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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33733 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | endoribonuclease / ribosome biosynthesis / Las1 / Grc3 / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / Las1 complex / RNA processing / rRNA processing / endonuclease activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen J / Chen H / Li S / Lin X / Hu R / Zhang K / Liu L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Structural and mechanistic insights into ribosomal ITS2 RNA processing by nuclease-kinase machinery. 著者: Jiyun Chen / Hong Chen / Shanshan Li / Xiaofeng Lin / Rong Hu / Kaiming Zhang / Liang Liu / 要旨: Precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing is a key step in ribosome biosynthesis and involves numerous RNases. A HEPN (higher eukaryote and prokaryote nucleotide binding) nuclease Las1 and a ...Precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) processing is a key step in ribosome biosynthesis and involves numerous RNases. A HEPN (higher eukaryote and prokaryote nucleotide binding) nuclease Las1 and a polynucleotide kinase Grc3 assemble into a tetramerase responsible for rRNA maturation. Here, we report the structures of full-length and Las1-Grc3 complexes, and Las1. The Las1-Grc3 structures show that the central coiled-coil domain of Las1 facilitates pre-rRNA binding and cleavage, while the Grc3 C-terminal loop motif directly binds to the HEPN active center of Las1 and regulates pre-rRNA cleavage. Structural comparison between Las1 and Las1-Grc3 complex exhibits that Grc3 binding induces conformational rearrangements of catalytic residues associated with HEPN nuclease activation. Biochemical assays identify that Las1 processes pre-rRNA at the two specific sites (C2 and C2'), which greatly facilitates rRNA maturation. Our structures and specific pre-rRNA cleavage findings provide crucial insights into the mechanism and pathway of pre-rRNA processing in ribosome biosynthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33733.map.gz | 53 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33733-v30.xml emd-33733.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33733.png | 40.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33733.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_33733_half_map_1.map.gz emd_33733_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33733 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33733_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33733_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33733_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33733_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_33733_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_33733_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of ScLas1-Grc3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |