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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33810
タイトルStructure of the Spring Viraemia of Carp Virus ribonucleoprotein Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus
    • 複合体: nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (99-mer)
キーワードRibonucleoprotein / Complex / VIRUS / VIRUS LIKE PARTICLE-RNA complex
生物種Sprivirus cyprinus (ウイルス) / Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Sprivivirus cyprinus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Liu B / Wang ZX / Yang T / Yu DQ / Ouyang Q
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725026 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82225028 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172287 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus Ribonucleoprotein Complex Reveals Its Assembly Mechanism and Application in Antiviral Drug Screening.
著者: Zhao-Xi Wang / Bing Liu / Tian Yang / Daqi Yu / Chu Zhang / Liming Zheng / Jin Xie / Bin Liu / Mengxi Liu / Hailin Peng / Luhua Lai / Qi Ouyang / Songying Ouyang / Yong-An Zhang /
要旨: Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all ...Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all negative-sense viruses, SVCV contains an RNA genome that is encapsidated by the nucleoprotein (N) in the form of a ribonucleoprotein (RNP) complex, which serves as the template for viral replication and transcription. Here, the three-dimensional (3D) structure of SVCV RNP was resolved through cryo-electron microscopy (cryo-EM) at a resolution of 3.7 Å. RNP assembly was stabilized by N and C loops; RNA was wrapped in the groove between the N and C lobes with 9 nt nucleotide per protomer. Combined with mutational analysis, our results elucidated the mechanism of RNP formation. The RNA binding groove of SVCV N was used as a target for drug virtual screening, and it was found suramin had a good antiviral effect. This study provided insights into RNP assembly, and anti-SVCV drug screening was performed on the basis of this structure, providing a theoretical basis and efficient drug screening method for the prevention and treatment of SVC. Aquaculture accounts for about 70% of global aquatic products, and viral diseases severely harm the development of aquaculture industry. Spring viremia of carp virus (SVCV) is the pathogen causing highly contagious spring viremia of carp (SVC) disease in cyprinids, especially common carp (), yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat this disease. In this study, we have elucidated the mechanism of SVCV ribonucleoprotein complex (RNP) formation by resolving the 3D structure of SVCV RNP and screened antiviral drugs based on the structure. It is found that suramin could competitively bind to the RNA binding groove and has good antiviral effects both and . Our study provides a template for rational drug discovery efforts to treat and prevent SVCV infections.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33810.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 168 pix.
= 230.16 Å		1.37 Å/pix.
x 168 pix.
= 230.16 Å		1.37 Å/pix.
x 168 pix.
= 230.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0271
最小 - 最大-0.17290473 - 0.32962015
平均 (標準偏差)0.0010094885 (±0.012184945)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 230.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33810_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33810_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33810_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus

全体名称: ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus
要素
  • 複合体: ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus
    • 複合体: nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (99-mer)

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超分子 #1: ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus

超分子名称: ribonucleoprotein complex of the spring viraemia carp virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Sprivirus cyprinus (ウイルス)

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超分子 #2: nucleoprotein

超分子名称: nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sprivivirus cyprinus (ウイルス)
分子量理論値: 46.62116 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: RIKTNAAVAA VLPANEDQAD YPSTFFEGGN EIRLYVNRGE KLDVLRQYVY MGLVEKNCRI QHVNAYLYAV LKGERELLEA DWDSFGHKI GIQGDKIGPF NLVRVEDIPD GLPDGKLNAE VSAEDDAWLP LFLLGLYRVG RASETAYRTL LMESLIKQCK A IKSDWVSP ...文字列:
RIKTNAAVAA VLPANEDQAD YPSTFFEGGN EIRLYVNRGE KLDVLRQYVY MGLVEKNCRI QHVNAYLYAV LKGERELLEA DWDSFGHKI GIQGDKIGPF NLVRVEDIPD GLPDGKLNAE VSAEDDAWLP LFLLGLYRVG RASETAYRTL LMESLIKQCK A IKSDWVSP VTATHKYFDV WGNDGNYLKI VACVDMFYNH FKKSIKATFR WGTIVSRFKD CAALATLGHV VKITGLTIEE VF TWVLQTE VADELVKMMK PGQEIDKSTS YMPYLIDMGI SAKSPYSTIK NPSFHFWGQL VAALCRSKRA LNARQPDEID SMS ISNASL LMAYALGSSP DIEQQFSTGN TYRKPPKEAS YLVSEEPKNR SVVEWIAWYS DVDNKPTDDM LMMAKRVAGT ISGP RDNSV GKWIKQTYG

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分子 #2: RNA (99-mer)

分子名称: RNA (99-mer) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 30.26548 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUU UUUUUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2gic

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 614458
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7yg7:
Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus ribonucleoprotein Complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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