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万見
- EMDB-33811: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33811
タイトルCryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoing the second-step self-splicing
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoing the second-step self-splicing
    • RNA: RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*C)-3')
    • RNA: RNA (387-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTetrahymena ribozyme / second step of self-splicing / conformation 5 / RNA
生物種Tetrahymena (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Li S / Michael ZP / Zhang X / Greg P / Zhang K / Liu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM.
著者: Shanshan Li / Michael Z Palo / Xiaojing Zhang / Grigore Pintilie / Kaiming Zhang /
要旨: Group I introns are catalytic RNAs that coordinate two consecutive transesterification reactions for self-splicing. To understand how the group I intron promotes catalysis and coordinates self- ...Group I introns are catalytic RNAs that coordinate two consecutive transesterification reactions for self-splicing. To understand how the group I intron promotes catalysis and coordinates self-splicing reactions, we determine the structures of L-16 Tetrahymena ribozyme in complex with a 5'-splice site analog product and a 3'-splice site analog substrate using cryo-EM. We solve six conformations from a single specimen, corresponding to different splicing intermediates after the first ester-transfer reaction. The structures reveal dynamics during self-splicing, including large conformational changes of the internal guide sequence and the J5/4 junction as well as subtle rearrangements of active-site metals and the hydrogen bond formed between the 2'-OH group of A261 and the N2 group of guanosine substrate. These results help complete a detailed structural and mechanistic view of this paradigmatic group I intron undergoing the second step of self-splicing.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33811.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.33718058 - 1.2549814
平均 (標準偏差)0.0041756253 (±0.04326483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_33811_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33811_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33811_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoi...

全体名称: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoing the second-step self-splicing
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoing the second-step self-splicing
    • RNA: RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*C)-3')
    • RNA: RNA (387-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoi...

超分子名称: Cryo-EM structure of Tetrahymena ribozyme conformation 5 undergoing the second-step self-splicing
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*UP*CP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)
分子量理論値: 911.596 Da
配列文字列:
UCG

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分子 #2: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*CP*CP*CP*UP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)
分子量理論値: 1.788101 KDa
配列文字列:
CCCUCU

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分子 #3: RNA (387-MER)

分子名称: RNA (387-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena (真核生物)
分子量理論値: 127.011883 KDa
配列文字列: GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA ...文字列:
GGUUUGGAGG GAAAAGUUAU CAGGCAUGCA CCUGGUAGCU AGUCUUUAAA CCAAUAGAUU GCAUCGGUUU AAAAGGCAAG ACCGUCAAA UUGCGGGAAA GGGGUCAACA GCCGUUCAGU ACCAAGUCUC AGGGGAAACU UUGAGAUGGC CUUGCAAAGG G UAUGGUAA UAAGCUGACG GACAUGGUCC UAACCACGCA GCCAAGUCCU AAGUCAACAG AUCUUCUGUU GAUAUGGAUG CA GUUCACA GACUAAAUGU CGGUCGGGGA AGAUGUAUUC UUCUCAUAAG AUAUAGUCGG ACCUCUCCUU AAUGGGAGCU AGC GGAUGA AGUGAUGCAA CACUGGAGCC GCUGGGAACU AAUUUGUAUG CGAAAGUAUA UUGAUUAGUU UUGGAGU

GENBANK: GENBANK: X54512.1

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4255846
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.3) / 使用した粒子像数: 144613
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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