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- EMDB-34438: Near-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34438
タイトルNear-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
キーワードgiant virus / nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) / viral assembly (ウイルス性) / Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) / chlorovirus / major capsid protein / minor capsid protein / VIRUS (ウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Chlorovirus glycoprotein repeat / Domain of unknown function DUF5901 / Chlorovirus glycoprotein repeat / Family of unknown function (DUF5901) / Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) ...Chlorovirus glycoprotein repeat / Domain of unknown function DUF5901 / Chlorovirus glycoprotein repeat / Family of unknown function (DUF5901) / Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / Family of unknown function (DUF5761) / Family of unknown function (DUF5762) / Family of unknown function (DUF5899) / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP54 / DUF5901 domain-containing protein / カプシド / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Major capsid protein / Peptidase_G2 domain-containing protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein ...Major capsid protein VP54 / DUF5901 domain-containing protein / カプシド / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Major capsid protein / Peptidase_G2 domain-containing protein / Uncharacterized protein / PsbP C-terminal domain-containing protein / 膜貫通型タンパク質 / A2M domain-containing protein / Uncharacterized protein / DUF5899 domain-containing protein / Uncharacterized protein / カプシド / カプシド / Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein / Peptidase S74 domain-containing protein / Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein / SAYSvFN domain-containing protein / Uncharacterized protein / Glycine-rich protein / Entry/fusion complex component / カプシド / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Shao Q / Agarkova IV / Noel EA / Dunigan DD / Liu Y / Wang A / Guo M / Xie L / Zhao X / Rossmann MG ...Shao Q / Agarkova IV / Noel EA / Dunigan DD / Liu Y / Wang A / Guo M / Xie L / Zhao X / Rossmann MG / Van Etten JL / Klose T / Fang Q
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1736030 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Near-atomic, non-icosahedrally averaged structure of giant virus Paramecium bursaria chlorella virus 1.
著者: Qianqian Shao / Irina V Agarkova / Eric A Noel / David D Dunigan / Yunshu Liu / Aohan Wang / Mingcheng Guo / Linlin Xie / Xinyue Zhao / Michael G Rossmann / James L Van Etten / Thomas Klose / Qianglin Fang /
要旨: Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play ...Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play critical roles in the viral life cycles, identities and high-resolution structures of these components remain unknown. Here, by determining a near-atomic-resolution, five-fold averaged structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1, we unexpectedly found the viral capsid possesses up to five major capsid protein variants and a penton protein variant. These variants create varied capsid microenvironments for the associations of fibers, a vesicle, and previously unresolved minor capsid proteins. Our structure reveals the identities and atomic models of the capsid components that do not obey the overall icosahedral symmetry and leads to a model for how these components are assembled and initiate capsid assembly, and this model might be applicable to many other giant viruses.
履歴
登録2022年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34438.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-1.5407423 - 2.269498
平均 (標準偏差)0.0007873746 (±0.09836302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-600-600-600
サイズ120012001200
Spacing120012001200
セルA=B=C: 1944.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Paramecium bursaria Chlorella virus 1

全体名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein (MCP)
    • タンパク質・ペプチド: MCPv1
    • タンパク質・ペプチド: MCPv2
    • タンパク質・ペプチド: MCPv3
    • タンパク質・ペプチド: MCPv4
    • タンパク質・ペプチド: P1v1
    • タンパク質・ペプチド: P2
    • タンパク質・ペプチド: P3
    • タンパク質・ペプチド: P4
    • タンパク質・ペプチド: P5
    • タンパク質・ペプチド: P6
    • タンパク質・ペプチド: P8
    • タンパク質・ペプチド: P9
    • タンパク質・ペプチド: P11
    • タンパク質・ペプチド: P12
    • タンパク質・ペプチド: P13
    • タンパク質・ペプチド: P15
    • タンパク質・ペプチド: P16
    • タンパク質・ペプチド: P17
    • タンパク質・ペプチド: P18
    • タンパク質・ペプチド: P19
    • タンパク質・ペプチド: P20
    • タンパク質・ペプチド: P21
    • タンパク質・ペプチド: MCPv5
    • タンパク質・ペプチド: P22
    • タンパク質・ペプチド: P23

+
超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1

超分子名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10506 / 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

+
分子 #1: Major capsid protein (MCP)

分子名称: Major capsid protein (MCP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 72 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 48.199625 KDa
配列文字列: MAGGLSQLVA YGAQDVYLTG NPQITFFKTV YRRYTNFAIE SIQQTINGSV GFGNKVSTQI SRNGDLITDI VVEFVLTKGG NGGTTYYPA EELLQDVELE IGGQRIDKHY NDWFRTYDAL FRMNDDRYNY RRMTDWVNNE LVGAQKRFYV PLIFFFNQTP G LALPLIAL ...文字列:
MAGGLSQLVA YGAQDVYLTG NPQITFFKTV YRRYTNFAIE SIQQTINGSV GFGNKVSTQI SRNGDLITDI VVEFVLTKGG NGGTTYYPA EELLQDVELE IGGQRIDKHY NDWFRTYDAL FRMNDDRYNY RRMTDWVNNE LVGAQKRFYV PLIFFFNQTP G LALPLIAL QYHEVKLYFT LASQVQGVNY NGSSAIAGAA QPTMSVWVDY IFLDTQERTR FAQLPHEYLI EQLQFTGSET AT PSATTQA SQNIRLNFNH PTKYLAWNFN NPTNYGQYTA LANIPGACSG AGTAAATVTT PDYGNTGTYN EQLAVLDSAK IQL NGQDRF ATRKGSYFNK VQPYQSIGGV TPAGVYLYSF ALKPAGRQPS GTCNFSRIDN ATLSLTYKTC SIDATSPAAV LGNT ETVTA NTATLLTALN IYAKNYNVLR IMSGMGGLAY AN

UniProtKB: Major capsid protein

+
分子 #2: MCPv1

分子名称: MCPv1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 58.136645 KDa
配列文字列: MPGAISQLVS YGAQDVYLTG NPQITFFKAV YRRYTNFAME SIQQTFDGTT DFGKFPTVTI SRNGDLAGPI WIEVNLPSLL GYNITPTPA EGNTSNIAAI STVFKDDYNN YWWTYNPGTT PQYSNLIAAF SNVDYKYYAN AVTSTYPPTA LSNVVYSWPY M ITGNTGTR ...文字列:
MPGAISQLVS YGAQDVYLTG NPQITFFKAV YRRYTNFAME SIQQTFDGTT DFGKFPTVTI SRNGDLAGPI WIEVNLPSLL GYNITPTPA EGNTSNIAAI STVFKDDYNN YWWTYNPGTT PQYSNLIAAF SNVDYKYYAN AVTSTYPPTA LSNVVYSWPY M ITGNTGTR STVAIPTANL RYVNGIGLAL FNSIELELGG QRIDKHYSEW WDIWTELTET AEKIQGYNTM VGRYDPAVYN AG WNISQAQ GGTYYVPLKF CYNRNPGLYM PLVALSYHQM KLNFNINNYL NCVKCNYPVT ALTSKNGANP LSITNMKLYT DFV FLDAPE RIRMSEIQHE YLVTQLQWQG SEPVTAPGDP NGSTNRKITL NFNHPVRELV FVYQAASNYD VDAVTGNNIF DYEI PANPT ATPPYAGGGE VFTEVKLIIN GSDRFSGRPG AYFRLVQPYE HHVRVPSKSV YVYSFALEDA DSRQPNGSAN FTRYD SVQL QLTLNENLAS GRVQIYAPNF NILRIAAGMG GLAFAN

UniProtKB: カプシド

+
分子 #3: MCPv2

分子名称: MCPv2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 55.733863 KDa
配列文字列: MDPTTRFRGS DVPVHNEDHM VFAKPSEIGL QGRQGFYTNT NVVTNTYNHV YTPPGGHTGG KFTQDIYTTD LLIAAKDEKA DKIPLDKRM DGTFSEGTFV QLLSRGPQDV YLTYNPQISL FKRKYKRYTN FAIENFEERF STVVKFGTRN ICQLSKNGDL I GNMCFRVT ...文字列:
MDPTTRFRGS DVPVHNEDHM VFAKPSEIGL QGRQGFYTNT NVVTNTYNHV YTPPGGHTGG KFTQDIYTTD LLIAAKDEKA DKIPLDKRM DGTFSEGTFV QLLSRGPQDV YLTYNPQISL FKRKYKRYTN FAIENFEERF STVVKFGTRN ICQLSKNGDL I GNMCFRVT LPNLGIPGGT WAPTMGYNIF STIRMRIGDT IVQSHDRVWY DIDDKMFCDS TKIQGLDELI KRNVTLTTDQ EW ELIIPLK FFCCKRNTGK QQFLPILNMD TNINVYLEFN LLPLNSLVTL PTGSILPDIQ SIDASVWVDY IFLDDTEKFR FAQ DPCVYL IEQTASMDSL SYATTTSGQT YNKTDVYVDM KELNKPVKYV EIIAYEQGST SFDYVDIIES ATFYLNSDEQ FKTR AGEYF SLVQPYQHFK RSDPTSNIST FSFALDAGSF QPNGYLNFAP YVRTRFAFKI QPQTTPHVIR LFAVCLNWVK FESGL VKLL FN

UniProtKB: Major capsid protein VP54

+
分子 #4: MCPv3

分子名称: MCPv3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 45.115641 KDa
配列文字列: MSGALNQLVA VGKQDAFITG DNLDNSVWRN VTKKVSNFAM ESIENYINVN PGSTTSIVVG RFGDLVRKVT LEITMKKGST TNPFYPSEQ YVKYAHLSIG GQIVYRIDDF PTWTRVHEEL FMDPDTRATN QRVNNFRPED PVGAIRKFYL DIPLFFTDDA S KALPLIAL ...文字列:
MSGALNQLVA VGKQDAFITG DNLDNSVWRN VTKKVSNFAM ESIENYINVN PGSTTSIVVG RFGDLVRKVT LEITMKKGST TNPFYPSEQ YVKYAHLSIG GQIVYRIDDF PTWTRVHEEL FMDPDTRATN QRVNNFRPED PVGAIRKFYL DIPLFFTDDA S KALPLIAL QYHEVKLDVL FASPGDIPGI DASYTPTVEC YIDYVFLDTP EREWFARNTH MYVIEQLQHY NNVFSVAAVE QT KRLNLPF TMPTRYLIWL LKTGADGVYT TSGYPFENND SYAAIKSAKL QFNGTDRFSE RPGYYFTTVQ PQDAFGRSPS AGI YVYSFG LDVTGMTSKG ALNFSRMDNA TLSITTKAAT AATISDVYNQ STTLASAITD FTSIAIYAKS FNVLKIDYGM GGML FAN

UniProtKB: カプシド

+
分子 #5: MCPv4

分子名称: MCPv4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 45.034797 KDa
配列文字列: MVSGGVVQLI SYGAQDVYIS GGPKTIFKSY VKKVNNFAID SVKIPINGMG NGNPSVLIPR NGDLIKSIRL EITLKKGTGQ SFYPAEQLI SYLALKIGGN IIQKIDDFSN FCRIRNELFM DPDERHTDYR VNNFSSSDVV GSVKYFFLDL PLFFSKDTSV A LPLIALQY ...文字列:
MVSGGVVQLI SYGAQDVYIS GGPKTIFKSY VKKVNNFAID SVKIPINGMG NGNPSVLIPR NGDLIKSIRL EITLKKGTGQ SFYPAEQLI SYLALKIGGN IIQKIDDFSN FCRIRNELFM DPDERHTDYR VNNFSSSDVV GSVKYFFLDL PLFFSKDTSV A LPLIALQY HDIELDFRFN DVSTIQGVDA SYTPTIEMYI DYVYLEQQER IKLVEKPLFY NIEQCNFYRK DITFPALSST FK LDIPFNN PSRFLVWYFN TDSFGIYNTS GLYFNSNDAA APLESAVMLL NGTERFKSRE GMYFNCVQPQ QALGRSPSSG IYM YAFGED VANATSKGAL DMSRVNELSL QLTTKNATAA NVYTVYNPQE TLASSTSTYK GITLFSTNWN VLQVRSGLGA VMFD S

UniProtKB: カプシド

+
分子 #6: P1v1

分子名称: P1v1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 57.555555 KDa
配列文字列: MDDIETIEKY GRDETYIFLA DSAKRDTAAY PTAAEYEVLF NAQFRNVTKF ELLEVNIPRT EYLIDSSENT FAYALNQPTN INTWQQEIE GNIRIATITP GDYNLPQLID EMNNVLQQTA NTYGDSVILQ VSPVTNPSEI SNKIRITASG PFTLLGSTGT I GNTIGFGD ...文字列:
MDDIETIEKY GRDETYIFLA DSAKRDTAAY PTAAEYEVLF NAQFRNVTKF ELLEVNIPRT EYLIDSSENT FAYALNQPTN INTWQQEIE GNIRIATITP GDYNLPQLID EMNNVLQQTA NTYGDSVILQ VSPVTNPSEI SNKIRITASG PFTLLGSTGT I GNTIGFGD PVNTSVASTT GYYSTVPGYS VNYPNGADYV FLSNQGNIGS EAVNEFVGPL PPGDNVSFTP IYTGQTPSQY FI APSAGVP TTVSAYFVDQ ATAPPGGFVV NYSIIKVSDS STIATGSLIS TNDDLVPSVS SPSVVSANFI QGQQYYIQFT PGS SGSSAG NCTALWYSFP NLPPVSGAYA AINGTLVFPG QYFCTDVSAG AYGNELTSPG IVNITGARYI KIRCKELEQL IYRD RVGEP TTAGIGIVNL IGYGFERSRY DFSSIPVKAF HPIGKLQKLT FRLERPNGTL YDTNGVDNTM LCALTFKVVP NNAVD KTFD GPGKYPAAPG YSGDYIQLQQ KRWGEEARAT YPTHKSTYNR CRPRTT

UniProtKB: DUF5901 domain-containing protein

+
分子 #7: P2

分子名称: P2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 63.888082 KDa
配列文字列: MCNTYYKRVK FNLFLYTNSI EMELLAVASI IGYGLFSSQQ GRETRPDRNR YAEALGSGQG LDEDYDVKPT DMVRKYRKKA EKRWKKAQV PKESGIITPN MRPSEVMPYF TSGKSMNTNT DYKQRKMELF TGGVLDGHSV SGTYKHKVEA ANMFGMTPQG R VTSDGTVG ...文字列:
MCNTYYKRVK FNLFLYTNSI EMELLAVASI IGYGLFSSQQ GRETRPDRNR YAEALGSGQG LDEDYDVKPT DMVRKYRKKA EKRWKKAQV PKESGIITPN MRPSEVMPYF TSGKSMNTNT DYKQRKMELF TGGVLDGHSV SGTYKHKVEA ANMFGMTPQG R VTSDGTVG NAPGDTELLK ARSVNSHQYN NVLPTEQLRV GPGLGVGPEV AATGGFHQFY RQLPLNINEY KLTQLPGRLV PG GTTTGGK GEIQQIASVN HNPDALVLNY DDRPPEATPN GAILASTQYG KQPRGYAGLR PYEKNYEGIA EADVSALQAR YLD QTRGRP RTGDGDTEPI INPNGERDGT GSYVTENMCS MTLESQRGLV NRYITPPGVT GVVQQGGEMR PEFVPETTIR EQYE DIYYT GPAGTTVTPT EPMNVVELQP ESRHAKRAGQ DRAYTPGAGR VNNFAPAAQG AYGLKDHPTY NALQHVVSEP IEQTF LPAA QGDDDRFGTK SNVNNPWGNP ASLQIANNQL AANKFNRDVT NTVNLDYDAG QPMKQQNFQP KAWIPNNTDD MKMLPL WKR KQLQAQKNKQ QRK

UniProtKB: DUF5899 domain-containing protein

+
分子 #8: P3

分子名称: P3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 19.116688 KDa
配列文字列:
MAMKTQRKEN VLFQNVKPRE IPLVDNPFST YPYKHVITET QPTQAKNQAI WGLVQMGLSG EAAAMYGDVV VQKTTRACRK SEGGFKDVN TELWGTSPYL GRGDGEVYNM PASNQLLRGF ESSLRGSRVR TQIDDKSFIP YTWQMIDVPL AAAKTSFIAG L DTRQQLAY GNP

UniProtKB: カプシド

+
分子 #9: P4

分子名称: P4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 20.637311 KDa
配列文字列:
MFSAFRDTAS IGFSDTHQDE KTLRFLKKQI SQFIKHLKEY YPNNELTKKL VMKYSDVQLL PYTKGATKDT YTSGLFDHTT GVIKIAPRD GLGNVRDEQS LNKSICHELA HGTRVKYPGE SSHSDEWKDA WKTFLKIAAD ELGWKIEVPC SSVSFYGLTK D DCENCVWD QDPETCPKTA KLA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: P5

分子名称: P5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 16.455834 KDa
配列文字列:
MDSRLSAAYA IRAARISMIP GGVDGLVINY AEGGEPAWVQ YPLKKQKPLP NNLCYTPTLE DIARKREAVI AKYTKQPLET GTTFTHVLN ASHLNEQYTR VKKSALPDKE FPIIETEKYP EPPILWETTI GAPSRLFDRS DGVKYVR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #11: P6

分子名称: P6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 24.036729 KDa
配列文字列: MILVGIAVLI LLAVFAILYY KQKEKFVVVG KFVEPIPSNP GQDFTLLPMD QTYTFADPVP DTATAFDVVL SRFTDKKAPA DLLKGATFP EAAPYTDSEV ENISKLALSR VKGPDAPVLS FISVEYAAKG VDNKKNTHYD IAFMVYDQVK NFSLKLVLVA V LDAKNKLW ...文字列:
MILVGIAVLI LLAVFAILYY KQKEKFVVVG KFVEPIPSNP GQDFTLLPMD QTYTFADPVP DTATAFDVVL SRFTDKKAPA DLLKGATFP EAAPYTDSEV ENISKLALSR VKGPDAPVLS FISVEYAAKG VDNKKNTHYD IAFMVYDQVK NFSLKLVLVA V LDAKNKLW IKKFSSFNSF TPKDKGPKGV ENIDETPLAE FIPDFVQFSR LYKDNANV

UniProtKB: PsbP C-terminal domain-containing protein

+
分子 #12: P8

分子名称: P8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 19.226947 KDa
配列文字列:
METIGNFIQN MAFPTENPYK LSGDFGNSTL EPTVTAALRI LHESPAPFNT EFFSRKNVDF IQKKLISETK RYTSFDIGPQ NEDELIMMM AGIYVQDSTF DGNIKAGLRK LNTLVITECL KQILPGVRAY ALYVRDASLP FSGGGEEAFK RPELATLKGS K VLSGFLPL DRNAS

UniProtKB: カプシド

+
分子 #13: P9

分子名称: P9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.407564 KDa
配列文字列: MKTETLYQDP VWFQDLSVIF KRPSEIIPTR DQSDSERINA MVRLVLYCSF AVALIRQNYL YAILGLAIIA IISLAYALGA KKTKSNEAY GNIRPYSVKR SKKSCSKSSA NNPFSNATVG ALLDNEARPP ACSYDDNDMA STMRKNFNKG LFRNLDDVYE V ENSQRQFY ...文字列:
MKTETLYQDP VWFQDLSVIF KRPSEIIPTR DQSDSERINA MVRLVLYCSF AVALIRQNYL YAILGLAIIA IISLAYALGA KKTKSNEAY GNIRPYSVKR SKKSCSKSSA NNPFSNATVG ALLDNEARPP ACSYDDNDMA STMRKNFNKG LFRNLDDVYE V ENSQRQFY TMPVTTAAPD LTAFGQFLYG SKGKTCKEDP SACTPAFATR DG

UniProtKB: SAYSvFN domain-containing protein

+
分子 #14: P11

分子名称: P11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.322656 KDa
配列文字列: MDMHMIVKVV AILAVLFLVY KLWESMNKPN ASPLKIQNPY EKYMNSAEGG EYDAEDDDIY YPETDAEDDD IYTGETDDMY DGEDDDIYV QEGDDIEDAE DEPYDDSADM EQDVPKVQQP MMPLLTPSSQ LLPKPSPEAA DFAQFAPKNL QAQNFLTATQ W IGVNTQGS ...文字列:
MDMHMIVKVV AILAVLFLVY KLWESMNKPN ASPLKIQNPY EKYMNSAEGG EYDAEDDDIY YPETDAEDDD IYTGETDDMY DGEDDDIYV QEGDDIEDAE DEPYDDSADM EQDVPKVQQP MMPLLTPSSQ LLPKPSPEAA DFAQFAPKNL QAQNFLTATQ W IGVNTQGS SLKNANYDLR ADPIIPKADV GPWMMSSVDP NIYQKPLFG

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: P12

分子名称: P12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 17.715475 KDa
配列文字列:
MGNGPPMERA VSSDDILTYY NTFIFFIYFN FTNENIYIIY TIYMKVQNTI VYIVLLLIVV VIIWNFTRKE GWSDYNAPND FMKIYYSNI VEDKKLAEKY PFFGTGPFTG LRCRKPNNVG CNTTWVSGQL VELTPKLKEQ IECKFGIQYV KT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: P13

分子名称: P13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 11.07083 KDa
配列文字列:
MHKITPFLIA AVVAVIVLAV WLFKKDNKKE TWFSRDLNYG KANSKIWNAT VAKGLKGIAN ENAEIRKMYP YLGYGDFTGA ICKGPNNQG CTYYANYTR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #17: P15

分子名称: P15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 18.627422 KDa
配列文字列:
MWLFFFALAV IYMIYKRDVF KKIAVNLKMN GVSIPFVDKY SKQYPTYTKN ALFHVTRFNN AYQKTFEYKN ISIDTINNLF SIRDDVLYN ISEIKLRLPN DLTQEKEINY MYEKTDQRLM EYITDVKSRF HINIYPGTMS SAFEARNYRA SNDIVF

UniProtKB: Entry/fusion complex component

+
分子 #18: P16

分子名称: P16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 9.844584 KDa
配列文字列:
MQGGLFGTIK LMIMLFSYFA AYQLGKMQER PQSQWPKAKA GQNKYMVGDW AAWKPIYMGV LGVAVLLTLL GPGGVGGGMG GMFGGGGGY GGYY

UniProtKB: Glycine-rich protein

+
分子 #19: P17

分子名称: P17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 9.12237 KDa
配列文字列:
MGAFTSFVLM LLFTGIILIA TNELTYNRPR EIQYRYLPRD LDSFIRTQEM PSAIFSSMWD VDTRRGGDGG PNPPGIRQSN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #20: P18

分子名称: P18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 16.497771 KDa
配列文字列:
MTTITYDTDL LPPPELKVPS LDQALAPESV KNDDPFLDLS YFPVPKGFDN VGSLELNNLS TAEDVATLQN QLNKLAEEKH KRSTWKGLT FRIAVQDMWE ALTGIPTDIY QNSGRVSLKE LLTRDDRLRG LGLIFFLVAV VSIFFLAAG

UniProtKB: 膜貫通型タンパク質

+
分子 #21: P19

分子名称: P19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 25 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 43.094387 KDa
配列文字列: MFLYYKMNEV LNVNNGSSIN VIKILKTPGP DIIRPGKTYK KKDVFTPKFF KNGNVMYTCN TFSLNVPVNN SIATIDFAEH VNGAVFKIE YNRVNFIAPS LYPISGLGTA VVFDLQKGEK ASQRKITEFG NKDIRIADEI SDIAADDHSV LITTKLMSES T PGELSRDV ...文字列:
MFLYYKMNEV LNVNNGSSIN VIKILKTPGP DIIRPGKTYK KKDVFTPKFF KNGNVMYTCN TFSLNVPVNN SIATIDFAEH VNGAVFKIE YNRVNFIAPS LYPISGLGTA VVFDLQKGEK ASQRKITEFG NKDIRIADEI SDIAADDHSV LITTKLMSES T PGELSRDV VLNGEIATGR INMNTGFVSD IIHTKKISII DDGIVDYYVK INVPAKYSHG IVEVVSGTFL NDIMIHLVRN KN KWALMDS KMYIVNNTNG FVIAKNPDTA MGVSLLEWPR GAVVFPPYYN FKKFKNVNKW SISQQIASCV NTSVKIPGGE YSW KIRLFF GPIWQVQESI NSVKTVPHGN DYMYLYKEEI VKYKYQRNTK RNFHEYDYDY KF

UniProtKB: A2M domain-containing protein

+
分子 #22: P20

分子名称: P20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 137.671312 KDa
配列文字列: MSGYSNPLND PIMIRTMIVY GNLSATYFTG NGAALTQQPI ASNVPPTLRA DAFGNVTSPA NVISGNITTI DVISAGNINT RYVFGDGST LSGISTGNSV VGVQKIDIIG NAVSSTISTG SLRTNVAFTN ITANISNISY LSGNTVSNII NASNLIANIV N ANVMSGDI ...文字列:
MSGYSNPLND PIMIRTMIVY GNLSATYFTG NGAALTQQPI ASNVPPTLRA DAFGNVTSPA NVISGNITTI DVISAGNINT RYVFGDGST LSGISTGNSV VGVQKIDIIG NAVSSTISTG SLRTNVAFTN ITANISNISY LSGNTVSNII NASNLIANIV N ANVMSGDI TLNRIVATDT RTINLFGNVS TNSFTAYGNV TANILTATTL TANSLQIESV SGNSVQKMIV GNLIGNVLTA RT ATFDTAN IPTITSNVGI FTVANIRTIT GDVRANVLNV SNIVTRSIGT DVVSNNIIAT IGNVQSMIIG NLSANTLSVS NGT FQNFTT TVGLNVTTLS ASVSNALVLS FTTGNSSSTT TTNLDAYGNT QFLRISTETS GINILNANSV SVGNLTIVGN VTST SNNIS GQVTSNSSQV QNINTNVIYS GNVFTSRFIA ANANIRSLTA SIGQVNSLTI TSGNLTSLSF VNGNGNGVIA TNANI SNLN AVSMSGFAFD ANVIIGDITA NILSSGNLNA NVFEANMLTS GNVVSTNGDT GTINANSIVL NVISGGDTRI DRLIAN SVT TGDFYTTSTI TAGVIDCAQG KISGNSSSNA SLISNVISAN TASFVNTSVG YGNLVNAVVI GNIIANVVTS GDANAVF LN SNLTTSGSIF GNISNSASIV AEYSNIRTMN VGNINSTTFN AEYLYVGNIT VTGVSNTGYL ICRNATFSLN SNIQTLIT E NVTTSNAGSN IFTNVITTGN AFSQNINTIN ANVLGITSVF SNVITNISNI RTLILLSNVS LGNLTATSAN VTSNVSVGN LIGNIVASNA FFNTATIRNL AIFDVTGNIL VAQSNASISN LTTERILLSD ANIANLSTSN VSSNIAVVTG TCRIDAINSS NITFTNTAT VSAAVVNVLG NLTVSNVINV QNLTANVGNI WQAVSNIQSM TTANIFTNTM TIINSFTYSN ISSQRLIATN T LTANGVNL FSNIANLTVS GNANVGRWIA ASAPATGALC FSSTESANLT TANLFAGNLN TWRAFVGNVI GNVMTTVAGD FG GIRVSVA NIDVSGVANV ENFTVNGNLF ATNVITRDLS ANLINFSGSL SNTSSISISG NSLFTSSANA ANVGVSINMI TQN LFGNRL SSENIQGNVL QASNIAVSQT VNVVGNISIG NLSVSRELFA NSITISSGGT IVGNNTTRMI TTPTSNSWSV GSLV GNANV SVQFTANTMV VQNIQPNTLV VNINQSTPTS NSGVRAIYIG YIVPVNFNAT SSTTVSFSPA LPTNCIYMPQ LQYYS GGTV LQNNASFSTQ IGLGVETITN TSCTIRMSTL DTLPIPSTSF FGLMVTAVQT V

UniProtKB: Peptidase S74 domain-containing protein

+
分子 #23: P21

分子名称: P21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 141.414188 KDa
配列文字列: MSWFDPNWNP FFNRSIIVSG NLVVAGGVIE GNGGGLTNSA FSNPDTIRTD LTGNVTSNGT VRSSLIQTNS IVASGDAYAN VWNGNAAFI TGISANTTLV GNVRISISGN LTGNFAVSTT TVSNTMTANV LIGTTLTVNN LSATRANVQV LTGNVTGNVR L IANVVNVA ...文字列:
MSWFDPNWNP FFNRSIIVSG NLVVAGGVIE GNGGGLTNSA FSNPDTIRTD LTGNVTSNGT VRSSLIQTNS IVASGDAYAN VWNGNAAFI TGISANTTLV GNVRISISGN LTGNFAVSTT TVSNTMTANV LIGTTLTVNN LSATRANVQV LTGNVTGNVR L IANVVNVA AYTVGNLTTS SNVSTTNLNV TSNINGNVRS STANVQGRLS ATTPTTGSII SSSFIANSFT SSGNVQIGDF FG NVRASVG TFDMIASNVF SNVANIIEIR SDIISNIANV GNGTFVFVNA SNITTTNITG NITSNVASFS NVDSIFGNVG NLR ANTLTV TYANITGTLA SGNVAVGNLI SADNTSEFAN ITSFTTNGLV VNGNIIAAIG NGNVFLANVI TANSLTLQSS SSTA ASNVT TTRWIQSTTS TSNVMTIGNI TSGNVISSNA AYFANVISNT ITVMSAMTVS GNVSFGNVSF GNVSYGNITA NVTTS TGNV SVDNLTSNVV NVVFCNASSV TANTLTSIAL TGNTYVYSAN TGVLTANVGN VFGTLTVGVA NVTSMVSNAL FANTAV VSN LSVSNLTVTI SSDISNISIT GNTSGNVFAA NIATIGTLNT ANVVANLVAS NVMNAWVTSN IRTLITGNAN VSTTTSN VI TTGGFTITGN ITSGLLTSNV IAGNITMYNT SNTTLFTSNT SNIANFFAGN MTAVNTIVSN LEIQGNSVVI TQTTPFKV T SVLLANVLFA NTIISNTFTT TANVVGNIST DIANIGIANV NFLNTTDFAV NTANIVNYTP TSNINVTGNL TLGNANIVN FYATSANIVG NITANNAVIT FLTTPFYKGS GTVSAGFTSI ISANALSNVI VFGNLSANIV VSNTLLSNSI NVATVFSNVV NIGQVTSTG TTLVNSINFN ISNVDVSGNV LVTRDVYTTN ISVTTANIAN VTFFSNVAIG NLISTRNLTA ANLISSSDLF N SGPYTSSQ NVTIDTLNFT AGNLGTVAAR TTITTPTLFA TDVNFTQDAL VAGELITQNF YGNITSANIG SRITIGNANV TQ TNITGNV VIPRTSNAAG FNSRLLISNN TTVTSNIVAN SLISTGNIIT NLLQTTGQVS FASLAVEYID VANLAVRNVV TIG GNLTVS NVANLFSITA NTVNMSTVTT NTLSANTITG TSNVLVAGNI IGNCFGNVLV NRGVVTGNVF ADTITVPLNA VGVL TGNAL IVPNTALHSV AITGSSAFTS NIRTLNTPNA FIWNTSVPSS GLLDARRLRF SQYITSNRIV EMRYFYITNA LPQKY DSGG LNARYDLSFG TTLPTSQGQT WHHFLNTLYI GAQYNTNFSI NCLIINATTT GLEVIIYNPF GIAASLSSST PELYFY ITS IATSTQ

UniProtKB: Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein

+
分子 #24: MCPv5

分子名称: MCPv5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 45.585547 KDa
配列文字列: MGGIMQLVST GYQDVFLTGD PTRSLWKRIM ARKTNFAIES IETVFDVLYG STSFINIKKA GDLLKSCVLE ITMKRTSTES FYPAEQFIK SLTLLIGDQE VEKIQDFPTW SRVHDELFND TEMRSANYRM LNFRPDDPPG AIRTFYLDLP LFFTRYLSNS L PLVALQYH ...文字列:
MGGIMQLVST GYQDVFLTGD PTRSLWKRIM ARKTNFAIES IETVFDVLYG STSFINIKKA GDLLKSCVLE ITMKRTSTES FYPAEQFIK SLTLLIGDQE VEKIQDFPTW SRVHDELFND TEMRSANYRM LNFRPDDPPG AIRTFYLDLP LFFTRYLSNS L PLVALQYH EVKLKIDFEP PYNIPGIDST YMPQVRFYGD YVFLDKPERV YFAQTEHEYI IEQLQTFVTI PNMSNSVNTT MV DLPFTLP SRYIIWVYKT NLHGQYTTSN STFVTNEGYA PLQSAVIKCN GTDRFSERPG GYFNMVQTTQ ALGQAPSCGI YMY SFGVNA DKQDPEGTLN FSKLDMVTLS YTNKAATAAD ISQVFDLSTT LENGITKFKN ITIFSKNFNV LRIVEGQGGI LFSN

UniProtKB: カプシド

+
分子 #25: P22

分子名称: P22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 137.927828 KDa
配列文字列: MGSYFVPPAN YFFKDIFASN VGNIANVIFD NGNVIAAGGL GYLIGNGAFI TGVTSTAIAN IPAVVTADIR GNLIGNYANV NNIIASSGN ISNVRFVSGG NVTASYYFGD GSQLTGITAT ANIPSIVTAD IRGNIIGNYA NVSNVSATFG NIANVLFNNG N VTAAGGNG ...文字列:
MGSYFVPPAN YFFKDIFASN VGNIANVIFD NGNVIAAGGL GYLIGNGAFI TGVTSTAIAN IPAVVTADIR GNLIGNYANV NNIIASSGN ISNVRFVSGG NVTASYYFGD GSQLTGITAT ANIPSIVTAD IRGNIIGNYA NVSNVSATFG NIANVLFNNG N VTAAGGNG FFIGNGSLLT GITATANIPS IVTADIRGNI IGNYANVSNV SATFGNIANV LFNNGNVTAA GGNGYFFGNG AL LTGITAT ANIPSIVTAD IRGNIIGNYA NVSNVSATFG NIANVLFNNG NVTAAGGNGY FFGNGALLTG ITATANIPSI VTA DIRGNI IGNYANVSNV SATFGNIANV LFNNGNVTAA GGNGFFIGNG SLLSGITATA NIPSIVTADI RGNIIGNYAN VSNV TATFG NIANVLFNNG NVTAAGGNGY FFGNGSQLTG VTATLPSIVT ADIRGNIIGN YANVSNVIAT FGNIANVLFN NGNVT AADG NGYFFGNGSQ LTGVTATLPS IVTADIRGNI IGNYANVSNV IATFGNIANV LFNNGNVTAA GGNGYFFGNG ALLTGI TAT ANIPSIVTAD IRGNIIGNYA NVSNVIATFG NIANVLFNNG NVTAADGNGY FFGNGSQLTG VTATLPSIVT ADIRGNI IG NYANVSNVIA TFGNIANVLF NNGNVTAAGG NGYFFGNGAL LTGITATANI PSIVTADIRG NIIGNYANVS NVTATFGN I ANVLFNNGNV TAAGGNGYFF GNGSQLTGVT ATLPSIVTAD IRGNIIGNYA NVSNVIATFG NIANVLFNNG NVTAAGGNG YFFGNGALLT GITATANIPS IVTADIRGNI IGNYANVSNV TATFGNIGNV LFNNGNVTAA GGNGYFFGNG TFLNFSTITA DIRGNIIGN YANVGNVIAG NVSTTLGNIG NVLFNNGNVT AAGGNGYFFG NGTSLTFSTI RADIRGNIIG NYANVANVIA G NVNSTFGN IAGVTFDAGN VSSPVDILVS GNVSVGSDGL FRGPTNQSNN ALILRGIGGT NTVNLFSIGA PSGQMRFSVP AS GVAFYNF LYGTNQVASL GPQGFYSLSY DSSVVVGQVV SNSTTYSGTI FKTEANRNSS TAFNHISCTG SNGNVFRVRG DGT TYGVGA FQTSGADYAE MMEWEDKNPT FEDRRGYPVV LSGNGKIRIA SLSDDYNNII GVVSSNPSML ADMAWDQWEG KYLK DKFGM RLSNTIYYLA NISNENEFTR VGPMTTPPQG YFIKTSPEYI LNPKYNPNVA YVERNDRPEW DPVGFVGKLR VRNGC LVHP SWKPLKVIDD YADVGNAAAQ VTEYLIGVTP NYTLSKKVED LEQTINVLKT QVQMLLGNI

UniProtKB: Peptidase_G2 domain-containing protein

+
分子 #26: P23

分子名称: P23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 140.121688 KDa
配列文字列: MASGWSDFRA DPVIVNQDVV VFGNVFVDYL IGNASEMTGA ADFVPGNVVN VNIIGNTVST FVKSDVLMGD TITIDGNITA TRLYGDASN MSGLPTLPPN ANIDMVGNIV ANTNTNKFVS VDTFTGDVTT NVATISNANV GTVTTNTTFF GNVITNVFNI G NLILTSSN ...文字列:
MASGWSDFRA DPVIVNQDVV VFGNVFVDYL IGNASEMTGA ADFVPGNVVN VNIIGNTVST FVKSDVLMGD TITIDGNITA TRLYGDASN MSGLPTLPPN ANIDMVGNIV ANTNTNKFVS VDTFTGDVTT NVATISNANV GTVTTNTTFF GNVITNVFNI G NLILTSSN VDTLNVTSLV ASNVVSSQVD VQATIANSDL NVTRFDATSI SAEIFVSSET LAVSNITNLI ANIANIQGTT TV TGNLVGN IANVNTLTGN VTGNLFFTNL IIGNITANIF NTTTANVSNL ITSNVSASNV SASNVTSTLF TIGNLNTNVA TIS NLFVTG TTIAGNTTFS SFSVSSLVAN ISGNNASIPT FTPNVLSTSN ITIDGNAVVT GNAGFRTLNV TSLTANVLTT RGDV SNLYT DVINVNTNVF ISSANILANN VITVQMNNIS NVNITGNAEA FDVSANSVLM STLSVGGILS LGNVNTNDIS FGNIV TGNF FANFANVGNV QGNANVITMY STTLTSNSAQ IGNISGFSIV SNLGNAVSMF VGNLNTGTLV ANNSTVGNIT YISGNI GNA NAQTVRVSGL LSASGVALTF NSITSNVAGN SLTVHGNLRT NSVTTEILTG NVGNLSILNT GNLFANSISV GQSFVIS NF ANAFIISSQT TNASVITANI SGNIRVTNTL EANVVNSDSA NIIIKNVSTS GNVSNTFTTG NLTVTNAVFR SGITGNNI E VVGNVNCDGN TTVTTLSYGN LITSVYNTRN IFGNITANTV NITNSNIGNV VTSNINANSL IITNLIPTVD ITANVLRAS QVNTGWFYGN ATCNVLSMSN SVSINTLLSA EVFTSETINA NANVSVATIN SLGNTVAISR PSFLGNANIR LVISNVITIG NLTANTLVG DSFTATGIVN AINSNSQSDS IATNVTGNII IRGNLILASS ASAQSNASVF NPTNLISLNA NSLSSLTATN V SANNVVIS NTWQVSNLIV SNISAPNVTA NSFQAISMTG RYYRPGISIE RAGNLIVSNS LTSTANILQV LTSNTGQVNI TN TMFGNIS MSNIIVTGVV VTGNLTMGNV IANAVTTSVS TITGNATFGN LTVTDAVIIR GNITANNIST GSYIYGNGAF ITG NLTSSG NANISIATRM FGTNSAINVA GTFTGVGNTN TTNATIANLT TNTLLSIGNL STTGNFTVNS LSVGNLFANG STIQ LSNLA NIQVSNLIYS GNVVVSNLSA NTLSYVQNIG TSTQLQSGTM NVNNILSAGR FRLSISSTAP VFAGWTMGRV SLSGQ SLRT NSGNPRTITF TTPLPAGYSY GIQLSVYSTV FGQTMALFNI TVVSLTNTSV QFYIWNNPGG SGDSNTYIGY FAYAY

UniProtKB: Chlorovirus glycoprotein repeat domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 24.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5384

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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