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- EMDB-34076: GluK1-1a in nanodisc captured in SYM2081 bound desensitized state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34076
タイトルGluK1-1a in nanodisc captured in SYM2081 bound desensitized state
マップデータGluK1-1a nanodisc captured in desensitized state
試料
  • 複合体: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor
キーワードKainate receptor / GluK1-1a splice variant / nanodisc / SYM2081 bound / desensitized state / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / signaling receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Dhingra S / Kumar J
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2020/003971 インド
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Functional Implications of the Exon 9 Splice Insert in GluK1 Kainate Receptors
著者: Dhingra S / Chopade PM / Vinnakota R / Kumar J
履歴
登録2022年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å		1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å		1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.41 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.00074294425 - 2.0170407
平均 (標準偏差)0.0049278038 (±0.055036537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 360.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state halfmap A

ファイルemd_34076_half_map_1.map
注釈GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state_halfmap_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state halfmap B

ファイルemd_34076_half_map_2.map
注釈GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state_halfmap_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081

全体名称: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081
要素
  • 複合体: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor

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超分子 #1: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081

超分子名称: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: EGFP is covalently conjugated to the C-terminus of GluK1-1a. MSP1E3D1 soybean polar lipid nanodisc used.
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: Glutamate receptor

分子名称: Glutamate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: L838-S843 correspond to Thrombin recognition site, A844-A847 correspond to Ala linker, V848-S1090 correspond to enhanced green fluorescent protein (EGFP), H1091-H1098 correspond to Octa-His affinity tag.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 124.527125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI ...文字列:
QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI RQLPPANKDA KPLLKEMKKS KEFYVIFDCS HETAAEILKQ ILFMGMMTEY YHYFFTTLDL FALDLELYRY SG VNMTGFR LLNIDNPHVS SIIEKWSMER LQAPPRPETG LLDGMMTTEA ALMYDAVYMV AIASHRASQL TVSSLQCHRH KPW RLGPRF MNLIKEARWD GLTGRITFNK TDGLRKDFDL DIISLKEEGT EKASGEVSKH LYKVWKKIGI WNSNSGLNMT DGNR DRSNN ITDSLANRTL IVTTILEEPY VMYRKSDKPL YGNDRFEGYC LDLLKELSNI LGFLYDVKLV PDGKYGAQND KGEWN GMVK ELIDHRADLA VAPLTITYVR EKVIDFSKPF MTLGISILYR KPNGTNPGVF SFLNPLSPDI WMYVLLAYLG VSVVLF VIA RFTPYEWYNP HPCNPDSDVV ENNFTLLNSF WFGVGALMQQ GSELMPKALS TRIVGGIWWF FTLIIISSYT ANLAAFL TV ERMESPIDSA DDLAKQTKIE YGAVRDGSTM TFFKKSKIST YEKMWAFMSS RQQSALVKNS DEGIQRVLTT DYALLMES T SIEYVTQRNC NLTQIGGLID SKGYGVGTPI GSPYRDKITI AILQLQEEGK LHMMKEKWWR GNGCPEEDSK EASALGVEN IGGIFIVLAA GLVLSVFVAI GEFLYKSRKN NDVEQHYLVP RGSAAAAVSK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVSGEG EGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSAMPEGY VQERTIFFKD DGNYKTRAEV K FEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGSVQLADH YQQNTPIGDG PV LLPDNHY LSTQSKLSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT LGMDELYKSG LRSHHHHHHH H

UniProtKB: Glutamate receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.87 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5kuf


詳細: Unpublished coordinates for the amino-terminal domain model 3C32 used for ligand binding domain model 5KUF used for the trans-membrane domain model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24531
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3c32

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5kuf

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7ysj:
GluK1-1a in nanodisc captured in SYM2081 bound desensitized state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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