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万見
- EMDB-32616: Tail structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32616
タイトルTail structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30
マップデータ
試料
  • ウイルス: Helicobacter phage KHP (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Nozzle protein gp25
キーワードPHAGE / PHAGE TAIL / CRYOEM / VIRUS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral capsid / Uncharacterized protein / Phage protein / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter phage KHP30 (ファージ) / Helicobacter phage KHP (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kamiya R / Uchiyama J
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K18521 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06154 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30
著者: Kamiya R / Uchiyama J / Matsuzaki S / Murata K / Iwasaki K / Miyazaki N
履歴
登録2022年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 639.412 Å		1.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 639.412 Å		1.6 Å/pix.
x 400 pix.
= 639.412 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.59853 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.105374776 - 0.17204654
平均 (標準偏差)0.00014185368 (±0.003984008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 639.41205 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helicobacter phage KHP

全体名称: Helicobacter phage KHP (ファージ)
要素
  • ウイルス: Helicobacter phage KHP (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Nozzle protein gp25

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超分子 #1: Helicobacter phage KHP

超分子名称: Helicobacter phage KHP / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1208236 / 生物種: Helicobacter phage KHP / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Head / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 9

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter phage KHP30 (ファージ)
分子量理論値: 69.634734 KDa
配列文字列: MDFTTLQNDF TNDYQKALIA NNEFLEAKKY YNGNQLPQDV LNIILERGQT PIIENMFKVI VNKILGYKIE SISEIRLSPK QEEDRALSD LLNSLLQVFI QQENYDKSMI ERDKNLLIGG LGVIQLWVSQ DKDKNVEIEI KAIKPESFVI DYFSTDKNAL D ARRFHKML ...文字列:
MDFTTLQNDF TNDYQKALIA NNEFLEAKKY YNGNQLPQDV LNIILERGQT PIIENMFKVI VNKILGYKIE SISEIRLSPK QEEDRALSD LLNSLLQVFI QQENYDKSMI ERDKNLLIGG LGVIQLWVSQ DKDKNVEIEI KAIKPESFVI DYFSTDKNAL D ARRFHKML EVSEQEALLL FGDSVIVNYS NVNHERIASV IESWYKEYNE ETQSYEWNRY LWNRNTGIYK SEKKPFKNGA CP FIVSKLY TDELNNYYGL FRDIKPMQDF INYAENRMGN MMGSFKAMFE EDAVVDVAEF VETMSLDNAI AKVRPNALKD HKI QFMNNQ ADLSALSQKA EQKRQLLRLL AGLNDESLGM AVNRQSGVAI AQRKESGLMG LQTFLKATDD MDRLIFRLAV SFIC EYFTK EQVFKIVDKK LGDRYFKINS NDDNKIRPLK FDLILKSQLK TESRDEKWYN WNELLKILAP IRPDLVPSLV PLMLN DMDS PITNDVLEAI QNANALQQQN AEANAPYNQQ IQALQIQKLQ AEIMELQAKA HKYAEQGALS QTTNESEKIN QAVAIT EMQ QQNANNANNE ESNNKPKKKL KTSDKTTWRK YPSAQNLDY

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Adaptor protein gp12

分子名称: Adaptor protein gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter phage KHP30 (ファージ)
分子量理論値: 22.609309 KDa
配列文字列: MIEVSEVIAK VRERLNDNEV GNYEILDSVL VENINQALLK ICLEFRLKKA ITRSLITEEE RFLTLNNLLG IESVKLDKKE IESRNTIEK DTGELELLIL SDRISVTPFK IGELEVVYYT YEEIRNILET IKLPKICLDV LVYSVLCNLL EIPNNETNFS V LANYKQLL ...文字列:
MIEVSEVIAK VRERLNDNEV GNYEILDSVL VENINQALLK ICLEFRLKKA ITRSLITEEE RFLTLNNLLG IESVKLDKKE IESRNTIEK DTGELELLIL SDRISVTPFK IGELEVVYYT YEEIRNILET IKLPKICLDV LVYSVLCNLL EIPNNETNFS V LANYKQLL KLAKDNLTNY LSLMYSKNIH FSKVVRV

UniProtKB: Phage protein

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分子 #3: Nozzle protein gp25

分子名称: Nozzle protein gp25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter phage KHP30 (ファージ)
分子量理論値: 29.741775 KDa
配列文字列: MDTTRFIRNF ILFKDALQKQ NFNNKDLNTT SMQAALQSEQ LALSEESQYL QSEQVRAKMQ IDFLGMQANL QNAKAETLNK LIQCQAMLK SLKDNAMINR ANALVSLLQV QANAANGITT SNFEAAFKII AQIGSEYNQI TLNNGNVSVQ EKEQTNELKT I LNSLSKEL ...文字列:
MDTTRFIRNF ILFKDALQKQ NFNNKDLNTT SMQAALQSEQ LALSEESQYL QSEQVRAKMQ IDFLGMQANL QNAKAETLNK LIQCQAMLK SLKDNAMINR ANALVSLLQV QANAANGITT SNFEAAFKII AQIGSEYNQI TLNNGNVSVQ EKEQTNELKT I LNSLSKEL EKLNQQSEVN SIQIFSDKLE VLKDAPARLW GFSTLSNAKE GFYNEANEQI ASGSVCLFRS DKVRKHTITF KA INTKTSL SKNITISVIA NKLKERMS

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 32655
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 27422
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る