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- EMDB-32351: CryoEM structure of apo form ZmRDR2 at 3.4 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32351
タイトルCryoEM structure of apo form ZmRDR2 at 3.4 Angstroms resolution
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-dependent RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Du X / Yang Z / Du J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of plant RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2, an enzyme involved in small interfering RNA production.
著者: Xuan Du / Zhenlin Yang / Alfredo Jose Florez Ariza / Qian Wang / Guohui Xie / Sisi Li / Jiamu Du /
要旨: In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is ...In plants, the biogenesis of small interfering RNA (siRNA) requires a family of RNA-dependent RNA polymerases that convert single-stranded RNA (ssRNA) into double-stranded RNA (dsRNA), which is subsequently cleaved into defined lengths by Dicer endonucleases. Here, we determined the structure of maize (Zea mays) RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2 (ZmRDR2) in the closed and open conformations. The core catalytic region of ZmRDR2 possesses the canonical DNA-dependent RNA polymerase (DdRP) catalytic sites, pointing to a shared RNA production mechanism between DdRPs and plant RDR-family proteins. Apo-ZmRDR2 adopts a highly compact structure, representing an inactive closed conformation. By contrast, adding RNA induced a significant conformational change in the ZmRDR2 Head domain that opened the RNA binding tunnel, suggesting this is an active elongation conformation of ZmRDR2. Overall, our structural studies trapped both the active and inactive conformations of ZmRDR2, providing insights into the molecular mechanism of dsRNA synthesis during plant siRNA production.
履歴
登録2021年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2022年6月8日-
現状2022年6月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.33
最小 - 最大0.0 - 13.403012
平均 (標準偏差)0.18389075 (±0.71170753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 179.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form

全体名称: RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form
要素
  • 細胞器官・細胞要素: RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase

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超分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form

超分子名称: RNA-dependent RNA polymerase 2 in apo form / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
分子量理論値: 126.277297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AMGSMSTAAP APGSTATVRV SNIPASAIAA ELLAFFDSAV TIAGATFACE IVAAHRGWLS RGHGFVQFDS SAAATHAIDL ASSGRLPPF LGSCLSVSPA RADLLPRAPD LSLRAASASL ILGNRVAERE LEVAYSCDGV RAEVIPRMRR VDLYLKHDSQ S YKLEVLFE ...文字列:
AMGSMSTAAP APGSTATVRV SNIPASAIAA ELLAFFDSAV TIAGATFACE IVAAHRGWLS RGHGFVQFDS SAAATHAIDL ASSGRLPPF LGSCLSVSPA RADLLPRAPD LSLRAASASL ILGNRVAERE LEVAYSCDGV RAEVIPRMRR VDLYLKHDSQ S YKLEVLFE DINECFGCHL DGTGAILLQL TYAPRIHIAI SGSTVKSRFT DDRFHACKED AKFAWVRALD FTPNSSFGEC ST LVLKLSK GASVSYILES LPFSGELGEL AIASMDVFGS SSNVVPLVDC PNGFSVPYEV LFRLNSLVHM GKLVARHVNA DLF KVLEDL SIDTLRRIFE KMSKLKSTCY EPLQFIRHEA HSMNMRKKAL SNKRESGKLM RCYRIHITPS KIYCLGPEEE VSNY VVKYH SEYASDFARV TFVDEDWSKL SPNALSARTE QGFFSKPLKT GLYHRILSIL KEGFCIGPKK YEFLAFSASQ LRGNS VWMF ASNSSLTAEN IRRWMGHFED IRSVSKCAAR MGQLFSSSRQ TFEVSSYDVE VIPDIEVTTD GTKYIFSDGI GKISTR FAR QVAKLIGLDP AHPPSAFQIR YGGYKGVITI DPTSFFNLSL RPSMKKFESK STMLNITNWS KSQPCYVNRE IISLLST LG IKDEVFESMQ QDDMHESDGM LTNKEAALSV LGKIGGGDTK TAADMLLQGY EPSSEPYLLM ILKAHRANRL TDIRTRCK I HVQKGRVLIG CLDETCKLEY GQVYIRITKN HKEQKYSEQP FFCNDDGKTA VIVGKVAITK NPCLHPGDVR VLEAVYDPG LDARGLIDCV VFPQRGERPH PNECSGGDLD GDLFFITWDD KLIPEKVDAP MDYTATRPRI MDHAVTLEEI QKHFVSYMIN DTLGAISTA HLIHADRDPL KARSPECVQL AALHSMAVDF AKTGAPAEMP LALRPREFPD FMERWERPMY VSNGVLGKLY R AALRHAAD AAALLPAGPP SCVYDPDLEV AGFDEFLDAA EERYEAYAER LGALMTYYSA EREDEILTGN IRNKLVYLRR DN KRYFEMK DRIIAAVDAL HAEVRGWLRA CKEDDASRVA SAWYHVTYHP DRRGEKRFWS FPWIICDTLL AIKAARRCRK RVE DAAVPM DCDGS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7w82

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 273512
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7w84:
CryoEM structure of apo form ZmRDR2 at 3.4 Angstroms resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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