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- EMDB-34849: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34849
タイトルCryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoH
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • DNA: DNA (54-MER)
    • DNA: DNA (54-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードtranscription / RNA polymerase / sigma factor / heat shock response / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific recombinase activity / invertasome / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...site-specific recombinase activity / invertasome / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / core promoter sequence-specific DNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / regulation of gene expression / DNA recombination / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoH, proteobacteria / : / Sigma-70 factors family signature 1. / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 ...RNA polymerase sigma factor RpoH, proteobacteria / : / Sigma-70 factors family signature 1. / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Wu S / Ma LX
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: Structural Insight into the Mechanism of σ32-Mediated Transcription Initiation of Bacterial RNA Polymerase.
著者: Qiang Lu / Taiyu Chen / Jiening Wang / Feng Wang / Wenlong Ye / Lixin Ma / Shan Wu /
要旨: Bacterial RNA polymerases (RNAP) form distinct holoenzymes with different σ factors to initiate diverse gene expression programs. In this study, we report a cryo-EM structure at 2.49 Å of RNA ...Bacterial RNA polymerases (RNAP) form distinct holoenzymes with different σ factors to initiate diverse gene expression programs. In this study, we report a cryo-EM structure at 2.49 Å of RNA polymerase transcription complex containing a temperature-sensitive bacterial σ factor, σ (σ-RPo). The structure of σ-RPo reveals key interactions essential for the assembly of σ-RNAP holoenzyme and for promoter recognition and unwinding by σ. Specifically, a weak interaction between σ and -35/-10 spacer is mediated by T128 and K130 in σ. A histidine in σ, rather than a tryptophan in σ, acts as a wedge to separate the base pair at the upstream junction of the transcription bubble, highlighting the differential promoter-melting capability of different residue combinations. Structure superimposition revealed relatively different orientations between βFTH and σ from other σ-engaged RNAPs and biochemical data suggest that a biased σ-βFTH configuration may be adopted to modulate binding affinity to promoter so as to orchestrate the recognition and regulation of different promoters. Collectively, these unique structural features advance our understanding of the mechanism of transcription initiation mediated by different σ factors.
履歴
登録2022年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.32 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.32 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.851 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0112
最小 - 最大-0.03969181 - 0.10768588
平均 (標準偏差)0.000051800573 (±0.003647174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_34849_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34849_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34849_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex

全体名称: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoH
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • DNA: DNA (54-MER)
    • DNA: DNA (54-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex

超分子名称: Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma32 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #6, #3-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 36.801016 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADEKL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 151.341406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFVYSYTEK KRIRKDFGKR PQVLDVPYLL SIQLDSFQKF IEQDPEGQYG LEAAFRSVFP IQSYSGNSEL QYVSYRLGEP VFDVQECQI RGVTYSAPLR VKLRLVIYER EAPEGTVKDI KEQEVYMGEI PLMTDNGTFV INGTERVIVS QLHRSPGVFF D SDKGKTHS ...文字列:
MEFVYSYTEK KRIRKDFGKR PQVLDVPYLL SIQLDSFQKF IEQDPEGQYG LEAAFRSVFP IQSYSGNSEL QYVSYRLGEP VFDVQECQI RGVTYSAPLR VKLRLVIYER EAPEGTVKDI KEQEVYMGEI PLMTDNGTFV INGTERVIVS QLHRSPGVFF D SDKGKTHS SGKVLYNARI IPYRGSWLDF EFDPKDNLFV RIDRRRKLPA TIILRALNYT TEQILDLFFE KVIFEIRDNK LQ MELVPER LRGETASFDI EANGKVYVEK GRRITARHIR QLEKDDVKLI EVPVEYIAGK VVAKDYIDES TGELICAANM ELS LDLLAK LSQSGHKRIE TLFTNDLDHG PYISETLRVD PTNDRLSALV EIYRMMRPGE PPTREAAESL FENLFFSEDR YDLS AVGRM KFNRSLLREE IEGSGILSKD DIIDVMKKLI DIRNGKGEVD DIDHLGNRRI RSVGEMAENQ FRVGLVRVER AVKER LSLG DLDTLMPQDM INAKPISAAV KEFFGSSQLS QFMDQNNPLS EITHKRRISA LGPGGLTRER AGFEVRDVHP THYGRV CPI ETPEGPNIGL INSLSVYAQT NEYGFLETPY RKVTDGVVTD EIHYLSAIEE GNYVIAQANS NLDEEGHFVE DLVTCRS KG ESSLFSRDQV DYMDVSTQQV VSVGASLIPF LEHDDANRAL MGANMQRQAV PTLRADKPLV GTGMERAVAV DSGVTAVA K RGGVVQYVDA SRIVIKVNED EMYPGEAGID IYNLTKYTRS NQNTCINQMP CVSLGEPVER GDVLADGPST DLGELALGQ NMRVAFMPWN GYNFEDSILV SERVVQEDRF TTIHIQELAC VSRDTKLGPE EITADIPNVG EAALSKLDES GIVYIGAEVT GGDILVGKV TPKGETQLTP EEKLLRAIFG EKASDVKDSS LRVPNGVSGT VIDVQVFTRD GVEKDKRALE IEEMQLKQAK K DLSEELQI LEAGLFSRIR AVLVAGGVEA EKLDKLPRDR WLELGLTDEE KQNQLEQLAE QYDELKHEFE KKLEAKRRKI TQ GDDLAPG VLKIVKVYLA VKRRIQPGDK MAGRHGNKGV ISKINPIEDM PYDENGTPVD IVLNPLGVPS RMNIGQILET HLG MAAKGI GDKINAMLKQ QQEVAKLREF IQRAYDLGAD VRQKVDLSTF SDEEVMRLAE NLRKGMPIAT PVFDGAKEAE IKEL LKLGD LPTSGQIRLY DGRTGEQFER PVTVGYMYML KLNHLVDDKM HARSTGSYSL VTQQPLGGKA QFGGQRFGEM EVWAL EAYG AAYTLQEMLT VKSDDVNGRT KMYKNIVDGN HQMEPGMPES FNVLLKEIRS LGINIELEDE SR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 157.613078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSKDLLKFL KAQTKTEEFD AIKIALASPD MIRSWSFGEV KKPETINYRT FKPERDGLFC ARIFGPVKDY ECLCGKYKRL KHRGVICEK CGVEVTQTKV RRERMGHIEL ASPTAHIWFL KSLPSRIGLL LDMPLRDIER VLYFESYVVI EGGMTNLERQ Q ILTEEQYL ...文字列:
MTSKDLLKFL KAQTKTEEFD AIKIALASPD MIRSWSFGEV KKPETINYRT FKPERDGLFC ARIFGPVKDY ECLCGKYKRL KHRGVICEK CGVEVTQTKV RRERMGHIEL ASPTAHIWFL KSLPSRIGLL LDMPLRDIER VLYFESYVVI EGGMTNLERQ Q ILTEEQYL DALEEFGDEF DAKMGAEAIQ ALLKSMDLEQ ECEQLREELN ETNSETKRKK LTKRIKLLEA FVQSGNKPEW MI LTVLPVL PPDLRPLVPL DGGRFATSDL NDLYRRVINR NNRLKRLLDL AAPDIIVRNE KRMLQEAVDA LLDNGRRGRA ITG SNKRPL KSLADMIKGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV ITVGPYLRLH QCGLPKKMAL ELFKPFIYGK LELRGLATTI KAAK KMVER EEAVVWDILD EVIREHPVLL NRAPTLHRLG IQAFEPVLIE GKAIQLHPLV CAAYNADFDG DQMAVHVPLT LEAQL EARA LMMSTNNILS PANGEPIIVP SQDVVLGLYY MTRDCVNAKG EGMVLTGPKE AERLYRSGLA SLHARVKVRI TEYEKD ANG ELVAKTSLKD TTVGRAILWM IVPKGLPYSI VNQALGKKAI SKMLNTCYRI LGLKPTVIFA DQIMYTGFAY AARSGAS VG IDDMVIPEKK HEIISEAEAE VAEIQEQFQS GLVTAGERYN KVIDIWAAAN DRVSKAMMDN LQTETVINRD GQEEKQVS F NSIYMMADSG ARGSAAQIRQ LAGMRGLMAK PDGSIIETPI TANFREGLNV LQYFISTHGA RKGLADTALK TANSGYLTR RLVDVAQDLV VTEDDCGTHE GIMMTPVIEG GDVKEPLRDR VLGRVTAEDV LKPGTADILV PRNTLLHEQW CDLLEENSVD AVKVRSVVS CDTDFGVCAH CYGRDLARGH IINKGEAIGV IAAQSIGEPG TQLTMRTFHI GGAASRAAAE SSIQVKNKGS I KLSNVKSV VNSSGKLVIT SRNTELKLID EFGRTKESYK VPYGAVLAKG DGEQVAGGET VANWDPHTMP VITEVSGFVR FT DMIDGQT ITRQTDELTG LSSLVVLDSA ERTAGGKDLR PALKIVDAQG NDVLIPGTDM PAQYFLPGKA IVQLEDGVQI SSG DTLARI PQESGGTKDI TGGLPRVADL FEARRPKEPA ILAEISGIVS FGKETKGKRR LVITPVDGSD PYEEMIPKWR QLNV FEGER VERGDVISDG PEAPHDILRL RGVHAVTRYI VNEVQDVYRL QGVKINDKHI EVIVRQMLRK ATIVNAGSSD FLEGE QVEY SRVKIANREL EANGKVGATY SRDLLGITKA SLATESFISA ASFQETTRVL TEAAVAGKRD ELRGLKENVI VGRLIP AGT GYAYHQDRMR RRAAGEAPAA PQVTAEDASA SLAELLNAGL GGSDNELEHH HHHHHHHHHH GT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #6: RNA polymerase sigma factor RpoH

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 32.513836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDKMQSLAL APVGNLDSYI RAANAWPMLS ADEERALAEK LHYHGDLEAA KTLILSHLRF VVHIARNYAG YGLPQADLIQ EGNIGLMKA VRRFNPEVGV RLVSFAVHWI KAEIHEYVLR NWRIVKVATT KAQRKLFFNL RKTKQRLGWF NQDEVEMVAR E LGVTSKDV ...文字列:
MTDKMQSLAL APVGNLDSYI RAANAWPMLS ADEERALAEK LHYHGDLEAA KTLILSHLRF VVHIARNYAG YGLPQADLIQ EGNIGLMKA VRRFNPEVGV RLVSFAVHWI KAEIHEYVLR NWRIVKVATT KAQRKLFFNL RKTKQRLGWF NQDEVEMVAR E LGVTSKDV REMESRMAAQ DMTFDLSSDD DSDSQPMAPV LYLQDKSSNF ADGIEDDNWE EQAANRLTDA MQGLDERSQD II RARWLDE DNKSTLQELA DRYGVSAERV RQLEKNAMKK LRAAIEA

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoH

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分子 #4: DNA (54-MER)

分子名称: DNA (54-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.614637 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)

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分子 #5: DNA (54-MER)

分子名称: DNA (54-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.663676 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6alh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 641734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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