+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The pre-Tet-C state of wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon | ||||||||||||||||||||||||
![]() | |||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | Catalytic RNA / wild-type Tetrahymena group I intron / RNA | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
全体 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
超分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: The pre-Tet-C state molecule of co-transcriptional folded wild-ty...
分子 | 名称: The pre-Tet-C state molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 130.735078 KDa |
配列 | 文字列: AUAUUUACCU UUGGAGGGAA AAGUUAUCAG GCAUGCACCU GGUAGCUAGU CUUUAAACCA AUAGAUUGCA UCGGUUUAAA AGGCAAGAC CGUCAAAUUG CGGGAAAGGG GUCAACAGCC GUUCAGUACC AAGUCUCAGG GGAAACUUUG AGAUGGCCUU G CAAAGGGU ...文字列: AUAUUUACCU UUGGAGGGAA AAGUUAUCAG GCAUGCACCU GGUAGCUAGU CUUUAAACCA AUAGAUUGCA UCGGUUUAAA AGGCAAGAC CGUCAAAUUG CGGGAAAGGG GUCAACAGCC GUUCAGUACC AAGUCUCAGG GGAAACUUUG AGAUGGCCUU G CAAAGGGU AUGGUAAUAA GCUGACGGAC AUGGUCCUAA CCACGCAGCC AAGUCCUAAG UCAACAGAUC UUCUGUUGAU AU GGAUGCA GUUCACAGAC UAAAUGUCGG UCGGGGAAGA UGUAUUCUUC UCAUAAGAUA UAGUCGGACC UCUCCUUAAU GGG AGCUAG CGGAUGAAGU GAUGCAACAC UGGAGCCGCU GGGAACUAAU UUGUAUGCGA AAGUAUAUUG AUUAGUUUUG GAGU ACUCG GENBANK: GENBANK: X54512.1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 29 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: SPERMIDINE
分子 | 名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: SPD |
---|---|
分子量 | 理論値: 145.246 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SPD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00068 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
温度 | 最低: 79.3 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |