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- EMDB-33137: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction of wild-type... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33137
タイトルThe Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction of wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon
マップデータ
試料
  • 複合体: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon
    • RNA: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (intron and 3'-exon)
    • RNA: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (5'-exon)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINE
キーワードRNA
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z
資金援助 中国, ポーランド, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Polish National Science Centre2017/26/A/NZ1/01083 ポーランド
Polish National Science Centre2021/43/D/NZ1/03360 ポーランド
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing
著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z
履歴
登録2022年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å		0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å		0.85 Å/pix.
x 224 pix.
= 190.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.06713716 - 0.21414272
平均 (標準偏差)0.0005459729 (±0.005308185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 190.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33137_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33137_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...

全体名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon
要素
  • 複合体: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon
    • RNA: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (intron and 3'-exon)
    • RNA: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (5'-exon)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINE

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超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...

超分子名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of ...

分子名称: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (intron and 3'-exon)
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 140.071703 KDa
配列文字列: AUAGCAAUAU UUACCUUUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGG CAAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU G GCCUUGCA ...文字列:
AUAGCAAUAU UUACCUUUGG AGGGAAAAGU UAUCAGGCAU GCACCUGGUA GCUAGUCUUU AAACCAAUAG AUUGCAUCGG UUUAAAAGG CAAGACCGUC AAAUUGCGGG AAAGGGGUCA ACAGCCGUUC AGUACCAAGU CUCAGGGGAA ACUUUGAGAU G GCCUUGCA AAGGGUAUGG UAAUAAGCUG ACGGACAUGG UCCUAACCAC GCAGCCAAGU CCUAAGUCAA CAGAUCUUCU GU UGAUAUG GAUGCAGUUC ACAGACUAAA UGUCGGUCGG GGAAGAUGUA UUCUUCUCAU AAGAUAUAGU CGGACCUCUC CUU AAUGGG AGCUAGCGGA UGAAGUGAUG CAACACUGGA GCCGCUGGGA ACUAAUUUGU AUGCGAAAGU AUAUUGAUUA GUUU UGGAG UACUCGUAAG GUAGCCAAAU GCCUCGUCA

GENBANK: GENBANK: X54512.1

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分子 #2: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of ...

分子名称: The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon (5'-exon)
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 8.014804 KDa
配列文字列:
ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCU

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 28 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00068 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 79.3 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4188150
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ez0

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 494563
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ez0


Chain - Chain ID: N / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7xd6:
The Tet-S2 state with a pseudoknotted 4-way junction of wild-type Tetrahymena group I intron with 30nt 3'/5'-exon

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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