+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33008 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | ParM actin-like plasmid segregation / CELL CYCLE | ||||||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Koh A / Ali S / Robinson R / Narita A | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A new actin-like filament from Clostridium botulinum exhibits a new system of filament turn over 著者: Koh A / Ali S / Popp D / Tanaka K / Kitaoku Y / Miyazaki N / Iwasaki K / Mitsuoka K / Robert R / Narita A | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33008.map.gz | 28.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33008-v30.xml emd-33008.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33008_fsc.xml | 4.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33008.png | 40.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33008.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33008 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33008 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33008_validation.pdf.gz | 522.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33008_full_validation.pdf.gz | 521.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33008_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33008_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33008 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33008 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time
全体 | 名称: CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time
超分子 | 名称: CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Bf |
-分子 #1: ParM/StbA family protein
分子 | 名称: ParM/StbA family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) |
分子量 | 理論値: 32.545352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKITVVDLGN INVKYVGENK GRFSSKITND YQSYEEGFQR VEYNGIKTYI GVGELSREFN KADRDYMAQL LYSLAKANTA DTKEINLTL LLPIIQMKNK TRLIETLKGE NFKFKFNGID REIKINDLMV LPEGYASYYS LDIENKKGDV CILDLGSRTI N ICVLENAK ...文字列: MKITVVDLGN INVKYVGENK GRFSSKITND YQSYEEGFQR VEYNGIKTYI GVGELSREFN KADRDYMAQL LYSLAKANTA DTKEINLTL LLPIIQMKNK TRLIETLKGE NFKFKFNGID REIKINDLMV LPEGYASYYS LDIENKKGDV CILDLGSRTI N ICVLENAK IVKTNTIKLG SFDFYSKIKS LENAKGEDYI EEDIQRLIDN GLIKVDSKQY IEFLSDILNA VKPYVNLKTY NT IFTGGTS LMLKEYIEKL PLNKFKVHPN ALTSNVDGAM EASKKVWN UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6B3ZKE5 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: GTP |
---|---|
分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |