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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32953 | |||||||||
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タイトル | Structure of the phosphorylation-site double mutant S431E/T432E of the KaiC circadian clock protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MUTANT / CIRCADIAN CLOCK PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) / Synechococcus elongatus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Han X / Zhang DL / Hong L / Yu DQ / Wu ZL / Yang T / Rust MJ / Tu YH / Ouyang Q | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Determining subunit-subunit interaction from statistics of cryo-EM images: observation of nearest-neighbor coupling in a circadian clock protein complex 著者: Han X / Zhang D / Hong L / Yu D / Wu Z / Yang T / Rust M / Tu Y / Ouyang Q | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32953.map.gz | 79.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32953-v30.xml emd-32953.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32953_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32953.png | 71.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32953.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_32953_half_map_1.map.gz emd_32953_half_map_2.map.gz | 76 MB 76 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32953 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32953 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32953_validation.pdf.gz | 914.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32953_full_validation.pdf.gz | 914.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32953_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32953_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32953 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32953 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x1zMC 7x1yC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32953.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.685 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32953_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32953_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : KaiC hexamer
全体 | 名称: KaiC hexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: KaiC hexamer
超分子 | 名称: KaiC hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) 株: PCC 7942 |
-分子 #1: Circadian clock oscillator protein KaiC
分子 | 名称: Circadian clock oscillator protein KaiC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア) / 株: PCC 7942 |
分子量 | 理論値: 54.347668 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EHQAIAKMRT MIEGFDDISH GGLPIGRSTL VSGTSGTGKT LFSIQFLYNG IIEFDEPGVF VTFEETPQDI IKNARSFGWD LAKLVDEGK LFILDASPDP EGQEVVGGFD LSALIERINY AIQKYRARRV SIDSVTSVFQ QYDASSVVRR ELFRLVARLK Q IGATTVMT ...文字列: EHQAIAKMRT MIEGFDDISH GGLPIGRSTL VSGTSGTGKT LFSIQFLYNG IIEFDEPGVF VTFEETPQDI IKNARSFGWD LAKLVDEGK LFILDASPDP EGQEVVGGFD LSALIERINY AIQKYRARRV SIDSVTSVFQ QYDASSVVRR ELFRLVARLK Q IGATTVMT TERIEEYGPI ARYGVEEFVS DNVVILRNVL EGERRRRTLE ILKLRGTSHM KGEYPFTITD HGINIFPLGA MR LTQRSSN VRVSSGVVRL DEMCGGGFFK DSIILATGAT GTGKTLLVSR FVENACANKE RAILFAYEES RAQLLRNAYS WGM DFEEME RQNLLKIVCA YPESAGLEDH LQIIKSEIND FKPARIAIDS LSALARGVSN NAFRQFVIGV TGYAKQEEIT GLFT NTSDQ FMGAHSITDS HIEEITDTII LLQYVEIRGE MSRAINVFKM RGSWHDKAIR EFMISDKGPD IKDSFRNFER IISGS PTRI UniProtKB: Circadian clock oscillator protein KaiC |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.30 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |