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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33872 | |||||||||
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タイトル | Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossypol complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 1 member L1 / inhibitor / Gossypol / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formyltetrahydrofolate dehydrogenase / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / NADPH regeneration / Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / biosynthetic process / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Han CW / Lee HN / Jeong MS / Jang SB | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024 タイトル: Structural identification and comprehension of human ALDH1L1-Gossypol complex. 著者: Chang Woo Han / Han Na Lee / Mi Suk Jeong / Hong Yeoul Kim / Se Bok Jang / 要旨: The folate metabolism enzyme ALDH1L1 catalyzed 10-formyltetrahydrofolate to tetrahydrofolate and CO. Non-small cell lung cancer cells (NSCLC) strongly express ALDH1L1. Gossypol binds to an allosteric ...The folate metabolism enzyme ALDH1L1 catalyzed 10-formyltetrahydrofolate to tetrahydrofolate and CO. Non-small cell lung cancer cells (NSCLC) strongly express ALDH1L1. Gossypol binds to an allosteric site and disrupts the folate metabolism by preventing NADP binding. The Cryo-EM structures of tetrameric C-terminal aldehyde dehydrogenase human ALDH1L1 complex with gossypol were examined. Gossypol-bound ALDH1L1 interfered with NADP by shifting the allosteric site of the structural conformation, producing a closed-form NADP binding site. In addition, the inhibition activity of ALDH1L1 was targeted with gossypol in NSCLC. The gossypol treatment had anti-cancer effects on NSCLC by blocking NADPH and ATP production. These findings emphasize the structure characterizing ALDH1L1 with gossypol. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33872.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33872-v30.xml emd-33872.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33872_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33872.png | 30.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33872.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_33872_additional_1.map.gz emd_33872_half_map_1.map.gz emd_33872_half_map_2.map.gz | 60.3 MB 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33872 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33872 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33872_validation.pdf.gz | 915.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33872_full_validation.pdf.gz | 914.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33872_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33872_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33872 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33872 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yjjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.9663 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33872_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33872_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33872_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossy...
全体 | 名称: Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossypol complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossy...
超分子 | 名称: Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossypol complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Protein (Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase) and chemical (Gossypol) complex |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 223 KDa |
-分子 #1: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
分子 | 名称: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: formyltetrahydrofolate dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 54.439246 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SIDYVEMAVN KRTVRMPHQL FIGGEFVDAE GAKTSETINP TDGSVICQVS LAQVTDVDKA VAAAKDAFEN GRWGKISARD RGRLMYRLA DLMEQHQEEL ATIEALDAGA VYTLALKTHV GMSIQTFRYF AGWCDKIQGS TIPINQARPN RNLTLTRKEP V GVCGIIIP ...文字列: SIDYVEMAVN KRTVRMPHQL FIGGEFVDAE GAKTSETINP TDGSVICQVS LAQVTDVDKA VAAAKDAFEN GRWGKISARD RGRLMYRLA DLMEQHQEEL ATIEALDAGA VYTLALKTHV GMSIQTFRYF AGWCDKIQGS TIPINQARPN RNLTLTRKEP V GVCGIIIP WNYPLMMLSW KTAACLAAGN TVVIKPAQVT PLTALKFAEL TLKAGIPKGV VNVLPGSGSL VGQRLSDHPD VR KIGFTGS TEVGKHIMKS CAISNVKKVS LELGGKSPLI IFADCDLNKA VQMGMSSVFF NKGENCIAAG RLFVEDSIHD EFV RRVVEE VRKMKVGNPL DRDTDHGPQN HHAHLVKLME YCQHGVKEGA TLVCGGNQVP RPGFFFEPTV FTDVEDHMFI AKEE SFGPV MIISRFADGD LDAVLSRANA TEFGLASGVF TRDINKALYV SDKLQAGTVF VNTYNKTDVA APFGGFKQSG FGKDL GEAA LNEYLRVKTV TFEY UniProtKB: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase |
-分子 #2: Gossypol
分子 | 名称: Gossypol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GO3 |
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分子量 | 理論値: 518.554 Da |
Chemical component information | ChemComp-GO3: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 54.56 sec. / 平均電子線量: 39.55 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |