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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32568 | |||||||||
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タイトル | Apo state of AtPIN3 | |||||||||
マップデータ | app state of AtPIN3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | PIN-FORMED (PIN) protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tropism / root hair initiation / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway ...tropism / root hair initiation / positive gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway / vesicle membrane / response to light stimulus / lateral plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Su N | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structures and mechanisms of the Arabidopsis auxin transporter PIN3. 著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han ...著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han Wen / Lixin Ma / Sheng Ye / Shao Jian Zheng / Fan Yang / Shan Wu / Jiangtao Guo / 要旨: The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of ...The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of PIN3 from Arabidopsis thaliana in the apo state and in complex with its substrate indole-3-acetic acid and the inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). A. thaliana PIN3 exists as a homodimer, and its transmembrane helices 1, 2 and 7 in the scaffold domain are involved in dimerization. The dimeric PIN3 forms a large, joint extracellular-facing cavity at the dimer interface while each subunit adopts an inward-facing conformation. The structural and functional analyses, along with computational studies, reveal the structural basis for the recognition of indole-3-acetic acid and NPA and elucidate the molecular mechanism of NPA inhibition on PIN-mediated auxin transport. The PIN3 structures support an elevator-like model for the transport of auxin, whereby the transport domains undergo up-down rigid-body motions and the dimerized scaffold domains remain static. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32568.map.gz | 49.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32568-v30.xml emd-32568.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32568.png | 76.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32568.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32568 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32568_validation.pdf.gz | 577 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32568_full_validation.pdf.gz | 576.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32568_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32568_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32568 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32568 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | app state of AtPIN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.851 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : apo state AtPIN3(AtPIN3apo)
全体 | 名称: apo state AtPIN3(AtPIN3apo) |
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要素 |
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-超分子 #1: apo state AtPIN3(AtPIN3apo)
超分子 | 名称: apo state AtPIN3(AtPIN3apo) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Auxin efflux carrier component 3
分子 | 名称: Auxin efflux carrier component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 73.983531 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFKGLVD MISWHDLYTV LTAVIPLYVA MILAYGSVRW WKIFSPDQCS GINRFVAIF AVPLLSFHFI STNNPYAMNL RFIAADTLQK IIMLSLLVLW ANFTRSGSLE WSITIFSLST LPNTLVMGIP L LIAMYGEY ...文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFKGLVD MISWHDLYTV LTAVIPLYVA MILAYGSVRW WKIFSPDQCS GINRFVAIF AVPLLSFHFI STNNPYAMNL RFIAADTLQK IIMLSLLVLW ANFTRSGSLE WSITIFSLST LPNTLVMGIP L LIAMYGEY SGSLMVQIVV LQCIIWYTLL LFLFEFRGAK MLIMEQFPET AASIVSFKVE SDVVSLDGHD FLETDAEIGD DG KLHVTVR KSNASRRSFC GPNMTPRPSN LTGAEIYSLS TTPRGSNFNH SDFYNMMGFP GGRLSNFGPA DMYSVQSSRG PTP RPSNFE ENCAMASSPR FGYYPGGGAG SYPAPNPEFS STTTSTANKS VNKNPKDVNT NQQTTLPTGG KSNSHDAKEL HMFV WSSNG SPVSDRAGLN VFGGAPDNDQ GGRSDQGAKE IRMLVPDQSH NGETKAVAHP ASGDFGGEQQ FSFAGKEEEA ERPKD AENG LNKLAPNSTA ALQSKTGLGG AEASQRKNMP PASVMTRLIL IMVWRKLIRN PNTYSSLIGL IWALVAFRWH VAMPKI IQQ SISILSDAGL GMAMFSLGLF MALQPKLIAC GNSVATFAMA VRFLTGPAVM AVAAIAIGLR GDLLRVAIVQ AALPQGI VP FVFAKEYNVH PAILSTGVIF GMLIALPITL VYYILLGL UniProtKB: Auxin efflux carrier component 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126203 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |