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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34927 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex without DNA at 2.76 angostram | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA replication machinery / DNA polymerase / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae / DNA processivity factor / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu Y / Wu Y / Zhang Y / Fan R / Yang Y / Li D / Yang B / Zhang Z / Dong C / Zhang X ...Xu Y / Wu Y / Zhang Y / Fan R / Yang Y / Li D / Yang B / Zhang Z / Dong C / Zhang X / Tang X / Dong H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of human monkeypox viral replication complexes with and without DNA duplex. 著者: Yunxia Xu / Yaqi Wu / Yuanyuan Zhang / Ruixin Fan / Yaxue Yang / Danyang Li / Shimin Zhu / Biao Yang / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34927.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34927-v30.xml emd-34927.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34927.png | 50.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34927.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_34927_half_map_1.map.gz emd_34927_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34927 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34927_validation.pdf.gz | 837.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34927_full_validation.pdf.gz | 836.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34927_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34927_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34927 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34927_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34927_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex without DNA
全体 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex without DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex without DNA
超分子 | 名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex without DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: F8-A22-E4 complex |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 191 kDa/nm |
-分子 #1: DNA polymerase
分子 | 名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MPXV DNA replication machinery catalytic subunit F8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 120.041156 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP ...文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP RNCFAKEIPR FDIPRSYLFL DIECHFDKKF PSVFINPISH TSYCYIDLSG KRLLFTLINE EMLTEQEIQE AV DRGCLRI QSLMEMDYER ELVLCSEIVL LRIAKQLLEL TFDYVVTFNG HNFDLRYITN RLELLTGEKI IFRSPDKKEA VHL CIYERN QSSHKGVCGM ANTTFHVNNN NGTIFFDLYS FIQKSEKLDS YKLDSISKNA FSCMGKVLNR GVREMTFIGD DTTD AKGKA DTFAKVLTTG NYVTVDEDII CKVIRKDILE NGFKVVLSCP TLPNDIYKLS FGKDDIDLAQ MYKDYNLNIA LDMAR YCIH DACLCQYLWE YYGVETKTDA GAATYVLPQS MVFEYRASTI IKGPLLKLLL ETKTILVRSE TKQKFPYEGG KVFAPK QKM FSNNVLIFDY NSLYPNVCIF GNLSPETLVG VVVSTNRLEE EINNQLLLQK YPPPRYITVH CEPRLPNLIS EIAIFDR SI EGTIPRLLRT FLAERARYKK MLKQATSSTE KAIYDSMQYT YKIVANSVYG LMGFRNSALY SYASAKSCTS IGRRMILY L ESVLNGAELS NGMLRFANTL SNPFYMDDRD INPIVKTSLP IDYRFRFRSV YGDTDSVFTE IDSQDVDKSI EIAKELERL INSRVLFNNF KIEFEAVYKN LIMQSKKKYT TMKYSASSNS KSVPERINKG TSETRRDVSK FHKNMIKTYK TRLSEMLSEG RMNSNQVCI DILRSLETDL RSEFDSRSSP LELFMLSRMH HSNYKSADNP NMYLVTEYNK NNPETIELGE RYYFAYICPA N VPWTKKLV NIKTYETIID RSFKLGSNQR IFYEVYFKRL TSEIVNLLDN KVLCISFFQR MFGSRPTFYE A UniProtKB: DNA polymerase |
-分子 #2: DNA polymerase processivity factor component A20
分子 | 名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 49.203926 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) |
配列 | 文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E UniProtKB: DNA polymerase processivity factor |
-分子 #3: E4R
分子 | 名称: E4R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.883709 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他) |
配列 | 文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL ...文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL QHITKHVSVL YCLGKTDFSN IRAKLESPVT TIVGYHPAAR DHQFEKDRSF EIINVLLELD NKTPINWAQG FI Y UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 25mM HEPES pH 8.0, 300mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, and 1 mM TCEP |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This is a complex of F8-A22-E4 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |