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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32579 | |||||||||
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タイトル | Mouse Pendrin in bicarbonate and iodide buffer in asymmetric state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | exchange / transport / slc / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Multifunctional anion exchangers / inorganic anion transport / iodide transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / regulation of pH / bicarbonate transmembrane transporter activity ...Multifunctional anion exchangers / inorganic anion transport / iodide transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / regulation of pH / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / animal organ morphogenesis / brush border membrane / regulation of protein localization / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu QY / Zhang X / Sun L / Chen ZG | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Asymmetric pendrin homodimer reveals its molecular mechanism as anion exchanger. 著者: Qianying Liu / Xiang Zhang / Hui Huang / Yuxin Chen / Fang Wang / Aihua Hao / Wuqiang Zhan / Qiyu Mao / Yuxia Hu / Lin Han / Yifang Sun / Meng Zhang / Zhimin Liu / Geng-Lin Li / Weijia Zhang ...著者: Qianying Liu / Xiang Zhang / Hui Huang / Yuxin Chen / Fang Wang / Aihua Hao / Wuqiang Zhan / Qiyu Mao / Yuxia Hu / Lin Han / Yifang Sun / Meng Zhang / Zhimin Liu / Geng-Lin Li / Weijia Zhang / Yilai Shu / Lei Sun / Zhenguo Chen / 要旨: Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger expressed in the apical membranes of selected epithelia. Pendrin ablation causes Pendred syndrome, a genetic disorder associated with sensorineural hearing ...Pendrin (SLC26A4) is an anion exchanger expressed in the apical membranes of selected epithelia. Pendrin ablation causes Pendred syndrome, a genetic disorder associated with sensorineural hearing loss, hypothyroid goiter, and reduced blood pressure. However its molecular structure has remained unknown, limiting our understanding of the structural basis of transport. Here, we determine the cryo-electron microscopy structures of mouse pendrin with symmetric and asymmetric homodimer conformations. The asymmetric homodimer consists of one inward-facing protomer and the other outward-facing protomer, representing coincident uptake and secretion- a unique state of pendrin as an electroneutral exchanger. The multiple conformations presented here provide an inverted alternate-access mechanism for anion exchange. The structural and functional data presented here disclose the properties of an anion exchange cleft and help understand the importance of disease-associated variants, which will shed light on the pendrin exchange mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32579.map.gz | 108.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32579-v30.xml emd-32579.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32579.png | 94.8 KB | ||
その他 | emd_32579_half_map_1.map.gz emd_32579_half_map_2.map.gz | 109.3 MB 109.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32579 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32579_validation.pdf.gz | 648.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32579_full_validation.pdf.gz | 648.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32579_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32579_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32579 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wlaMC 7wk1C 7wk7C 7wl2C 7wl7C 7wl8C 7wl9C 7wlbC 7wleC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.046 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32579_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32579_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mouse Pendrin in bicarbonate and iodide buffer in asymmetric state
全体 | 名称: mouse Pendrin in bicarbonate and iodide buffer in asymmetric state |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse Pendrin in bicarbonate and iodide buffer in asymmetric state
超分子 | 名称: mouse Pendrin in bicarbonate and iodide buffer in asymmetric state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Pendrin
分子 | 名称: Pendrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 85.769578 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAARGGRSEP PQLAEYSCSY TVSRPVYSEL AFQQQRERRL PERRTLRDSL ARSCSCSRKR AFGVVKTLLP ILDWLPKYRV KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVQFGLYS AFFPILTYFV FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDD H FLVPSGNG ...文字列: MAARGGRSEP PQLAEYSCSY TVSRPVYSEL AFQQQRERRL PERRTLRDSL ARSCSCSRKR AFGVVKTLLP ILDWLPKYRV KEWLLSDII SGVSTGLVGT LQGMAYALLA AVPVQFGLYS AFFPILTYFV FGTSRHISVG PFPVVSLMVG SVVLSMAPDD H FLVPSGNG SALNSTTLDT GTRDAARVLL ASTLTLLVGI IQLVFGGLQI GFIVRYLADP LVGGFTTAAA FQVLVSQLKI VL NVSTKNY NGILSIIYTL IEIFQNIGDT NIADFIAGLL TIIVCMAVKE LNDRFKHRIP VPIPIEVIVT IIATAISYGA NLE KNYNAG IVKSIPSGFL PPVLPSVGLF SDMLAASFSI AVVAYAIAVS VGKVYATKHD YVIDGNQEFI AFGISNVFSG FFSC FVATT ALSRTAVQES TGGKTQVAGL ISAVIVMVAI VALGRLLEPL QKSVLAAVVI ANLKGMFMQV CDVPRLWKQN KTDAV IWVF TCIMSIILGL DLGLLAGLLF ALLTVVLRVQ FPSWNGLGSV PSTDIYKSIT HYKNLEEPEG VKILRFSSPI FYGNVD GFK KCINSTVGFD AIRVYNKRLK ALRRIQKLIK KGQLRATKNG IISDIGSSNN AFEPDEDVEE PEELNIPTKE IEIQVDW NS ELPVKVNVPK VPIHSLVLDC GAVSFLDVVG VRSLRMIVKE FQRIDVNVYF ALLQDDVLEK MEQCGFFDDN IRKDRFFL T VHDAILHLQN QVKSREGQDS LLETVARIRD CKDPLDLMEA EMNAEELDVQ DEAMRRLAS UniProtKB: Pendrin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365679 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |