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- EMDB-32148: NuA4 HAT module bound to the nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32148
タイトルNuA4 HAT module bound to the nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of NuA4 HAT module and nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / PI5P Regulates TP53 Acetylation / piccolo histone acetyltransferase complex / SUMOylation of transcription cofactors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / methylated histone binding ...: / PI5P Regulates TP53 Acetylation / piccolo histone acetyltransferase complex / SUMOylation of transcription cofactors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / methylated histone binding / meiotic cell cycle / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Enhancer of polycomb protein / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type ...Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Enhancer of polycomb protein / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Chromatin modification-related protein EAF6 / Histone acetyltransferase ESA1 / Histone H2B 1.1 / Chromatin modification-related protein YNG2 / Enhancer of polycomb-like protein 1 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / baker's yeast (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen Z / Qu K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the NuA4 acetyltransferase complex bound to the nucleosome.
著者: Keke Qu / Kangjing Chen / Hao Wang / Xueming Li / Zhucheng Chen /
要旨: Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an ...Deoxyribonucleic acid in eukaryotes wraps around the histone octamer to form nucleosomes, the fundamental unit of chromatin. The N termini of histone H4 interact with nearby nucleosomes and play an important role in the formation of high-order chromatin structure and heterochromatin silencing. NuA4 in yeast and its homologue Tip60 complex in mammalian cells are the key enzymes that catalyse H4 acetylation, which in turn regulates chromatin packaging and function in transcription activation and DNA repair. Here we report the cryo-electron microscopy structure of NuA4 from Saccharomyces cerevisiae bound to the nucleosome. NuA4 comprises two major modules: the catalytic histone acetyltransferase (HAT) module and the transcription activator-binding (TRA) module. The nucleosome is mainly bound by the HAT module and is positioned close to a polybasic surface of the TRA module, which is important for the optimal activity of NuA4. The nucleosomal linker DNA carrying the upstream activation sequence is oriented towards the conserved, transcription activator-binding surface of the Tra1 subunit, which suggests a potential mechanism of NuA4 to act as a transcription co-activator. The HAT module recognizes the disk face of the nucleosome through the H2A-H2B acidic patch and nucleosomal DNA, projecting the catalytic pocket of Esa1 to the N-terminal tail of H4 and supporting its function in selective acetylation of H4. Together, our findings illustrate how NuA4 is assembled and provide mechanistic insights into nucleosome recognition and transcription co-activation by a HAT.
履歴
登録2021年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32148.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 376 pix.
= 407.02 Å		1.08 Å/pix.
x 376 pix.
= 407.02 Å		1.08 Å/pix.
x 376 pix.
= 407.02 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.014078226 - 0.045995325
平均 (標準偏差)8.745577e-05 (±0.0010561035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 407.02 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of NuA4 HAT module and nucleosome

全体名称: complex of NuA4 HAT module and nucleosome
要素
  • 複合体: complex of NuA4 HAT module and nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF6
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein YNG2
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase ESA1
    • DNA: DNA (207-mer)
    • DNA: DNA (207-mer)
  • リガンド: CARBOXYMETHYL COENZYME *A

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超分子 #1: complex of NuA4 HAT module and nucleosome

超分子名称: complex of NuA4 HAT module and nucleosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Chromatin modification-related protein EAF6

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.915704 KDa
配列文字列:
MTDELKSYEA LKAELKKSLQ DRREQEDTFD NLQQEIYDKE TEYFSHNSNN NHSGHGGAHG SKSHYSGNII KGFDTFSKSH HSHADSAFN NNDRIFSLSS ATYVKQQHGQ SQND

+
分子 #2: Chromatin modification-related protein YNG2

分子名称: Chromatin modification-related protein YNG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 32.139514 KDa
配列文字列: MDPSLVLEQT IQDVSNLPSE FRYLLEEIGS NDLKLIEEKK KYEQKESQIH KFIRQQGSIP KHPQEDGLDK EIKESLLKCQ SLQREKCVL ANTALFLIAR HLNKLEKNIA LLEEDGVLAP VEEDGDMDSA AEASRESSVV SNSSVKKRRA ASSSGSVPPT L KKKKTSRT ...文字列:
MDPSLVLEQT IQDVSNLPSE FRYLLEEIGS NDLKLIEEKK KYEQKESQIH KFIRQQGSIP KHPQEDGLDK EIKESLLKCQ SLQREKCVL ANTALFLIAR HLNKLEKNIA LLEEDGVLAP VEEDGDMDSA AEASRESSVV SNSSVKKRRA ASSSGSVPPT L KKKKTSRT SKLQNEIDVS SREKSVTPVS PSIEKKIART KEFKNSRNGK GQNGSPENEE EDKTLYCFCQ RVSFGEMVAC DG PNCKYEW FHYDCVNLKE PPKGTWYCPE CKIEMEKNKL KRKRN

+
分子 #3: Enhancer of polycomb-like protein 1

分子名称: Enhancer of polycomb-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 96.889867 KDa
配列文字列: MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ...文字列:
MPTPSNAIEI NDGSHKSGRS TRRSGSRSAH DDGLDSFSKG DSGAGASAGS SNSRFRHRKI SVKQHLKIYL PNDLKHLDKD ELQQREVVE IETGVEKNEE KEVHLHRILQ MGSGHTKHKD YIPTPDASMT WNEYDKFYTG SFQETTSYIK FSATVEDCCG T NYNMDERD ETFLNEQVNK GSSDILTEDE FEILCSSFEH AIHERQPFLS MDPESILSFE ELKPTLIKSD MADFNLRNQL NH EINSHKT HFITQFDPVS QMNTRPLIQL IEKFGSKIYD YWRERKIEVN GYEIFPQLKF ERPGEKEEID PYVCFRRREV RHP RKTRRI DILNSQRLRA LHQELKNAKD LALLVAKREN VSLNWINDEL KIFDQRVKIK NLKRSLNISG EDDDLINHKR KRPT IVTVE QREAELRKAE LKRAAAAAAA AKAKNNKRNN QLEDKSSRLT KQQQQQLLQQ QQQQQQNALK TENGKQLANA SSSST SQPI TSHVYVKLPS SKIPDIVLED VDALLNSKEK NARKFVQEKM EKRKIEDADV FFNLTDDPFN PVFDMSLPKN FSTSNV PFA SIASSKFQID RSFYSSHLPE YLKGISDDIR IYDSNGRSRN KDNYNLDTKR IKKTELYDPF QENLEIHSRE YPIKFRK RV GRSNIKYVDR MPNFTTSSTK SACSLMDFVD FDSIEKEQYS REGSNDTDSI NVYDSKYDEF VRLYDKWKYD SPQNEYGI K FSDEPARLNQ ISNDTQVIRF GTMLGTKSYE QLREATIKYR RDYITRLKQK HIQHLQQQQQ QQQQQQQQAQ QQKQKSQNN NSNSSNSLKK LNDSLINSEA KQNSSITQKN SS

+
分子 #4: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

+
分子 #5: H4

分子名称: H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #6: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

+
分子 #7: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.965265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

+
分子 #8: Histone acetyltransferase ESA1

分子名称: Histone acetyltransferase ESA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 52.692844 KDa
配列文字列: MSHDGKEEPG IAKKINSVDD IIIKCQCWVQ KNDEERLAEI LSINTRKAPP KFYVHYVNYN KRLDEWITTD RINLDKEVLY PKLKATDED NKKQKKKKAT NTSETPQDSL QDGVDGFSRE NTDVMDLDNL NVQGIKDENI SHEDEIKKLR TSGSMTQNPH E VARVRNLN ...文字列:
MSHDGKEEPG IAKKINSVDD IIIKCQCWVQ KNDEERLAEI LSINTRKAPP KFYVHYVNYN KRLDEWITTD RINLDKEVLY PKLKATDED NKKQKKKKAT NTSETPQDSL QDGVDGFSRE NTDVMDLDNL NVQGIKDENI SHEDEIKKLR TSGSMTQNPH E VARVRNLN RIIMGKYEIE PWYFSPYPIE LTDEDFIYID DFTLQYFGSK KQYERYRKKC TLRHPPGNEI YRDDYVSFFE ID GRKQRTW CRNLCLLSKL FLDHKTLYYD VDPFLFYCMT RRDELGHHLV GYFSKEKESA DGYNVACILT LPQYQRMGYG KLL IEFSYE LSKKENKVGS PEKPLSDLGL LSYRAYWSDT LITLLVEHQK EITIDEISSM TSMTTTDILH TAKTLNILRY YKGQ HIIFL NEDILDRYNR LKAKKRRTID PNRLIWKPPV FTASQLRFAW

+
分子 #9: DNA (207-mer)

分子名称: DNA (207-mer) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 63.679512 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)

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分子 #10: DNA (207-mer)

分子名称: DNA (207-mer) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 64.150809 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)

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分子 #11: CARBOXYMETHYL COENZYME *A

分子名称: CARBOXYMETHYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: CMC
分子量理論値: 825.57 Da
Chemical component information

ChemComp-CMC:
CARBOXYMETHYL COENZYME *A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393016
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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