分子量理論値: 132.698844 KDa
配列文字列: MGSSHHHHHH HHHHSGSGSG SGSGFELNNF DSIRIGLASP EKIREWSRGE VKKPETINYR TLKPERDGLF CERIFGPQKD WECHCGKYK RIRYKGIVCD RCGVEVTRSK VRRERMGHIE LAAPVSHIWY FKGIPSRMGL LLDMSPRALE KILYFAAYVV I DPGQTPLS ...文字列:
MGSSHHHHHH HHHHSGSGSG SGSGFELNNF DSIRIGLASP EKIREWSRGE VKKPETINYR TLKPERDGLF CERIFGPQKD WECHCGKYK RIRYKGIVCD RCGVEVTRSK VRRERMGHIE LAAPVSHIWY FKGIPSRMGL LLDMSPRALE KILYFAAYVV I DPGQTPLS KKQILSEKEY RDSLEKFGPK FRAGMGAEAV RELLQEINLD ELSAELREEI KQSTGQKRVR AIKRLEVVEA FR QSQNKPE WMILDVIPVI PPELRPMVQL DGGRFATSDL NDLYRRVINR NNRLKRLLDL GAPDIIVRNE KRMLQEAVDA LID NGRRGR PVTGPGNRPL KSLSDMLKGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPELKIY QCGLPKEMAL ELFKPFVMKK LVND GLAHN IKSAKRMVER VRNEVWDVLE EVIKEHPVLL NRAPTLHRLG IQAFEPVLVE GRALKLHPLV CTAYNADFDG DQMAI HVPL SAEAQAEARF LMLSANNLLK PQDGKPVAVP TQDMVLGSYY LTILKEGAKG EGRVFTSMDE AVMAYDNGEI ELHSKI KVR MKRVVDGVEK SKIIETTLGR LIFNEAIPQD LGFVDRSDPD KIFDLEVDFL VGKNELKKII DKSIKVHGTT KTAILLD KI KELGFKYSTK GAITISISDM VIPEVKAKYI KETEEKIEKI TKQYKRGLIS DEERYNSVIA AWTEASENIT RALINNLD R FNPVYMMSQS GARGNINQIK QLAGMRGLMA DTSGKTIEFP IKANFREGLT VMEFFISTHG ARKGLADTAL RTADSGYLT RRLVDVSQDV IVRETDCGTR KGIEVTDIKD GNEVIEELSE RIIGRYPVGN IVHPETGEII VEAGRMITDQ DAEKIVKAGI KKVRIRSVL TCHSEYGVCA KCYGANLATG EECNVGEAVG IIAAQSIGEP GTQLTMRTFH TGGVAGEDIT QGLPRVEELF E ARKPKGLA IISEIKGTVK ISETKKKREI VVTSEDGETR SYLIPYGSRI KVSDGDQVEA GDELTEGSVN PHDILKIKGV EA VQTYLVH EVQKVYRMQG VDINDKHIEV IVRQMLRKVK VEDPGDTSLL PGGLVDVFDF EEENAKAIAE GKKPAVAKRA LLG ITKAAL ATDSFLSAAS FQETTRVLTE AAIKGKVDPL VGLKENVIIG KLIPAGTGMS RYKDITISTV TE

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313
分子量理論値: 8.783143 KDa
配列文字列:
MKEKKERVSS MIEPSINSLL EKVDSRYTLV VATAKRARQL TDGANKLTNC ESDKPVTVAI NEINENKITY IRTKSGIK

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分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigI1

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM1313 (バクテリア)
株: DSM1313
分子量理論値: 30.714949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SMEVRKINTH NREKKLDDIV YDDFISTLRQ IKEGNHQLRE EFISEYKPFI LKVTSNATGK YIDTRNSDEF SIALSAFNEA IDKFDIEKG YNFFLFSEQV IRRRLIDYSR SNKDDKEYPF SFFDDEYFYN NEKLLSKSYI GFEDIEARED IEELKKKLQE F GITFLDLV ...文字列:
SMEVRKINTH NREKKLDDIV YDDFISTLRQ IKEGNHQLRE EFISEYKPFI LKVTSNATGK YIDTRNSDEF SIALSAFNEA IDKFDIEKG YNFFLFSEQV IRRRLIDYSR SNKDDKEYPF SFFDDEYFYN NEKLLSKSYI GFEDIEARED IEELKKKLQE F GITFLDLV LNVPKHRDSR QLCIRLAKML AEDEQMYNAL MKNKNIPRNE LKKKAKVHGR TIGNNRKYII ALCLIFRSNL NL SKRYLEY YTMDGESDLI

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分子 #6: DNA (80-mer)

分子名称: DNA (80-mer) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
分子量理論値: 24.897059 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)

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分子 #7: DNA (80-mer)

分子名称: DNA (80-mer) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus (バクテリア)
分子量理論値: 24.401629 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度23.54 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 5% (v/v) glycerol, 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.875 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150741
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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