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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34200 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Arginine kinase / Protein quality control / Zinc finger / Enzyme activation / TRANSFERASE | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / kinase activity / protein kinase activity / copper ion binding ...protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / kinase activity / protein kinase activity / copper ion binding / phosphorylation / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Lu K / Luo B / Tao X / Li H / Xie Y / Zhao Z / Xia W / Su Z / Mao Z | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 8件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Complex Structure and Activation Mechanism of Arginine Kinase McsB by McsA 著者: Lu K / Luo B / Tao X / Li H / Xie Y / Zhao Z / Xia W / Su Z / Mao Z | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34200.map.gz | 22.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34200-v30.xml emd-34200.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34200.png | 160.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34200.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_34200_half_map_1.map.gz emd_34200_half_map_2.map.gz | 25.5 MB 25.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34200 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34200_validation.pdf.gz | 717.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34200_full_validation.pdf.gz | 717.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34200_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34200_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34200 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gqdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA...
ファイル | emd_34200_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA...
ファイル | emd_34200_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : McsA-McsB complex
全体 | 名称: McsA-McsB complex |
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要素 |
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-超分子 #1: McsA-McsB complex
超分子 | 名称: McsA-McsB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-分子 #1: Protein-arginine kinase
分子 | 名称: Protein-arginine kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein arginine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 38.653918 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTHNIHDNIS QWMKSNEETP IVMSSRIRLA RNLENHVHPL MYATENDGFR VINEVQDALP NFELMRLDQM DQQSKMKMVA KHLISPELI KQPAAAVLVN DDESLSVMIN EEDHIRIQAM GTDTTLQALY NQASSIDDEL DRSLDISYDE QLGYLTTCPT N IGTGMRAS ...文字列: MTHNIHDNIS QWMKSNEETP IVMSSRIRLA RNLENHVHPL MYATENDGFR VINEVQDALP NFELMRLDQM DQQSKMKMVA KHLISPELI KQPAAAVLVN DDESLSVMIN EEDHIRIQAM GTDTTLQALY NQASSIDDEL DRSLDISYDE QLGYLTTCPT N IGTGMRAS VMLHLPGLSI MKRMTRIAQT INRFGYTIRG IYGEGSQVYG HTYQVSNQLT LGKSELEIIE TLTEVVNQII HE EKQIRQK LDTYNQLETQ DRVFRSLGIL QNCRMITMEE ASYRLSEVKL GIDLNYIELQ NFKFNELMVA IQSPFLLDEE DDK SVKEKR ADILREHIK UniProtKB: Protein-arginine kinase |
-分子 #2: Protein-arginine kinase activator protein
分子 | 名称: Protein-arginine kinase activator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 6.596689 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: KRCPSCHMTL KDIAHVGKFG CANCYATFKD DIIDIVRRVQ GGQFEHVGKT PHSSHKKIA UniProtKB: Protein-arginine kinase activator protein |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 78.2 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8gqd: |