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- EMDB-3470: The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curva... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3470
タイトルThe structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=5, twist=-6
マップデータThe structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=5, twist=-6
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24 C-terminal domain
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24 N-terminal domain
キーワードretrovirus / HIV-1 / capsid / lattice curvature / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Mattei S / Glass B
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationBR 3635/2-1 ドイツ
German Research FoundationKR 906/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions.
著者: Simone Mattei / Bärbel Glass / Wim J H Hagen / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA ...HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA pentamers. Current models for core structure are based on crystallography of hexameric and cross-linked pentameric CA, electron microscopy of tubular CA arrays, and simulations. Here, we report subnanometer-resolution cryo-electron tomography structures of hexameric and pentameric CA within intact HIV-1 particles. Whereas the hexamer structure is compatible with crystallography studies, the pentamer forms using different interfaces. Determining multiple structures revealed how CA flexes to form the variably curved core shell. We show that HIV-1 CA assembles both aberrant and perfect fullerene cones, supporting models in which conical cores assemble de novo after maturation.
履歴
登録2016年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月28日-
マップ公開2016年12月28日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5md2
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5md2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3470.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=5, twist=-6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å		1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å		1.78 Å/pix.
x 160 pix.
= 284.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.27810484 - 0.5636289
平均 (標準偏差)0.00052631536 (±0.049809396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 284.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z284.800284.800284.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.2780.5640.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24 C-terminal domain
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p24 N-terminal domain

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture.
NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Capsid protein p24 C-terminal domain

分子名称: Capsid protein p24 C-terminal domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 8.370568 KDa
配列文字列:
TSILDIRQGP KEPFRDYVDR FYKTLRAEQA SQEVKNWMTE TLLVQNANPD CKTILKALGP GATLEEMMTA CQGV

UniProtKB: Gag protein

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分子 #2: Capsid protein p24 N-terminal domain

分子名称: Capsid protein p24 N-terminal domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.301689 KDa
配列文字列:
PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSP

UniProtKB: Gag protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細: 10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.
詳細Viral particles were purified from cell culture supernatant by iodixanol gradient centrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
詳細Nanoprobe
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM Toolbox)
詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has ...詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=5, twist=-6.
使用したサブトモグラム数: 12987
抽出トモグラム数: 103 / 使用した粒子像数: 652618 / 参照モデル: reference free
詳細: Subtomograms were extracted along the manually rendered core surface of each viral particle.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM Toolbox) / 詳細: Cross-correlation based template matching.

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5md2:
The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=5, twist=-6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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