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- EMDB-33777: The structure of EBOV L-VP35 in complex with suramin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33777
タイトルThe structure of EBOV L-VP35 in complex with suramin
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of EBOV L-VP35-suramin
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase cofactor VP35
  • リガンド: 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID
キーワードpolymerase / complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...GDP polyribonucleotidyltransferase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V ...RNA-directed RNA polymerase L, filovirus / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shi Y / Yuan B / Peng Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the Ebola virus polymerase complex.
著者: Bin Yuan / Qi Peng / Jinlong Cheng / Min Wang / Jin Zhong / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi /
要旨: Filoviruses, including Ebola virus, pose an increasing threat to the public health. Although two therapeutic monoclonal antibodies have been approved to treat the Ebola virus disease, there are no ...Filoviruses, including Ebola virus, pose an increasing threat to the public health. Although two therapeutic monoclonal antibodies have been approved to treat the Ebola virus disease, there are no approved broadly reactive drugs to control diverse filovirus infection. Filovirus has a large polymerase (L) protein and the cofactor viral protein 35 (VP35), which constitute the basic functional unit responsible for virus genome RNA synthesis. Owing to its conservation, the L-VP35 polymerase complex is a promising target for broadly reactive antiviral drugs. Here we determined the structure of Ebola virus L protein in complex with tetrameric VP35 using cryo-electron microscopy (state 1). Structural analysis revealed that Ebola virus L possesses a filovirus-specific insertion element that is essential for RNA synthesis, and that VP35 interacts extensively with the N-terminal region of L by three protomers of the VP35 tetramer. Notably, we captured the complex structure in a second conformation with the unambiguous priming loop and supporting helix away from polymerase active site (state 2). Moreover, we demonstrated that the century-old drug suramin could inhibit the activity of the Ebola virus polymerase in an enzymatic assay. The structure of the L-VP35-suramin complex reveals that suramin can bind at the highly conserved NTP entry channel to prevent substrates from entering the active site. These findings reveal the mechanism of Ebola virus replication and may guide the development of more powerful anti-filovirus drugs.
履歴
登録2022年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.06906902 - 0.10864415
平均 (標準偏差)0.00012693257 (±0.0024188543)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of EBOV L-VP35-suramin

全体名称: The complex of EBOV L-VP35-suramin
要素
  • 複合体: The complex of EBOV L-VP35-suramin
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase cofactor VP35
  • リガンド: 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID

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超分子 #1: The complex of EBOV L-VP35-suramin

超分子名称: The complex of EBOV L-VP35-suramin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 252.863734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MATQHTQYPD ARLSSPIVLD QCDLVTRACG LYSSYSLNPQ LRNCKLPKHI YRLKYDVTVT KFLSDVPVAT LPIDFIVPIL LKALSGNGF CPVEPRCQQF LDEIIKYTMQ DALFLKYYLK NVGAQEDCVD DHFQEKILSS IQGNEFLHQM FFWYDLAILT R RGRLNRGN ...文字列:
MATQHTQYPD ARLSSPIVLD QCDLVTRACG LYSSYSLNPQ LRNCKLPKHI YRLKYDVTVT KFLSDVPVAT LPIDFIVPIL LKALSGNGF CPVEPRCQQF LDEIIKYTMQ DALFLKYYLK NVGAQEDCVD DHFQEKILSS IQGNEFLHQM FFWYDLAILT R RGRLNRGN SRSTWFVHDD LIDILGYGDY VFWKIPISLL PLNTQGIPHA AMDWYQTSVF KEAVQGHTHI VSVSTADVLI MC KDLITCR FNTTLISKIA EVEDPVCSDY PNFKIVSMLY QSGDYLLSIL GSDGYKIIKF LEPLCLAKIQ LCSKYTERKG RFL TQMHLA VNHTLEEITE IRALKPSQAH KIREFHRTLI RLEMTPQQLC ELFSIQKHWG HPVLHSETAI QKVKKHATVL KALR PIVIF ETYCVFKYSI AKHYFDSQGS WYSVTSDRNL TPGLNSYIKR NQFPPLPMIK ELLWEFYHLD HPPLFSTKII SDLSI FIKD RATAVERTCW DAVFEPNVLG YNPPHKFSTK RVPEQFLEQE NFSIENVLSY AQKLEYLLPQ YRNFSFSLKE KELNVG RTF GKLPYPTRNV QTLCEALLAD GLAKAFPSNM MVVTEREQKE SLLHQASWHH TSDDFGEHAT VRGSSFVTDL EKYNLAF RY EFTAPFIEYC NRCYGVKNVF NWMHYTIPQC YMHVSDYYNP PHNLTLENRN NPPEGPSSYR GHMGGIEGLQ QKLWTSIS C AQISLVEIKT GFKLRSAVMG DNQCITVLSV FPLETDADEQ EQSAEDNAAR VAASLAKVTS ACGIFLKPDE TFVHSGFIY FGKKQYLNGV QLPQSLKTAT RMAPLSDAIF DDLQGTLASI GTAFERSISE TRHIFPCRIT AAFHTFFSVR ILQYHHLGFN KGFDLGQLT LGKPLDFGTI SLALAVPQVL GGLSFLNPEK CFYRNLGDPV TSGLFQLKTY LRMIEMDDLF LPLIAKNPGN C TAIDFVLN PSGLNVPGSQ DLTSFLRQIV RRTITLSAKN KLINTLFHAS ADFEDEMVCK WLLSSTPVMS RFAADIFSRT PS GKRLQIL GYLEGTRTLL ASKIINNNTE TPVLDRLRKI TLQRWSLWFS YLDHCDNILA EALTQITCTV DLAQILREYS WAH ILEGRP LIGATLPCMI EQFKVVWLKP YEQCPQCSNA KQPGGKPFVS VAVKKHIVSA WPNASRISWT IGDGIPYIGS RTED KIGQP AIKPKCPSAA LREAIELASR LTWVTQGSSN SDLLIKPFLE ARVNLSVQEI LQMTPSHYSG NIVHRYNDQY SPHSF MANR MSNSATRLIV STNTLGEFSG GGQSARDSNI IFQNVINYAV ALFDIKFRNT EATDIQYNRA HLHLTKCCTR EVPAQY LTY TSTLDLDLTR YRENELIYDN NPLKGGLNCN ISFDNPFFQG KQLNIIEDDL IRLPHLSGWE LAKTIMQSII SDSNNSS TD PISSGETRSF TTHFLTYPKI GLLYSFGAFV SYYLGNTILR TKKLTLDNFL YYLTTQIHNL PHRSLRILKP TFKHASVM S RLMSIDPHFS IYIGGAAGDR GLSDAARLFL RTSISSFLTF VKEWIINRGT IVPLWIVYPL EGQNPTPVNN FLHQIVELL VHDSSRHQAF KTTINDHVHP HDNLVYTCKS TASNFFHASL AYWRSRHRNS NRKDLTRNSS TGSSTNNSDG HIKRSQEQTT RDPHDGTER SLVLQMSHEI KRTTIPQENT HQGPSFQSFL SDSACGTANP KLNFDRSRHN VKSQDHNSAS KREGHQIISH R LVLPFFTL SQGTRQLTSS NESQTQDEIS KYLRQLRSVI DTTVYCRFTG IVSSMHYKLD EVLWEIENFK SAVTLAEGEG AG ALLLIQK YQVKTLFFNT LATESSIESE IVSGMTTPRM LLPVMSKFHN DQIEIILNNS ASQITDITNP TWFKDQRARL PRQ VEVITM DAETTENINR SKLYEAVHKL ILHHVDPSVL KAVVLKVFLS DTEGMLWLND NLAPFFATGY LIKPITSSAR SSEW YLCLT NFLSTTRKMP HQNHLSCKQV ILTALQLQIQ RSPYWLSHLT QYADCDLHLS YIRLGFPSLE KVLYHRYNLV DSKRG PLVS VTQHLAHLRA EIRELTNDYN QQRQSRTQTY HFIRTAKGRI TKLVNDYLKF FLIVQALKHN GTWQAEFKKL PELISV CNR FYHIRDCNCE ERFLVQTLYL HRMQDSEVKL IERLTGLLSL FPDGLYRFD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Polymerase cofactor VP35

分子名称: Polymerase cofactor VP35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 37.48943 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MTTRTKGRGH TVATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV NDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKMRN SQTQTDPICN HSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK PVYDMAKTIS SLNRVCAEMV AKYDLLVMTT GRATATAAAT E AYWAEHGQ ...文字列:
MTTRTKGRGH TVATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV NDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKMRN SQTQTDPICN HSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK PVYDMAKTIS SLNRVCAEMV AKYDLLVMTT GRATATAAAT E AYWAEHGQ PPPGPSLYEE SAIRGKIESR DETVPQSVRE AFNNLDSTTS LTEENFGKPD ISAKDLRNIM YDHLPGFGTA FH QLVQVIC KLGKDSNSLD IIHAEFQASL AEGDSPQCAL IQITKRVPIF QDAAPPVIHI RSRGDIPRAC QKSLRPVPPS PKI DRGWVC VFQLQDGKTL GLKI

UniProtKB: Polymerase cofactor VP35

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分子 #3: 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-P...

分子名称: 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: SVR
分子量理論値: 1.29728 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 193982
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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