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万見
- EMDB-32459: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32459
タイトルComposite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
マップデータComposite map of human Kv1.3 channel with beta subunits
試料
  • 複合体: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
    • 複合体: TM domain focused map of human Kv1.3
      • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
    • 複合体: Soluble domain focused map of human Kv1.3
      • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: water
キーワードIon channel / Kv channel / Potassium channel / Peptide toxin / ShK / Dalazatide / Selectivity filter / Molecular dynamics simulation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / NADPH oxidation / voltage-gated monoatomic ion channel activity / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / aldo-keto reductase (NADPH) activity / delayed rectifier potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels ...pinceau fiber / regulation of action potential / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / NADPH oxidation / voltage-gated monoatomic ion channel activity / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / aldo-keto reductase (NADPH) activity / delayed rectifier potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / outward rectifier potassium channel activity / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / regulation of potassium ion transmembrane transport / optic nerve development / action potential / tertiary granule membrane / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / membrane raft / axon / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / synapse / perinuclear region of cytoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3 / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Tyagi A / Ahmed T
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2017-T2-2-089, MOE2020-T1-002-059, MOE2016-T2-2-032 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Rearrangement of a unique Kv1.3 selectivity filter conformation upon binding of a drug.
著者: Anu Tyagi / Tofayel Ahmed / Shi Jian / Saumya Bajaj / Seow Theng Ong / Stephanie Shee Min Goay / Yue Zhao / Igor Vorobyov / Changlin Tian / K George Chandy / Shashi Bhushan /
要旨: We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the ...We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the apo-Kv1.3 and dalazatide-Kv1.3 structures are in an activated state based on their depolarized voltage sensor and open inner gate. In apo-Kv1.3, the aromatic residue in the signature sequence (Y447) adopts a position that diverges 11 Å from other K channels. The outer pore is significantly rearranged, causing widening of the selectivity filter and perturbation of ion binding within the filter. This conformation is stabilized by a network of intrasubunit hydrogen bonds. In dalazatide-Kv1.3, binding of dalazatide to the channel's outer vestibule narrows the selectivity filter, Y447 occupies a position seen in other K channels, and this conformation is stabilized by a network of intersubunit hydrogen bonds. These remarkable rearrangements in the selectivity filter underlie Kv1.3's transition into the drug-blocked state.
履歴
登録2021年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月9日-
マップ公開2022年2月9日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7wf3
  • 表面レベル: 6.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32459.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of human Kv1.3 channel with beta subunits
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 360.36 Å		0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 360.36 Å		0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 360.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.858 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6.5
最小 - 最大-39.824333000000003 - 65.093863999999996
平均 (標準偏差)-0.040874954 (±1.2148038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 360.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8580.8580.858
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.360360.360360.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-39.82465.094-0.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits

全体名称: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
要素
  • 複合体: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
    • 複合体: TM domain focused map of human Kv1.3
      • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
    • 複合体: Soluble domain focused map of human Kv1.3
      • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
      • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits

超分子名称: Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: TM domain focused map of human Kv1.3

超分子名称: TM domain focused map of human Kv1.3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Soluble domain focused map of human Kv1.3

超分子名称: Soluble domain focused map of human Kv1.3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3

分子名称: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.747734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ERPLPRRDFQ RQVWLLFEYP ESSGPARGIA IVSVLVILIS IVIFCLETLP EFRDEKDYPA STSQDSFEAA GNSTSGSRAG ASSFSDPFF VVETLCIIWF SFELLVRFFA CPSKATFSRN IMNLIDIVAI IPYFITLGTE LAERQGNGQQ AMSLAILRVI R LVRVFRIF ...文字列:
ERPLPRRDFQ RQVWLLFEYP ESSGPARGIA IVSVLVILIS IVIFCLETLP EFRDEKDYPA STSQDSFEAA GNSTSGSRAG ASSFSDPFF VVETLCIIWF SFELLVRFFA CPSKATFSRN IMNLIDIVAI IPYFITLGTE LAERQGNGQQ AMSLAILRVI R LVRVFRIF KLSRHSKGLQ ILGQTLKASM RELGLLIFFL FIGVILFSSA VYFAEADDPT SGFSSIPDAF WWAVVTMTTV GY GDMHPVT IGGKIVGSLC AIAGVLTIAL PVPVIVSNFN YFYHRETEG

UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3

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分子 #2: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

分子名称: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.704254 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RQLQFYRNLG KSGLRVSCLG LGTWVTFGGQ ITDEMAEQLM TLAYDNGINL FDTAEVYAAG KAEVVLGNII KKKGWRRSSL VITTKIFWG GKAETERGLS RKHIIEGLKA SLERLQLEYV DVVFANRPDP NTPMEETVRA MTHVINQGMA MYWGTSRWSS M EIMEAYSV ...文字列:
RQLQFYRNLG KSGLRVSCLG LGTWVTFGGQ ITDEMAEQLM TLAYDNGINL FDTAEVYAAG KAEVVLGNII KKKGWRRSSL VITTKIFWG GKAETERGLS RKHIIEGLKA SLERLQLEYV DVVFANRPDP NTPMEETVRA MTHVINQGMA MYWGTSRWSS M EIMEAYSV ARQFNLTPPI CEQAEYHMFQ REKVEVQLPE LFHKIGVGAM TWSPLACGIV SGKYDSGIPP YSRASLKGYQ WL KDKILSE EGRRQQAKLK ELQAIAERLG CTLPQLAIAW CLRNEGVSSV LLGASNADQL MENIGAIQVL PKLSSSIIHE IDS ILGNKP YS

UniProtKB: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2

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分子 #3: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3

分子名称: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.777475 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
QDCCGERVVI NISGLRFETQ LKTLCQFPET LLGDPKRRMR YFDPLRNEYF FDRNRPSFDA ILYYYQSGGR IRRPVNVPID IFSEEIRFY QLGEEAMEKF REDEGFL

UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #5: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 116 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: The above mentioned 3.4 Ang resolution was obtained for TM domain after application of C4 symmetry. The soluble domain map (another map deposited here) was resolved to 2.9 Ang.
使用した粒子像数: 177130
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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