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万見
- PDB-7yjj: Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yjj
タイトルHuman Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossypol complex
要素Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 1 member L1 / inhibitor / Gossypol
機能・相同性
機能・相同性情報


formyltetrahydrofolate dehydrogenase / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / NADPH regeneration / Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / biosynthetic process / one-carbon metabolic process / mitochondrion / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily ...10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gossypol / Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.31 Å
データ登録者Han, C.W. / Lee, H.N. / Jeong, M.S. / Jang, S.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2024
タイトル: Structural identification and comprehension of human ALDH1L1-Gossypol complex.
著者: Chang Woo Han / Han Na Lee / Mi Suk Jeong / Hong Yeoul Kim / Se Bok Jang /
要旨: The folate metabolism enzyme ALDH1L1 catalyzed 10-formyltetrahydrofolate to tetrahydrofolate and CO. Non-small cell lung cancer cells (NSCLC) strongly express ALDH1L1. Gossypol binds to an allosteric ...The folate metabolism enzyme ALDH1L1 catalyzed 10-formyltetrahydrofolate to tetrahydrofolate and CO. Non-small cell lung cancer cells (NSCLC) strongly express ALDH1L1. Gossypol binds to an allosteric site and disrupts the folate metabolism by preventing NADP binding. The Cryo-EM structures of tetrameric C-terminal aldehyde dehydrogenase human ALDH1L1 complex with gossypol were examined. Gossypol-bound ALDH1L1 interfered with NADP by shifting the allosteric site of the structural conformation, producing a closed-form NADP binding site. In addition, the inhibition activity of ALDH1L1 was targeted with gossypol in NSCLC. The gossypol treatment had anti-cancer effects on NSCLC by blocking NADPH and ATP production. These findings emphasize the structure characterizing ALDH1L1 with gossypol.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
E: Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,2765
ポリマ－217,7574
非ポリマー5191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / 10-FTHFDH / FDH / Aldehyde dehydrogenase family 1 member L1


分子量: 54439.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1L1, FTHFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75891, formyltetrahydrofolate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-GO3 / Gossypol / (+)-ゴッシポ-ル


分子量: 518.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30O8
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and Gossypol complex
タイプ: COMPLEX
詳細: Protein (Human Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase) and chemical (Gossypol) complex
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.223 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 54.56 sec. / 電子線照射量: 39.55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 396292 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006615651
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.955321196
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05152380
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062748
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.14959347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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