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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33593 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Anabaena PSI-monomer-IsiA supercomplex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT / isiA / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Nagao R / Kato K / Hamaguchi T / Kawakami K / Yonekura K / Shen JR | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of a monomeric photosystem I core associated with iron-stress-induced-A proteins from Anabaena sp. PCC 7120. 著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Yoshifumi Ueno / Naoki Tsuboshita / Shota Shimizu / Miyu Furutani / Shigeki Ehira / Yoshiki Nakajima / Keisuke Kawakami / Takehiro Suzuki / Naoshi ...著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Yoshifumi Ueno / Naoki Tsuboshita / Shota Shimizu / Miyu Furutani / Shigeki Ehira / Yoshiki Nakajima / Keisuke Kawakami / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen / 要旨: Iron-stress-induced-A proteins (IsiAs) are expressed in cyanobacteria under iron-deficient conditions. The cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120 has four isiA genes; however, their binding property ...Iron-stress-induced-A proteins (IsiAs) are expressed in cyanobacteria under iron-deficient conditions. The cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120 has four isiA genes; however, their binding property and functional roles in PSI are still missing. We analyzed a cryo-electron microscopy structure of a PSI-IsiA supercomplex isolated from Anabaena grown under an iron-deficient condition. The PSI-IsiA structure contains six IsiA subunits associated with the PsaA side of a PSI core monomer. Three of the six IsiA subunits were identified as IsiA1 and IsiA2. The PSI-IsiA structure lacks a PsaL subunit; instead, a C-terminal domain of IsiA2 occupies the position of PsaL, which inhibits the oligomerization of PSI, leading to the formation of a PSI monomer. Furthermore, excitation-energy transfer from IsiAs to PSI appeared with a time constant of 55 ps. These findings provide insights into both the molecular assembly of the Anabaena IsiA family and the functional roles of IsiAs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33593.map.gz | 13.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33593-v30.xml emd-33593.xml | 36.8 KB 36.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33593_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33593.png | 162.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33593.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_33593_additional_1.map.gz emd_33593_half_map_1.map.gz emd_33593_half_map_2.map.gz | 43 MB 44.2 MB 44.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33593 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33593 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33593_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33593_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33593_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33593_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33593 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33593 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y3fMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.99 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33593_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33593_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33593_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : PSI-monomer-IsiA
+超分子 #1: PSI-monomer-IsiA
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Unknown
+分子 #10: PsaM
+分子 #11: Photosystem I 4.8 kDa protein
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #13: IsiA
+分子 #14: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
+分子 #15: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #16: CHLOROPHYLL A
+分子 #17: PHYLLOQUINONE
+分子 #18: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #19: BETA-CAROTENE
+分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #22: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #23: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.68 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 11.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7y3f: |