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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32824 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human EP3-Gi signaling complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / signal transduction / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / cell death / positive regulation of fever generation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding ...negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / cell death / positive regulation of fever generation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / response to peptide hormone / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / nuclear envelope / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / synapse / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.375 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Suno R / Sugita Y | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the G protein selectivity revealed by the human EP3-G signaling complex. 著者: Ryoji Suno / Yukihiko Sugita / Kazushi Morimoto / Hiroko Takazaki / Hirokazu Tsujimoto / Mika Hirose / Chiyo Suno-Ikeda / Norimichi Nomura / Tomoya Hino / Asuka Inoue / Kenji Iwasaki / ...著者: Ryoji Suno / Yukihiko Sugita / Kazushi Morimoto / Hiroko Takazaki / Hirokazu Tsujimoto / Mika Hirose / Chiyo Suno-Ikeda / Norimichi Nomura / Tomoya Hino / Asuka Inoue / Kenji Iwasaki / Takayuki Kato / So Iwata / Takuya Kobayashi / 要旨: Prostaglandin receptors have been implicated in a wide range of functions, including inflammation, immune response, reproduction, and cancer. Our group has previously determined the crystal structure ...Prostaglandin receptors have been implicated in a wide range of functions, including inflammation, immune response, reproduction, and cancer. Our group has previously determined the crystal structure of the active-like EP3 bound to its endogenous agonist, prostaglandin E. Here, we present the single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the human EP3-G signaling complex at a resolution of 3.4 Å. The structure reveals the binding mode of G to EP3 and the structural changes induced in EP3 by G binding. In addition, we compare the structure of the EP3-G complex with other subtypes of prostaglandin receptors (EP2 and EP4) bound to G that have been previously reported and examine the differences in amino acid composition at the receptor-G protein interface. Mutational analysis reveals that the selectivity of the G protein depends on specific amino acid residues in the second intracellular loop and TM5. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32824.map.gz | 110.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32824-v30.xml emd-32824.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32824_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32824.png | 41.4 KB | ||
マスクデータ | emd_32824_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-32824.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_32824_half_map_1.map.gz emd_32824_half_map_2.map.gz | 140.7 MB 140.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32824 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32824_validation.pdf.gz | 830.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32824_full_validation.pdf.gz | 830.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32824_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32824_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32824 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32824 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wu9MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32824_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half map 1
ファイル | emd_32824_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half map 2
ファイル | emd_32824_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex
全体 | 名称: Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex
超分子 | 名称: Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex
超分子 | 名称: Prostaglandine E receptor EP3-Gi complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: scFv16
超分子 | 名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype
分子 | 名称: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 36.175887 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPTSCGSVSV AFPITMLLTG FVGNALAMLL VSRSYRRRES KRKKSFLLCI GWLALTDLVG QLLTTPVVIV VYLSKQRWEH IDPSGRLCT FFGLTMTVFG LSSLFIASAM AVERALAIRA PHWYASHMKT RITRAVLLGV WLASLAFALL PVLGVGQYTV Q WPGTWCFI ...文字列: GPTSCGSVSV AFPITMLLTG FVGNALAMLL VSRSYRRRES KRKKSFLLCI GWLALTDLVG QLLTTPVVIV VYLSKQRWEH IDPSGRLCT FFGLTMTVFG LSSLFIASAM AVERALAIRA PHWYASHMKT RITRAVLLGV WLASLAFALL PVLGVGQYTV Q WPGTWCFI STGRGGQGTS SSHNWGNLFF ASAFAFLGLL ALTVTFSCNL ATIKALVDRC RAKATASQSS AQWGRITTET AI QLMGIML VLSVCWSPLL IMMLKMIFQQ TSVEHCKTHT EKQKECNFFL IAVRLASLNQ ILDPWVYLLL RKILLRKFCQ LEL EVLFQ UniProtKB: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.427969 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GSGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AAREVKLLLL GAGESGKSTI VKQMKIIHEA GYSEEECKQY KAVVYSNTIQ SIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL NDSAAYYLND L DRIAQPNY ...文字列: GSGCTLSAED KAAVERSKMI DRNLREDGEK AAREVKLLLL GAGESGKSTI VKQMKIIHEA GYSEEECKQY KAVVYSNTIQ SIIAIIRAM GRLKIDFGDS ARADDARQLF VLAGAAEEGF MTAELAGVIK RLWKDSGVQA CFNRSREYQL NDSAAYYLND L DRIAQPNY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVGGQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SDYDLVLAED EE MNRMHES MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KIKKSPLTIC YPEYAGSNTY EEAAAYIQCQ FEDLNKRKDT KEI YTHFTC ATDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.728152 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 27.318389 KDa |
組換発現 | 生物種: Brevibacillus agri (バクテリア) |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGENLYFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 75.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.07 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |