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万見- EMDB-33876: Cryo-EM structure of the monomeric atSPT-ORM1 (LCB2a-deltaN5) complex -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33876 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the monomeric atSPT-ORM1 (LCB2a-deltaN5) complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ceramide / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of serine C-palmitoyltransferase activity / regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / leaf senescence / intracellular sphingolipid homeostasis / photomorphogenesis / serine C-palmitoyltransferase activity / pollen development / serine C-palmitoyltransferase / regulation of programmed cell death ...positive regulation of serine C-palmitoyltransferase activity / regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / leaf senescence / intracellular sphingolipid homeostasis / photomorphogenesis / serine C-palmitoyltransferase activity / pollen development / serine C-palmitoyltransferase / regulation of programmed cell death / sphingosine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / sphingolipid biosynthetic process / vacuole / response to endoplasmic reticulum stress / pyridoxal phosphate binding / response to oxidative stress / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / apoptotic process / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie T / Liu P / Gong X | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Mechanism of sphingolipid homeostasis revealed by structural analysis of SPT-ORM1 complex. 著者: Peng Liu / Tian Xie / Xinyue Wu / Gongshe Han / Sita D Gupta / Zike Zhang / Jian Yue / Feitong Dong / Kenneth Gable / Somashekarappa Niranjanakumari / Wanyuan Li / Lin Wang / Wenchen Liu / ...著者: Peng Liu / Tian Xie / Xinyue Wu / Gongshe Han / Sita D Gupta / Zike Zhang / Jian Yue / Feitong Dong / Kenneth Gable / Somashekarappa Niranjanakumari / Wanyuan Li / Lin Wang / Wenchen Liu / Ruifeng Yao / Edgar B Cahoon / Teresa M Dunn / Xin Gong / 要旨: The serine palmitoyltransferase (SPT) complex catalyzes the first and rate-limiting step in sphingolipid biosynthesis in all eukaryotes. ORM/ORMDL proteins are negative regulators of SPT that respond ...The serine palmitoyltransferase (SPT) complex catalyzes the first and rate-limiting step in sphingolipid biosynthesis in all eukaryotes. ORM/ORMDL proteins are negative regulators of SPT that respond to cellular sphingolipid levels. However, the molecular basis underlying ORM/ORMDL-dependent homeostatic regulation of SPT is not well understood. We determined the cryo-electron microscopy structure of SPT-ORM1 complex, composed of LCB1, LCB2a, SPTssa, and ORM1, in an inhibited state. A ceramide molecule is sandwiched between ORM1 and LCB2a in the cytosolic membrane leaflet. Ceramide binding is critical for the ORM1-dependent SPT repression, and dihydroceramides and phytoceramides differentially affect this repression. A hybrid β sheet, formed by the amino termini of ORM1 and LCB2a and induced by ceramide binding, stabilizes the amino terminus of ORM1 in an inhibitory conformation. Our findings provide mechanistic insights into sphingolipid homeostatic regulation via the binding of ceramide to the SPT-ORM/ORMDL complex that may have implications for plant-specific processes such as the hypersensitive response for microbial pathogen resistance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33876.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33876-v30.xml emd-33876.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33876.png | 37.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33876.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_33876_half_map_1.map.gz emd_33876_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33876 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33876_validation.pdf.gz | 837 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33876_full_validation.pdf.gz | 836.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33876_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33876_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33876 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33876_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33876_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SPT-ORM1 complex
全体 | 名称: SPT-ORM1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SPT-ORM1 complex
超分子 | 名称: SPT-ORM1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: atLCB1
分子 | 名称: atLCB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 46.276117 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: PLTEQEIDEL CDEWVPEPLI PPITEDMKHE PPVLESAAGP HTTVNGKDVV NFASANYLGL IGHEKLLESC TSALEKYGVG SCGPRGFYG TIDVHLDCET RISKFLGTPD SILYSYGLST MFSTIPCFCK KGDVIVADEG VHWGIQNGLQ LSRSTIVYFK H NDMESLRI ...文字列: PLTEQEIDEL CDEWVPEPLI PPITEDMKHE PPVLESAAGP HTTVNGKDVV NFASANYLGL IGHEKLLESC TSALEKYGVG SCGPRGFYG TIDVHLDCET RISKFLGTPD SILYSYGLST MFSTIPCFCK KGDVIVADEG VHWGIQNGLQ LSRSTIVYFK H NDMESLRI TLEKIMTKYK RSKNLRRYIV AEAVYQNSGQ IAPLDEIVKL KEKYRFRVIL DESNSFGVLG RSGRGLAEHH SV PIEKIDV VTAAMGHALA TEGGFCTGNA RIIDYQRLSS SGYVFSASLP PYLASAAITA IDVIDQNPDM LVKLKQNVAL LWK GLSDIK GMSLTSNRES PIVFLKLEKS SGSAKDDLLL LEKMADRALK EDSLLVVSSK RSFLDKCRLP VGIKLYVSAG HSES DLLKA SESLKRLASE LLLKS UniProtKB: Long chain base biosynthesis protein 1 |
-分子 #2: Long chain base biosynthesis protein 2a
分子 | 名称: Long chain base biosynthesis protein 2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 53.934926 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYLTAVSTYF SYGLLFAFGQ LRDFFRRFID WWFTSNLQGY APICLGHEDF YIRRLYHRIQ DCFERPISSA PDAWFDVVER YSNDNNKTL KRTTKTSRCL NLGSYNYLGF GSFDEYCTPR VIESLKKFSA STCSSRVDAG TTSVHAELEE CVTRFVGKPA A VVFGMGYA ...文字列: MYLTAVSTYF SYGLLFAFGQ LRDFFRRFID WWFTSNLQGY APICLGHEDF YIRRLYHRIQ DCFERPISSA PDAWFDVVER YSNDNNKTL KRTTKTSRCL NLGSYNYLGF GSFDEYCTPR VIESLKKFSA STCSSRVDAG TTSVHAELEE CVTRFVGKPA A VVFGMGYA TNSAIIPVLI GKGGLIISDS LNHSSIVNGA RGSGATIRVF QHNTPSHLER VLREQIAEGQ PRTHRPWKKI IV VVEGIYS MEGEICHLPE VVAICKKYKA YVYLDEAHSI GAIGKTGKGI CELLGVDTAD VDVMMGTFTK SFGSCGGYIA GSK ELIQYL KHQCPAHLYA TSIPTPSAQQ IISAIKVILG EDGSNRGAQK LARIRENSNF FRAELQKMGF EVLGDNDSPV MPIM LYNPA KIPAFSRECL RQKVAVVVVG FPATPLLLAR ARICISASHS REDLIRALKV ISKVGDLSGI KYFPAEPKKI EQSKN DIKL D UniProtKB: Long chain base biosynthesis protein 2a |
-分子 #3: ORMDL family protein
分子 | 名称: ORMDL family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 18.220266 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MANLYVKAVP PPDMNRNTEW FMYPGVWTTY MLILFFGWLV VLSVSGCSPG MAWTVVNLAH FVVTYHSFHW MKGTPFADDQ GIYNGLTWW EQMDNGQQLT RNRKFLTLVP VVLYLIASHT TDYRHPWLFL NTLAVMVLVV AKFPNMHKVR IFGINGDK UniProtKB: ORMDL family protein |
-分子 #4: atLCB1
分子 | 名称: atLCB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 6.949384 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASNLVEMFN AALNWVTMIL ESPSARVVLF GVPIRGHFFV EGLLGVVIII LLTRKSYKPP KR UniProtKB: Long chain base biosynthesis protein 1 |
-分子 #5: Transmembrane protein, putative (DUF3317)
分子 | 名称: Transmembrane protein, putative (DUF3317) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 9.442687 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMNWVQRKIY LYNVTFGLYM LDWWERYLFN SLVVVLMWFV LYNGTRYFSE LFQRHLT UniProtKB: Transmembrane protein, putative (DUF3317) |
-分子 #6: [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE
分子 | 名称: [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PLS |
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分子量 | 理論値: 336.235 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLS: |
-分子 #7: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide
分子 | 名称: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: Z1T |
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分子量 | 理論値: 650.113 Da |
Chemical component information | ChemComp-Z1T: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 279059 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |