+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33556 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of MrgD-Gi complex with beta-alanine (local) | |||||||||
マップデータ | post-process map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | GPCR / Complex / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Suzuki S / Iida M / Kawamoto A / Oshima A | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural insight into the activation mechanism of MrgD with heterotrimeric Gi-protein revealed by cryo-EM. 著者: Shota Suzuki / Momoko Iida / Yoko Hiroaki / Kotaro Tanaka / Akihiro Kawamoto / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / 要旨: MrgD, a member of the Mas-related G protein-coupled receptor (MRGPR) family, has high basal activity for Gi activation. It recognizes endogenous ligands, such as β-alanine, and is involved in pain ...MrgD, a member of the Mas-related G protein-coupled receptor (MRGPR) family, has high basal activity for Gi activation. It recognizes endogenous ligands, such as β-alanine, and is involved in pain and itch signaling. The lack of a high-resolution structure for MrgD hinders our understanding of whether its activation is ligand-dependent or constitutive. Here, we report two cryo-EM structures of the MrgD-Gi complex in the β-alanine-bound and apo states at 3.1 Å and 2.8 Å resolution, respectively. These structures show that β-alanine is bound to a shallow pocket at the extracellular domains. The extracellular half of the sixth transmembrane helix undergoes a significant movement and is tightly packed into the third transmembrane helix through hydrophobic residues, creating the active form. Our structures demonstrate a structural basis for the characteristic ligand recognition of MrgD. These findings provide a framework to guide drug designs targeting the MrgD receptor. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33556.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33556-v30.xml emd-33556.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33556_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33556.png | 67 KB | ||
マスクデータ | emd_33556_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33556.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_33556_half_map_1.map.gz emd_33556_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33556 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33556 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33556_validation.pdf.gz | 1004.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33556_full_validation.pdf.gz | 1004.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33556_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33556_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33556 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33556 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y14MC 7y12C 7y13C 7y15C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11073 (タイトル: Cryo-EM structure of MrgD-Gi complex with beta-alanine Data size: 4.1 TB Data #1: K3 movies for MrgD-Gi complex with beta-alanine [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | post-process map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33556_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_33556_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_33556_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : beta-alanine bound MrgD-Gi complex with the scFv16
全体 | 名称: beta-alanine bound MrgD-Gi complex with the scFv16 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: beta-alanine bound MrgD-Gi complex with the scFv16
超分子 | 名称: beta-alanine bound MrgD-Gi complex with the scFv16 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor me...
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member D タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.141285 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KDALTKMRAA ALDAQKATPP KLEDKSPDSP EMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAAEQLK TTRNAYIQKY LNSSGTVESA LNYSRGSTVH TAYLVLSSLA M FTCLCGMA ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKADLEDN WETLNDNLKV IEKADNAAQV KDALTKMRAA ALDAQKATPP KLEDKSPDSP EMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQAAAEQLK TTRNAYIQKY LNSSGTVESA LNYSRGSTVH TAYLVLSSLA M FTCLCGMA GNSMVIWLLG FRMHRNPFCI YILNLAAADL LFLFSMASTL SLETQPLVNT TDKVHELMKR LMYFAYTVGL SL LTAISTQ RCLSVLFPIW FKCHRPRHLS AWVCGLLWTL CLLMNGLTSS FCSKFLKFNE DRCFRVDMVQ AALIMGVLTP VMT LSSLTL FVWVRRSSQQ WRRQPTRLFV VVLASVLVFL ICSLPLSIYW FVLYWLSLPP EMQVLCFSLS RLSSSVSSSA NPVI YFLVG SRRSHRLPTR SLGTVLQQAL REEPELEGGE TPTVGTNEMG A UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Mas-related G-protein coupled receptor member D |
-分子 #2: BETA-ALANINE
分子 | 名称: BETA-ALANINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: BAL |
---|---|
分子量 | 理論値: 89.093 Da |
Chemical component information | ChemComp-BAL: |
-分子 #3: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PLM |
---|---|
分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 3 seconds blot force 5. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 球面収差補正装置: The Microscope implicated Cs corrector. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |