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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34708 | |||||||||
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タイトル | DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribonuclease / DOUBLE STRANDED RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing ...follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / RISC complex binding / global gene silencing by mRNA cleavage / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / apoptotic DNA fragmentation / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / ribonuclease III activity / siRNA binding / pre-miRNA processing / siRNA processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / heterochromatin formation / helicase activity / central nervous system development / locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Su S / Wang J / Ma J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural mechanism of R2D2 and Loqs-PD synergistic modulation on DmDcr-2 oligomers. 著者: Ting Deng / Shichen Su / Xun Yuan / Jinqiu He / Ying Huang / Jinbiao Ma / Jia Wang / 要旨: Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated ...Small interference RNAs are the key components of RNA interference, a conserved RNA silencing or viral defense mechanism in many eukaryotes. In Drosophila melanogaster, Dicer-2 (DmDcr-2)-mediated RNAi pathway plays important roles in defending against viral infections and protecting genome integrity. During the maturation of siRNAs, two cofactors can regulate DmDcr-2's functions: Loqs-PD that is required for dsRNA processing, and R2D2 that is essential for the subsequent loading of siRNAs into effector Ago2 to form RISC complexes. However, due to the lack of structural information, it is still unclear whether R2D2 and Loqs-PD affect the functions of DmDcr-2 simultaneously. Here we present several cryo-EM structures of DmDcr-2/R2D2/Loqs-PD complex bound to dsRNAs with various lengths by the Helicase domain. These structures revealed that R2D2 and Loqs-PD can bind to different regions of DmDcr-2 without interfering with each other. Furthermore, the cryo-EM results demonstrate that these complexes can form large oligomers and assemble into fibers. The formation and depolymerization of these oligomers are associated with ATP hydrolysis. These findings provide insights into the structural mechanism of DmDcr-2 and its cofactors during siRNA processing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34708.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34708-v30.xml emd-34708.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34708.png | 98.7 KB | ||
その他 | emd_34708_half_map_1.map.gz emd_34708_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34708 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34708_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34708_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34708_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34708_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34708 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34708_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34708_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state
全体 | 名称: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state |
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要素 |
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-超分子 #1: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state
超分子 | 名称: DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Dicer-2, isoform A
分子 | 名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 197.875484 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: EDVEIKPRGY QLRLVDHLTK SNGIVYLPTG SGKTFVAILV LKRFSQDFDK PIESGGKRAL FMCNTVELAR QQAMAVRRCT NFKVGFYVG EQGVDDWTRG MWSDEIKKNQ VLVGTAQVFL DMVTQTYVAL SSLSVVIIDE CHHGTGHHPF REFMRLFTIA N QTKLPRVV ...文字列: EDVEIKPRGY QLRLVDHLTK SNGIVYLPTG SGKTFVAILV LKRFSQDFDK PIESGGKRAL FMCNTVELAR QQAMAVRRCT NFKVGFYVG EQGVDDWTRG MWSDEIKKNQ VLVGTAQVFL DMVTQTYVAL SSLSVVIIDE CHHGTGHHPF REFMRLFTIA N QTKLPRVV GLTGVLIKGN EITNVATKLK ELEITYRGNI ITVSDTKEME NVMLYATKPT EVMVSFPHQE QVLTVTRLIS AE IEKFYVS LDLMNIGVQP IRRSKSLQCL RDPSKKSFVK QLFNDFLYQM KEYGIYAASI AIISLIVEFD IKRRQAETLS VKL MHRTAL TLCEKIRHLL VQKLQDMTYD DDDDNVNTEE VIMNFSTPKV QRFLMSLKVS FADKDPKDIC CLVFVERRYT CKCI YGLLL NYIQSTPELR NVLTPQFMVG RNNISPDFES VLERKWQKSA IQQFRDGNAN LMICSSVLEE GIDVQACNHV FILDP VKTF NMYVQSKGRA RTTEAKFVLF TADKEREKTI QQIYQYRKAH NDIAEYLKDR VLEKTEPELY EIKGHFQDDI DPFTNE NGA VLLPNNALAI LHRYCQTIPT DAFGFVIPWF HVLQEDERDR IFGVSAKGKH VISINMPVNC MLRDTIYSDP MDNVKTA KI SAAFKACKVL YSLGELNERF VPKTLKERVA SIADVHFEHW NKYGDSVTAT VNKADKSKDR TYKTECPLEF YDALPRVG E ICYAYEIFLE PQFESCEYTE HMYLNLQTPR NYAILLRNKL PRLAEMPLFS NQGKLHVRVA NAPLEVIIQN SEQLELLHQ FHGMVFRDIL KIWHPFFVLD RRSKENSYLV VPLILGAGEQ KCFDWELMTN FRRLPQSHGS NVQQREQQPA PRPEDFEGKI VTQWYANYD KPMLVTKVHR ELTPLSYMEK NQQDKTYYEF TMSKYGNRIG DVVHKDKFMI EVRDLTEQLT FYVHNRGKFN A KSKAKMKV ILIPELCFNF NFPGDLWLKL IFLPSILNRM YFLLHAEALR KRFNTYLNLH LLPFNGTDYM PRPLEIDYSL KR NVDPLGN VIPTEDIEEP KSLLEPMPTK SIEASVANLE ITEFENPWQK YMEPVDLSRN LLSTYPVELD YYYHFSVGNV CEM NEMDFE DKEYWAKNQF HMPTGNIYGN RTPAKTNANV PALMPSKPTV RGKVKPLLIL QKTVSKEHIT PAEQGEFLAA ITAS SAADV FDMERLEILG NSFLKLSATL YLASKYSDWN EGTLTEVKSK LVSNRNLLFC LIDADIPKTL NTIQFTPRYT WLPPG ISLP HNVLALWREN PEFAKIIGPH NLRDLALGDE ESLVKGNCSD INYNRFVEGC RANGQSFYAG ADFSSEVNFC VGLVTI PNK VIADTLEALL GVIVKNYGLQ HAFKMLEYFK ICRADIDKPL TQLLNLELGG KKMRANVNTT EIDGFLINHY YLEKNLG YT FKDRRYLLQA LTHPSYPTNR ITGSYQELEF IGNAILDFLI SAYIFENNTK MNPGALTDLR SALVNNTTLA CICVRHRL H FFILAENAKL SEIISKFVNF QESQGHRVTN YVRILLEEAD VQPTPLDLDD ELDMTELPHA NKCISQEAEK GVPPKGEFN MSTNVDVPKA LGDVLEALIA AVYLDCRDLQ RTWEVIFNLF EPELQEFTRK VPINHIRQLV EHKHAKPVFS SPIVEGETVM VSCQFTCME KTIKVYGFGS NKDQAKLSAA KHALQQLSKC DA UniProtKB: Endoribonuclease Dcr-2 |
-分子 #2: Loquacious, isoform D
分子 | 名称: Loquacious, isoform D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 2.033304 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: IDRYEQVSKD FEFIKI UniProtKB: Protein Loquacious |
-分子 #3: LD06392p
分子 | 名称: LD06392p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 14.706812 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEESMEELEA LRRKKFTTYW ELKEAGSVDH TGMRLCDRHN YFKNFYPTLK KEAIEAINSD EYESSKDKAM DVMSSLKITP KISEVESSS LVPLLSVELN CAFDVVLMAK ETDIYDHIID YFRTMLI UniProtKB: LD06392p |
-分子 #4: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*GP*G)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 2.911791 KDa |
配列 | 文字列: GAGACUUGG |
-分子 #5: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*AP*GP*UP*CP*UP*CP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 3.40405 KDa |
配列 | 文字列: CCAAGUCUCU U |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 46899 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8hf1: |